“止嗽散”一方，爲臨牀中醫大夫所習用，只要是由感冒所引起的咳嗽都得用它。可它背後卻有一個鮮爲人知的故事。
傳說程鍾齡有祖墳葬於某山之上，其墳低處(亦曰墳下)，有當地一土豪之祖墳，該墳墓四周栽有多棵古柏，因程鍾齡之祖墳居其上，爲古柏的橫枝所穿進，墳內的棺槨將露，程鍾齡前往該土豪家中與他相商，要求剪除其穿墳的柏樹枝幹，但土豪不同意，並且堅決拒絕了他的請求，程鍾齡迫於無賴便自行前往伐樹。土豪大怒，便率領家奴數人前去阻止。
鄉民都爲程鍾齡鳴不平，聚集了數十人與土豪相爭，程鍾齡極力阻止，但沒有奏效。在毆鬥中，土豪的一名家奴被鄉民毆斃，於是土豪便訴訟於官府。爲了不累及鄉民，程鍾齡遂赴官府自首。官府讞定論抵命，將程鍾齡解省，待秋後處決。
適巡撫的母親身患重病，所有的醫生都治不好……程鍾齡在獄中聞及此事，便私賄其獄卒，賂通臬司。臬司知道鍾齡善醫，便爲程鍾齡易服更名，薦至撫署，爲巡撫的母親診病，診斷開方後仍歸獄服刑。由此便上演了“朝爲上賓，暮爲重囚”之戲。
經過十多天，巡撫母親的病竟獲痊癒。巡撫便以五百金與臬司，臬司讓僕人在獄中贈給程鍾齡說：“這是巡撫的酬金。”程鍾齡說：“本人本來不敢接受這份重金，怎奈家貧又遭劫難，典質一空，留之聊以贍家，故不敢辭;惟老太夫人之疾雖愈，但其根猶存，恐日後他變，當爲擬以調理之方，以防其變……”臬司遂告之巡撫，遂復召程鍾齡。程鍾齡往見巡撫母親，便投地哭拜道：“太夫人救我程某啊!”。
巡撫母親大爲感動，對巡撫說：“他救了我的命，你爲何不救救他?”巡撫說：“他有刑役在身，我實在無法挽回。”巡撫之母便強迫兒子，命他們二人結爲“金蘭”。巡撫不敢違抗母命，嘆道：“案定如山，斷然無改判的理由。如果讓你逃跑，我便與臬司要同受重罪!但母命難違，又不敢辭;爲了保全君命，只好委屈你，讓你遁入空門……”因此程鍾齡遂入天都(今安徽省歙縣)出家修行。
《醫學心悟》一書，其多半內容乃成書於獄中。據民間流傳，巡撫之母，因年邁體弱，患有咳嗽病，經諸醫治療不效，程鍾齡乃以他自創之方“止嗽散”治之，使巡撫母親之病竟然痊癒。該方也救了程鍾齡一條性命。
近幾年來，見到不少資料說“程鍾齡因涉訴訟案，不得已出家修行，爲僧”。其實程鍾齡修行並非爲僧，乃是修行“爲道”。
