歷史爭議
在丁卯之役中，最具爭議的就是明朝東江鎮(東江鎮治所爲皮島)總兵毛文龍的動向。據毛文龍前後塘報，他在戰前就已經做了準備，從正月十四日開始，六王子(濟爾哈朗)率4萬人，在當地朝鮮人的引導下全力進攻明軍，攻克鐵山，都司毛有俊自殺未遂，劉文舉被俘而死。大王子(實爲二貝勒阿敏)領兵4萬攻打雲從島，毛文龍在正月十五日夜襲阿敏部，打死後金兵數百人，但自己也損失700餘人，十七日夜又將2300餘名投降女真人全部殺死，阿敏沒有內應，無奈只好於十九日撤退，然後遷怒朝鮮，便攻打郭山、安州等處。毛文龍稱他的主力都被調遣去過江牽制，手下雖有二萬餘兵，但缺乏糧食，無法正面抗擊後金，只能一面“安安靜靜……堅壁固守”，一面佈置兵力，相機援朝，乃於正月二十二日嚮明廷乞求糧餉。過了一個月，毛文龍自稱在二月二十一日分別於義州西門和晏庭關口兩處襲擊後金兵，多有斬獲，二十二日其部將毛永詩(孔有德)也在小鐵山伏擊了後金兵，並聯絡朝鮮義兵不斷騷擾侵朝後金兵，在其打擊下阿敏被迫撤出朝鮮。毛文龍對戰果總結道：“一勝於宣州、車輦、江當、溝小、鐵山等戰，再勝於義州、晏庭關、瓊山、青龍山等戰，三勝於積糧倉、千家莊、彌川堡、鎮江沿邊等戰，四勝於雲從關、口龍、王宛子。本鎮親督內丁之鏖戰，五勝於會哨。國王彼此夾攻，逼賊於瓶山(平山)之遠戰，計各路相機攻殺，死傷悍虜無數”，而他本人也親中二矢。根據李嵩的題本的內容：“奴以十萬之衆蹂躪東江，毛文龍乃能於狂烽正熾之際，奮敵愾迅掃之威。今解到活夷三名，夷級四百七十七顆，達帽二百九十頂。逐一驗視，歷歷皆真。毛帥之功，於是乎不可及矣!”此爲丁卯之役毛文龍所得戰果。
但是，毛文龍自己的捷報不僅與後金相左，也得不到其他史料的有力支持。在毛文龍是否與後金有過交戰的問題上，後金方面如是說：“時毛文龍遁往海島，未能擒獲”。明朝方面，在丁卯之役後被毛文龍請求朝廷敘功的關寧援軍中的一員、水軍遊擊周文鬱否認了毛文龍與後金作戰取勝、保全屬國之說，他記載道：“奴於丁卯燈節前用(李)良梅嚮導，潛克鐵山，時龍以在雲從過節幸而免，奴復破朝鮮黃海等四道，自是知龍不能大有爲。”後來袁崇煥矯詔殺毛文龍，稱他有“十二當斬”，其中第十一條就是丁卯之役時“奴酋攻破鐵山，殺遼人無算，文龍逃竄皮島(實爲雲從島)，且掩敗爲功。”朝鮮方面給明朝的奏報也稱：“是日(十四日)夕，前鋒已至定州，一枝大隊分向宣川浦口，要搶毛將，毛將自冰合後駐雲從島，賊兵不得入，將蛇浦所住遼民及毛鎮軍兵盡行廝殺。”二月五日，朝鮮大臣崔鳴吉抱怨說：“我國被此兵禍，而渠(指毛文龍)不出一兵相救。”對此，毛文龍是這樣辯解的：“乃有謂臣退居雲從，不聞一矢加遺，不知鐵山與雲從地脈相連，惟潮漲難渡，退則不過二三裏之隔，冬春凍潮不長，方圍數百里結冰平坦，人馬通行，其水陸程途，地裏險易，臣上年遵旨自己審處奏報內，一一詳明，當事者何不取疏揭而覽之?”
