曾國藩攻陷天京後，太平天國運動宣告失敗，至此朝廷在江南一帶的心腹大患被徹底解除，然而在北方，一股強大的反叛勢力正在崛起，且有愈演愈烈之勢。爲此，曾國藩在兩江總督府屁股還沒坐熱，朝廷便派給他一個大活——北上剿捻。
說起捻軍，不得不說他的“創始人”張樂行，張樂行是安徽渦陽縣人，家中略有薄產，而且一向樂善好施，結交了一大批江湖豪傑，後來家財散盡做了鹽販子，聚集起了一批流民，逐漸與官府作對。後來勢力一度擴張，形成了一支數萬人的軍隊，官府稱之爲“捻匪”。
“捻”字在安徽淮北方言中稱爲一股子或一夥。其實，從骨子裏來講，張樂行所領導的捻軍和太平軍有着本質區別，他們起初的目的並不是明確要和官府對着幹，也稱不上是農民起義，說白了只不過是一夥拜把子後相互幫忙的鹽販子，只是後來做大了，才漸漸於官府正面對抗。
太平天國時期，捻軍在淮河流域與清軍作戰。安慶失守後，淮南形勢惡化，張樂行率部返回淮北，不久僧格林沁攻陷雉河集，張樂行被捕殺害。在史學界，張樂行率領的捻軍稱爲“前期捻軍”。
張樂行被殺後，他的侄子張宗禹、賴文光、任柱等人組織起了“後期捻軍”，並易步爲騎，進一步與太平軍合作，對抗清軍。在後來的戰鬥中，僧格林沁親王被捻軍斬殺，聲勢空前浩大。朝廷無奈只得令兩江總督曾國藩迅速北上剿捻。
可是曾國藩也很鬱悶，朝廷前不久才下令裁撤湘軍，如今空有抱負，手頭上卻沒有像樣的軍隊。況且以前與太平軍作戰大多是在江南，以步兵水師爲主，如今要去中原地區作戰，捻軍卻是以騎兵爲主，因此他向朝廷請調李鴻章的淮軍，而且還得添練馬隊，但這些都不是短時間能辦到的。
曾國藩接任後，一改僧格林沁“爆炒式”，改用了“溫火燉砂鍋”的剿捻方式。捻軍打仗比太平軍要靈活得多，張宗禹率領一路打至河南南陽，兵鋒掃及湖北襄陽;賴文光、任柱另路闖至湖北麻城，以麻城爲中心，取黃安，南至黃陂、黃州，西至孝感，威脅武漢。
曾國藩以重點設防爲主要戰術，山東、河南的鄉紳一向比較喜歡僧格林沁那樣的風格，認爲曾國藩重點設防不足以制服捻軍。但是曾國藩不顧輿論的反對，強行在魯河、沙河沿岸構築堤牆，但是這樣一來，內線力量削弱，致使清軍防不勝防，疲於奔命。
在曾國藩的軍隊中，有豫軍、魯軍、皖軍，還有僧格林沁遺部以及李鴻章的淮軍。這些軍隊是由各省巡撫籌建而成的，地方色彩很濃厚，能在本省作戰，不願赴援臨省。捻軍動作迅速，行蹤飄忽，一日之間往往跨越二省，各省省軍只是駐守本省，往往被捻軍各個擊破。
曾國藩的主力是淮軍，但是問題同樣存在，淮軍只知有李鴻章而不知有曾國藩，指揮調動處處受制。因此時間過了一年多，曾國藩剿捻不見有任何效果，朝廷急了幾次下旨催促。
曾國藩的優點就是能夠充分認識自己的不知，貴在有自知之明。他向朝廷上奏中這樣說道：“臣不善騎馬，未能身臨前敵，親自督陣。又行軍過於遲鈍，十餘年來，但知結硬寨、打呆仗、從未用一奇謀、施以方略制敵於意計之外。此臣之所短也。”並上書朝廷，由李鴻章替代自己。
正如曾國藩自己所說的那樣，他的優點在於打攻堅戰、防守戰，而不在打游擊戰。因此朝廷意識到問題的嚴重性，趕緊讓曾國藩回任兩江總督，剿捻則由李鴻章取代。
李鴻章一改曾國藩的“重點設防”戰略，和左宗棠一起實行“就地圍圈”策略，隨着清軍包圍圈越來越小，捻軍的給養出現問題，最後東、西兩路捻軍相繼被殲，自此大功告成，而李鴻章和他的淮軍時代正式來臨。
