佛學
蒙文通治佛學，發源於中國20年代初期的今古文的大論戰。1918年蒙文通從四川存古學堂畢業後，返回家鄉鹽亭以辦私塾爲生，繼續在破廟裏從事經史研究，長達三年之久。五四運動以後，中國掀起一場新興的文化革命。以魯迅、陳獨秀等爲代表的新文化干將與吳宓、章士釗等學衡派發生激烈論戰。在這場莫衷一是的爭論中蒙文通難以取捨，便辭去重慶府聯中和重慶省立二女子師範學校的職務，“遊學於吳越之間，訪學於各大經史家門下，與章太炎論古今之流變，與歐陽竟無論佛典之影響”。在長期的遊學過程中，蒙文通仍難以在二者之間取捨.卻悟及佛學在中國思想中的深層的潛意識影響，蒙文通便停留在歐陽竟無所辦的“支那內學院”內，潛心研究佛學，從1923年到1927年，長達四年之久。此期，蒙文通與湯用彤、熊十力、呂澄等朝夕相處，互相爭論，雖各論不一，相異甚大，甚至針鋒相對者亦有之，但這對蒙文通佛學研究益發登堂入室有極爲重要的作用。
在長期的“閒話”與“爭辯”中，蒙文通得以旁及各學派立論的根基及其論證的過程，從而使自己的體系益發精密、嚴整，以致在佛學研究上當時少有人能及。歐陽竟無由此而寄希望於蒙文通，希望他繼承衣鉢專研佛學。“改好刻竣(《中庸傳》)，先寄此。此惟我弟能知，個中人談其事，欲其速達也。……全恃觀行，一絲九鼎;繼續大難，德孤鄰寡，亦可悲矣!”“孔學，聊發其端，大事無量，甚望我弟繼志述事。”蒙文通離開“支那內學院”後，歐陽竟無己又常致函問訊，希望“共剪西窗燭、共作刻入談”，“奈何經年不遺我一字!”
不負歐陽竟無重望，蒙文通在佛學研究上相繼取得重大突破。歐陽竟無看完他所撰的《中國禪學考》、《唯識新覺羅》後，大喜過望，竟又重閱一遍，時而憤筆於原稿之間，時而揮墨於稿紙之上。之後，蒙文通所撰兩篇皆被刊於院刊《內學》創刊號上，緊接於歐陽竟無的《佛法》、《心學》二文之後。
史文學
在經史文學上，蒙文通早在四川存古學堂便顯示出深厚的根基。蒙文通於1914年所著的《孔氏古文說》，筆觸深入舊史與六經的根基，由此辨其差別進而解開以後學者在二者上爭論的癥結。蒙文通獨特的見地深得其師廖平的讚譽：“文通文如桶底脫。佩服!佩服!後來必成大家。”之後，蒙文通又相繼撰述《近二十年漢學之平議》、《經學抉源》、《天問本身》、 《周秦民族史》 、《中國史學史》、《考古甄微》、《儒家政治思想之發展》、《墨學之流變及其原理》等專論。
對於經史，蒙文通一向視之爲歷史的經緯，二者與文學互相交疊共同組成歷史的洪流。他的著述論證也常以經治史，以史注經二者相互疊交，相互出人而輝映成趣。1968年蒙文通所著的《越史叢考》一書即詳細引用一百三十餘種古文獻資料，有經有史，經史互證。文章從十二個角度探究越南的起源、發展、擴張、削弱的過程，論證謹嚴，資料詳實，極具說服力。80年代初期，越南當局授意其國內學者著《越南古代史》，以期爲侵略我國尋找輿論藉口。1984年，中華書局即將蒙文通所著《越史叢考》資料整理出版，《越南古代史》一書產生的輿論效果由此而消失。
蒙文通先生最重要的史學思想是“通觀達識，明其流變”，認爲歷史是發展變化的，史學家的任務，在於指出歷史變化的痕跡，揭示發展的原因。在實踐上蒙文通先生注重從社會經濟史的研究中去探索歷史發展的原因。《中國歷代農產量的擴大和賦役制度及學術思想的演變》一文，就是“史以明變”觀點的代表作。
蒙文通先生晚年致力於民族史和地方史的研究，提出崑崙宜爲上古一文化中心說，認爲巴蜀文化當系自西東漸，楚文化也頗受巴蜀文化影響，山海經就是巴蜀楚上古文化產品的著名學術觀點。這裏，值得大書一筆的是，作爲史學家，蒙文通先生懷着維護中華民族崇高利益的責任感，用他生命的最後四年時間，寫成了一部考論古代百越民族史的專著《越史叢考》。這是一部充溢着實實在在的愛國精神的書，它的成就標誌着我國古民族史研究的新水平。此外，還有《古地甄微》、《儒學五論》、《道書輯校十種》、《巴蜀古史論述》、 《先秦少數民族研究》等專著和學術論文數十篇。他在古代歷史、古代地理、古代民族、古代學術、古代宗教等很多領域都給後人留下了十分豐碩的成果。此外還有數十萬字遺稿尚待整理刊佈。
