李東垣脾胃論的核心是：“脾胃內傷，百病由生。”這與《內經》中講到的“有胃氣則生，無胃氣則死”的論點有異曲同工之妙，都十分強調胃氣的作用。同時，他還將內科疾病系統地分爲外感和內傷兩大類，這對臨牀上的診斷和治療有很強的指導意義。對於內傷疾病，他認爲以脾胃內傷最爲常見，其原因有三：一爲飲食不節;二爲勞逸過度;三爲精神刺激。另外，脾胃屬土居中，與其他四髒關係密切，不論哪髒受邪或勞損內傷，都會傷及脾胃。同時，各臟器的疾病也都可以通過脾胃來調和濡養、協調解決。但他絕對不主張使用溫熱峻補的藥物，而是提倡按四時的規律，對實性的病邪採取汗、吐、下的不同治法。他還十分強調運用辨證論治的原則，強調虛者補之，實者瀉之，不可犯虛虛實實的錯誤，這樣就使得他的理論更加完善，並與張子和攻中求補，攻中兼補的方法不謀而合了。
李氏重視脾胃，探討脾胃內傷病的病因病機，強調了脾胃氣虛，元氣不足，陰火內盛，升降失常是產生多種內傷病症的病機。因此，在治療時，李氏將補脾胃，升清陽，瀉陰火，調整升降失常作爲其治療大法。補中益氣湯是他創立的名方之一，也是其遣藥制方的代表。全方由人蔘、黃芪、白朮、陳皮、升麻、柴胡、當歸、炙甘草組成。在用藥上有三個特點，其一，人蔘、黃芪、白朮等補脾胃之氣，以助肺氣固皮毛;其二，用升麻、柴胡，引清氣上升，助長脾氣升發之力;其三，用炙甘草既可補中又可瀉火熱，以防止陰火熾盛耗傷正氣。其中益氣昇陽爲主，瀉火爲輔，適用於以氣虛清陽不升爲主者。若陰火熾盛之象較爲明顯，李杲又補充說：“少加黃柏以救腎水，能瀉陰中之伏火。如煩猶不止，少加生地黃補腎水，水旺而心火自降。”
對於苦寒瀉火，或解表散火諸法，李杲有時也不放棄，甚至單獨應用。但其應用是十分慎重的，認爲不可久用，因爲寒涼大過，可以耗損陽氣。而苦寒太過，更易於傷胃，可導致脾胃更虛。而且非陰火熾盛時，不可選用。其選用瀉火之法的目的，是用瀉火之品將熾盛的陰火清降，以防止過熾的火熱損傷元氣，具有保護照顧元氣的作用。選用瀉火之品使濁陰下降，又有利於脾胃之氣的升發。當然，選用時—般應適當加入益氣和中之品，使人身正氣有所補充。李杲在治療時圍繞益氣昇陽瀉火三個方面遣藥制方，但具體選用時又根據不同臨牀表現有所側重，其目的卻是爲了保護和恢復元氣，使之充盛，體現了其脾胃爲元氣之本，元氣爲健康之本的指導思想。
《四庫全書·總目提要》說：“醫家之門戶分於金元”。河間學派和易水學派爲中國醫學史上承前啓後影響最大的兩大學派，李杲爲易水學派的中流砥柱，他學醫於張元素但對後世的影響可謂在元素之上。朱丹溪雖爲河間學派的三傳弟子，但其學說在某些方面也受李杲學說某些啓示。明代以後，薛立齋、張景嶽、李中梓、葉天士等醫家都曾對李杲的學說敬仰、研並在此基礎上有所發展，自成一家。此外，龔廷賢、龔居中、張志聰等均受李杲學說很大影響。儘管李氏學說的繼承者們己經明確，醫學史上仍不失爲劃時代的一個里程碑，作爲一名偉大的醫學家，他將永遠名垂史冊。