而在朝鮮史書中能夠確認的毛文龍戰績是其二月在龜城西北的青龍山城打敗後金兵和三月在千家莊襲擊後金運糧隊，以及支援少(小)爲浦李立、龍骨城鄭鳳壽等朝鮮義兵將領堅守龍川龍骨山城，到六月下旬潰散棄城，平安監司金起宗等稱，城中明軍皆被殺死，同時毛文龍與東援的監軍太監胡良輔也在義州附近被後金打敗。此外，毛文龍還犒賞過李忠傑等朝鮮義兵將領，收留避難的朝鮮官民。另據出使皮島的朝鮮官員申達道的報告，戰爭開始時確實有朝鮮百姓爲後金嚮導，導致毛部對朝鮮民衆大開殺戒，即便是戰爭結束後，殺戮並未停止，毛部仍有搶劫朝鮮船隻、殘殺朝鮮百姓的劣跡，還有漢人殺死朝鮮百姓冒充後金兵來向毛文龍討賞之事。
戰爭影響
對後金而言，丁卯之役是一次大捷。首先，後金從朝鮮掠奪大量糧食和物資，對其饑荒有所緩解;戰後朝鮮不得不承諾不再接納逃人，困擾後金的逃人問題也在一定程度上獲得解決;第三，朝鮮被迫與後金結爲兄弟之國，建立外交關係，一面向後金輸歲幣，包括雜色綢六百匹、白苧布二百匹、白布四百匹、雜色木綿二千匹、正木綿五千匹、豹皮五十張、水獺皮二百張、青黍皮一百六十張、霜華紙五百卷、白綿紙一千卷、彩花席五十張、花紋席五十張、龍席一張、好刀八柄、小刀八柄、丹木二百斤、胡椒、黃慄、大棗銀杏各十鬥、幹柿五十貼、全鰒十貼、天池、雀舌茶各五十封;一面則被迫開市於義州中江，自1628年後每年送後金2000石糧食，交易1000石糧食，解決了後金的燃眉之急。在這次戰役中，後金主將阿敏不顧衆人反對，屢次揚言要入居漢城，並在給朝鮮的書信中暗示了欲稱王於朝鮮的念頭，使皇太極知其不臣之心，成爲他留給皇太極的一大把柄。三年後皇太極懲治阿敏的“十六大罪”中的第二條便是阿敏在丁卯之役中“心懷異志”。
對朝鮮而言，因丁卯之役而蒙受的直接損失是相當慘重的，不但城池被毀壞、軍民被屠殺，還有很多朝鮮人成了後金的俘虜，僅清川江以南六邑就近5000名朝鮮人被擄走(600餘人逃回)，作爲戰爭重災區的清川江以北只會遠多於此;另一方面，丁卯之役的結果雖說是“暫事羈縻”，也無異於奇恥大辱，仁祖政權的形象進一步下跌，陷入合法性的困境。丁卯之役結束後，住在江原道橫城的前官員李仁居便以仁祖政權“與奴賊相和”爲由舉事，並批評仁祖不但不臥薪嚐膽，反而與後金頻繁往來，爲“天地神人之所共憤”。當然，仁祖政權並非甘心就範，在給後金的禮物上偷工減料、牴觸會寧開市、不認真遣返逃人及禁止越境採參等，最重要的是沒有斷絕和明朝的關係，因而引發九年後皇太極親征朝鮮的“丙子之役”，後金與朝鮮的關係問題才塵埃落定。
毛文龍宣稱他在丁卯之役中取勝，以抗金援朝、保全屬國之功自居，明廷嘉獎毛文龍與魏忠賢，並撥給毛文龍十萬餘兩白銀、五萬石糧食。毛文龍還移諮責怪朝鮮人爲後金嚮導，無視朝鮮的抵抗，令朝鮮極爲不滿。朝鮮平安道觀察使金起宗譴責道：“毛將持兵在島中，不敢窺賊左足，而只以日獻僞捷，厚罔天朝。”在北京的朝鮮使節金尚憲也極力辨毛文龍塘報中對朝鮮之誣，所幸明廷並不在意。朝鮮在戰爭期間嚮明朝發送告急諮文，被毛文龍阻攔而未果;戰後朝鮮上奏明廷，在詳細彙報戰況時有言：“毛鎮駐紮島中，勢未及出海而相援”。毛文龍看到朝鮮給他的諮文中有埋怨他不援助的內容，暴跳如雷，除了要求刪除此內容外，還不許朝鮮將講和之事奏報明朝，極力阻止奏聞使權怗一行。權怗被迫將奏文打回朝鮮政府，朝鮮政府違心刪改奏文(但未刪講和之事)後，毛文龍才轉怒爲喜，允許朝鮮奏聞使赴明。其時明熹宗駕崩，弟弟信王朱由檢繼位，是爲崇禎皇帝，對朝鮮奏報予以優詔答覆。總之，朝鮮認爲毛文龍在戰爭中沒有提供給他們什麼支援，以致他們不得已締結屈辱盟約。經過丁卯之役，毛文龍與朝鮮政府的關係徹底弄僵，朝鮮仁祖甚至罵毛文龍“與禽獸無異”。
