安政6年(1859年)10月，因安政大獄，吉田松陰被判處死刑。
文久元年(1861年)12月，久阪玄瑞和爲了加強松下村塾學生爲中心的長州志士的團結，創造了一燈錢申合這一組織(參加者有桂小五郎，高杉晉作，伊藤博文，山縣有朋等24人)。
文久元年左右開始，久阪玄瑞和各藩的志士們交流變的活躍起來，特別是爲長州、水戶、薩摩、土佐的四藩的尊攘派結成同盟而努力，於是他稱爲了尊王攘夷運動以及反幕運動的中心人物。
因爲長井雅樂的「航海遠略策」，使得藩論向公武合體論傾斜，5月23日藩主採取長井雅樂的理論，把朝廷中的攘夷派給說服了。久阪玄瑞多次提出異議，企圖改變藩論，但是同年和宮下嫁，公武合體的方案還是成功了。
久阪玄瑞於是轉向組織“草莽志士糾合”，文久2年(1862年)正月14日，阪本龍馬以劍術修道的名義，帶着武市半平太的書信來到荻，和久阪玄瑞進行碰頭。因爲和馬關的豪商白石正一郎關係不錯，在白石家裏設置了隱瞞的地下集會所。與薩摩藩的西鄉隆盛、土佐藩的吉村寅太郎以及其他久留米藩、筑前藩的志士一起謀劃大事。鬆門的同志一起立下血盟，桂小五郎則向藩主父子、重臣再度彈劾長井雅樂。於是久阪和同志在文久2年(1862年)4月一起上京並致力於扭轉藩論。6月久阪玄瑞說襲擊長井雅樂已經錯失良機，應又向藩主提交長井雅樂的訴狀和待罪書，但是他在京都比較謹慎。但是同時，桂小五郎成功勸說長州藩的藩主毛利敬親攘夷成功，7月6日長井雅樂失勢。
同年8月，久阪玄瑞向藩主提交《回瀾建議》，藩主毛利敬親採納了這條建議，拋棄了航海遠略策，《回瀾建議》則成爲了藩論。9月，他向全國的志士提出了行動綱領《解腕癡言》，主要意見是“不要向西方強大的武力而屈服的開國，而是奮起盡力對等的進行交涉，藉此等到我國國力回覆，武力整備後，再簽訂對等的條約。”這貫徹了他的老師吉田松陰一向的主張，並且力主權力從幕府回到朝廷手中。
同月，他解除了一向謹慎的態度，認爲應當加速活動，與薩長土三藩的志士進行碰頭，受到攘夷御下命的敕使的鼓勵而下定決心。9月末和土佐藩的阪本龍馬、福岡孝弟一起商議三藩組建近衛兵的事宜。接着和攘夷派的三條實美、姊小路公知結交好關係。
10月，與桂小五郎一起和督促幕府攘夷的勅使三條實美、姊小路公知進入江戶，強迫幕府實施攘夷。對此，第二年幕府將軍德川家茂上京接受了勅旨。
