1636年4月丙子(明崇禎九年，朝鮮仁祖十四年，後金崇德元年)，皇太極正式由汗改稱皇帝，改國號大清，族名滿洲。他事先將此事通報朝鮮，希望朝鮮參與勸進。朝鮮聞訊大譁，積累近10年的憎惡、羞辱情緒一併迸發。朝鮮臣僚紛紛痛切陳詞，“使彼虜得知我國之所秉守，不可以幹紀亂常之事有所犯焉。則雖以國斃，可以有辭於天下後世也”。在一片慷慨激昂的氣氛下，仁祖拒不接見後金使團，不接受其來書。後金使團憤然離開漢城，沿途百姓“觀者塞路，頑童或擲瓦礫以辱之”。該年四月，皇太極在瀋陽正式舉行稱帝大典，朝鮮使臣羅德憲、李廓拒不下拜。
皇太極非常氣憤，認爲這是朝鮮國王有意構怨，同年12月，皇太極以朝鮮違背盟約爲由，準備入侵朝鮮。派濟爾哈朗守瀋陽，阿濟格、阿巴泰守遼河入海口以遏明軍，皇太極親自率領清軍十二萬入侵朝鮮。皇太極令多爾袞、豪格分統左翼滿洲、蒙古兵，從寬甸入長山口;戶部承政馬福塔 等率兵三百人突襲朝鮮王都漢陽城，多鐸、嶽託等人率數千兵馬接應。皇太極與代善率其他各路軍馬進攻朝鮮。馬福塔、多鐸等部襲敗了漢陽守軍，而在此時的京畿之內“上下惶惶，罔知所爲，都城士大夫，扶老攜幼，哭聲載路”。仁祖再次將王妃、王子和大臣妻子送往江華島避難，自己則率領文武百官退守南漢山城等待各路勤王軍的到來，同時派出崔鳴吉等人赴清營談判，拖延時間。朝鮮請和書中寫道“朝鮮國王謹上言於大清寬溫仁聖皇帝：小邦獲戾大國，自速兵禍，棲身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之約，恤小邦生靈之命，容令小邦改圖自新，則小邦之洗心從事，自今始矣。必欲窮兵，小邦理窮勢極，以死自期而已”云云。
隨後清軍主力渡鎮江，佔領郭山城，定州、安州不戰而降。清軍乘臨津江結冰之際渡江攻佔漢陽，會合各部包圍南漢山城。朝鮮各處守軍見國王被圍，紛紛前來支援，但先後被清軍擊敗。
皇太極見朝鮮君臣求和之切，毫無鬥志，乃對其迫降，下令清軍包圍南漢山城，伐木列柵，繞城駐守，山城內糧草斷絕，不得不殺馬充飢。各路勤王軍隊也被清軍擊敗，朝鮮君臣只有坐困孤城。仁祖曾經爬到南漢山城的南門，看到城下清軍黑壓壓一片，不禁長嘆。清軍在望月峯上升白旗書招降二字，又致書仁祖，令其出城投降。仁祖則復書“重圍未解，帝怒方盛”，所以不能出城請降，“古人有城上拜天子者，蓋以禮有不可廢，而兵威亦可怕也……”。見朝鮮方面還在糾纏於出城投降的細節，不耐煩的皇太極下令用火炮攻城，同時遣多爾袞襲破江華島，俘虜朝鮮王妃、王子、宗室、羣臣家屬等76人。
1637年(崇德二年)正月，朝鮮全羅道、忠清道等地的援軍趕到，先後殺死了滿洲大將揚古利、佐領固山、達蘭、驍騎校僧錫、雲騎尉鄂海，參領特穆爾，佐領弼雅達、阿紐、都敏，但是依然不能挽回敗局。
皇太極遣使，要求朝鮮仁祖出城投降。見大勢已去，仁祖只好求和，正月三十日，仁祖將親明反清的主要人物弘文館校理尹集、修撰吳達濟及臺諫官洪翼漢縛獻清軍，率領羣臣出南漢山城，脫去王服，改穿青衣，徒步前往漢江東岸的三田浦清營拜見皇太極，伏地請罪，行三跪九叩之禮。
