自司馬紹登基，看着這小娃坐在寶座上，王敦篡位之心欲止不能，他先是不斷給皇帝施壓，因爲這老賊手握重權，所以司馬紹沒法子，只好給了他一個又一個的特權，感覺就像是爸爸收拾兒子。慢慢的，王敦大軍進駐姑孰，屯兵於湖，早上出兵夜間即可抵達皇宮。可見司馬紹依然是王敦囊中之物了。
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司馬紹血氣方剛，剛剛繼位，精力充沛，肯定要做出什麼來，就這麼束手就擒，必然不會。看着來自王敦方面越來越強的壓力，司馬紹也在做着應對，他命郗鑑爲兗州刺史，都督揚州江西諸軍事，鎮守合肥。一個手握重兵的異己怎麼可以讓他雄踞自己身後，王敦不滿意了，於是上疏司馬紹，推薦郗鑑調回中央任尚書令。拿着這份奏疏，司馬紹開始不得不接受一個事實，那就是做皇帝有時也要看大臣臉色。
郗鑑回建康的途中，在路過於湖時曾拜見過王敦，兩人討論了洛陽時期當權官員的得與失。但王敦把自己的對頭放走了，這麼做他是另有心機。郗鑑不服那又能怎麼樣，把他一個人扔到朝廷，即使有天大的本事，他始終只是一個郗鑑而已嘛，所以何必要那麼膽戰心驚的呢。通過郗鑑事件，王敦也發現司馬紹不是個甘願受人擺佈之人，於是更加積極的謀求擴張王姓家族的勢力，讓自己的羽翼豐滿。
王敦認爲對以後登基來說，還存在那麼一個威脅，那就是當地的豪族，周家。王敦和他的王家今後要想在江東這塊地方站住腳，就必須先解決當地的豪門大姓，要麼聯合，要麼打壓，權衡利弊，他選擇了後者。王敦將周家的幾個代表人物全部誅殺。至此，王敦再也沒有顧忌，放眼前方真是一馬平川，踏破建康已是舉手之勞，眼看另一場暴風驟雨即將襲來，東晉小朝廷卻顯得那個的無助和不堪一擊。此時，暴風驟雨前的狂風已經吹進了建康城，但可能誰也沒想到，就在這打擊到來之前，變故再次降臨，王敦病了。
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王敦病了，而且很嚴重，就很劉淵一樣，王敦此次也是暴病。王敦沒有兒子，於是把老弟王含的兒子王應過繼到自己膝下，等到王敦病重，就假傳聖旨，任命王應作自己的副手，再任命王含爲驃騎大將軍。智囊錢鳳看着王敦日漸消瘦，就問其身後之事，王敦的回答出乎意料。雖然兵犯建康，誅殺大臣，逼死皇帝，但王敦並不認爲自己會受滅門之災，因爲他堅信司馬紹不會報復，因爲他司馬家還要倚靠王導。
真正點燃這場戰爭導火索的卻是王導，溫嶠來到建康，帶來王敦兵力部署的同時，也帶來了王敦病重的消息，於是王導就設立靈堂，發出訃聞，大家看到這架勢，都相信王敦已經病故，於是精神大振。司馬紹就藉着這股士氣，向全國頒佈詔書，一條條羅列王敦罪狀，併發出討逆檄文。王敦看到詔書，病情加重，已經不能起牀，但他心裏也清楚，此時除了一戰別無他法，就這樣躺在牀上調動大軍進攻建康。
後來王敦挺不住死了，王應就拼了命的玩女人，雖然現在還沒幾個人知道王敦的死訊，但叛軍的指揮已經完全混亂，就像沒頭蒼蠅一樣，飛到哪是哪。此後沈充帶着一萬人與王含、錢鳳等人會師，而朝廷的勤王軍也從四面八方涌來，兗州刺史劉遐、臨淮郡長蘇峻也帶着一萬精銳抵達建康，司馬紹不等天亮，深夜召見二人，分別賞賜將士。沈充等人聽說朝廷援軍趕到，就趁着這支軍隊正處疲勞之際發動進攻。沈充等人強渡秦淮河，政府軍不支，叛軍於是攻進建康，剷除政府軍的防禦工事，準備進一步進攻皇宮。但就這這個時候，劉遐、蘇峻大軍突然從秦淮河南岸殺到，叛軍做夢也沒有想到自己身後居然有人，於是倉皇之間全軍崩潰，僅在秦淮河溺死的就有三千多人。劉遐緊追，在鐘山下再敗沈充，至此叛軍大勢已去。
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之後王含縱火焚燒大營，趁夜逃亡，司馬紹返回皇宮，大赦天下，歷時兩年半的王敦叛亂被徹底剿滅。隨後朝廷開始善後處理。王含返回於湖，帶上王應打算投奔荊州，王應出乎意料的表示不如投奔江州，王含不從。兩人到了荊州後，果然被王舒捆綁，投入長江淹死。而王彬聽說王應有意來投，已經祕密準備接應船隻，後來沒有接到王應，只能深感遺憾。
王敦的屍體被挖出來，下跪鞭屍，然後棄屍朱雀橋，任其腐爛發黴，飛禽惡蟲分食。
