董奉也出行在南方一帶行醫。他所到地方除了治病賑濟以外，還遍訪名山大川，採集野生植物製成丹藥給人治病。有一次到交州(今廣東、廣西、越南北部一帶)，恰遇交州太守士燮病危，垂死已3日。董奉把3粒藥丸放入病人口中，用水灌下。稍後，病人手足能動，膚色逐漸轉活，半日後即能坐起，4日後能說話，不久病癒。董奉住燮府中，後燮陰謀反叛朝廷，擔心董奉泄漏其密謀，欲害之。董奉利用氣功裝死，騙過燮後逃走。
董奉晚年到豫章(今江西)廬山下隱居，繼續行醫。《潯陽志·董奉太乙觀》記載：“董奉居廬山大中祥符觀”。《真仙通鑑》記載：“奉在人間百年，其顏色常如三十許人。”張景詩云：“桃花漫說武陵源，誤殺劉郎不得仙。爭似蓮花峯下客，栽成紅杏上青天。”說的是董奉在廬山成仙的傳說故事。
也有人說，董奉年青時就離開福建前往江西廬山學道，併爲民除害。當時由於江西江河溪澗裏多出現巨蟒，常危害人畜，董奉設法殺之。據《廬山志》卷七記載：“潯陽城東門通大橋，常有蛟，爲百姓害，董奉治之，少日見一蛟死浮出。”
《廬山志》還記載董奉在江西行醫期間，有一縣官女兒得了怪病，醫療無效，請董奉醫治即愈，於是縣令便把女兒嫁給董奉爲妻。因董奉長年累月要外出爲人治病，怕妻子孤單，便收養一女爲她侍候。
董奉醫術的高明和不求名利、樂善好施的高尚醫德被人們傳爲佳話，千秋流傳。人們把他同當時譙郡的華佗、南陽的張仲景並稱爲“建安三神醫”。後世以“杏林春暖”，“譽滿杏林”稱譽醫術高尚的醫家，喚中醫爲“杏林”。據載今江西九江董氏原行醫處仍有杏林。董奉死後，人們在廬山上建有董奉館;在長樂有一座山被稱爲董奉山;在福州的茶亭街河上村有一座明代的救生堂，均爲紀念董奉。《真仙通鑑》載：“奉在人間百年，其顏色常如三十許人。”可見董奉有一套養生之道。
今古槐鎮龍田村境內有董奉山，就是後人爲紀念董奉改名的。董奉山原名福山，唐李吉甫《元和郡縣誌》說福州是“因州西北有福山，故名”。清乾隆《福州府志》按語說：“福山，今名董峯山，屬長樂縣”，董峯可能是董奉的諧音。有的說，福州得名的福山，就是董奉山。
今在董奉的老家，古槐鎮龍田村與雁堂村交界處，建起了頗具規模的董奉草堂。草堂佔地20畝，仿後漢三國時代風格而建，四周遍植杏樹，使我們能感受“杏林春暖”千古佳話的意韻。
董奉草堂中的景觀有中國長樂中醫館、“杏林望重”大屏風、清代名醫陳修園專館南雅堂、“百草園”以及各種石刻等景點。正廳內立董奉“懸壺濟世”半身塑像。