皇太極降旨赦之。雙方築壇盟誓，朝鮮去除明朝的年號，繳納明朝所賜誥命敕印，奉清朝正朔，定時貢獻，並送質子二人。此外，朝鮮朝廷中主戰最堅決的洪翼漢、尹集、吳達濟三人被清軍索要，在瀋陽就義，號稱“三學士”。此役爲朝鮮歷史上著名的“丙子虜亂”。
雙方簽訂和議：
朝鮮成爲清朝的藩屬國。 接受清朝的冊封，朝鮮斷絕與原宗主國明朝的關係。 朝鮮仁祖以其長子李溰、次子李淏赴清朝作人質。 世子李溰長居瀋陽，另外一質子則由鳳林大君和麟坪大君輪流擔任。朝鮮應向清朝朝貢。每年黃金百兩、白銀千兩、水牛角二百對、貂皮百張、鹿皮百張、茶千包、水獺皮四百張、青黍皮三百張、胡椒十鬥、腰刀二十六口、順刀二十口、蘇木二百斤、大紙千卷、小紙千五百卷、五爪龍席四領、花席四十領、白苧布二百疋、綿綢二千疋、細麻布四百疋、細布萬疋、布四千疋、米萬包。 清朝攻打明朝所屬的島嶼皮島時，朝鮮應該出兵、出戰船五十艘協助。 清朝禁止朝鮮大量修建城堡等防禦工事。 在一系列儀式之後，朝鮮服屬了清朝統治，並在三田渡地區建立“大清皇帝功德碑”(即三田渡碑)。皇太極隨即撤軍歸國。
在滿洲貴族的軍隊入侵朝鮮的過程中，朝鮮對明朝一直懷着等待拯救的信念，甚至打算國家滅亡也不對滿洲人投降。丙子虜亂中，國王的態度是“唯望父母邦之來救矣”。“壬辰之役，微天朝則不能復國，至今君臣上下，相保而不爲魚者，其誰之力也?今雖不幸而大禍迫至，猶當有隕而無二也。不然，將何以有辭於天下後世乎?”。寧願滅亡也不願背離華夏，重要的理由還有無法面對“天下後世”。這一切的動機背後是巨大的倫理決擇與價值判斷。朝鮮“寧獲過於大國(指滿清)，不忍負皇明”。而在戰敗被迫投降之後，即使是“身在滿營心在漢”，朝鮮國王仍在自身心理的道德自律感上揹負着沉重的壓力感。“正月朔乙丑，上於宮庭設位西向中原哭拜，爲皇明也。”。而在其子孝宗國王的記載中，這位仁祖大王每當“語及皇明，至於嗚咽不能言”。由於此種內在的道德壓力與深切自責，朝鮮國甚至在發生了虛造的傳言。據說“(日本)關白執政輩，以朝鮮與韃靼合，莫不駭憤，將欲興師而來”。驚恐之中，正是集體意識中對道德要求的執着與自責意識。
結果
清朝將五十萬朝鮮人作爲俘虜押回國充作奴隸，並掠走朝鮮大量物資，後來朝鮮政府向清朝支付贖金贖回了一些人。根據協議，朝鮮被迫與明朝斷交，接受清朝的冊封，成爲清朝的藩屬國。根據規定，朝鮮使用的年號由明朝年號改爲清朝年號。洪翼漢、尹集、吳達濟三人被清軍抓往瀋陽殺害，號稱“三學士”。
雖然朝鮮屈服於清朝的統治，但朝鮮人民對清朝非常反感，稱清朝爲“胡虜”。這種敵對的稱呼和態度，在《朝鮮王朝實錄》中比比皆是。朝鮮方面僅僅在外交上使用清朝年號，在國內則不使用，稱爲“某某王某某年”，例如“仁祖大王十二年”等等。不少士人尊崇明朝，使用“後崇禎”年號，致使“崇禎”這個年號被朝鮮士人沿用數百年。而在朝鮮孝宗在位期間，朝鮮甚至密謀起兵，聯合日本江戶幕府、南明反對滿清，後來又計劃響應三藩之亂和明鄭政權。但北伐計劃最終因財政困難而計劃擱淺。
在外交方面，朝鮮建立迎恩門以迎接清朝勅使，在1637年至1881年之間，朝鮮先後161次接待清朝勅使。朝鮮每年四次向清朝進貢(1644年後改爲每年一次)，直到甲午戰爭清朝戰敗爲止。而在甲午戰爭清朝戰敗之後，迎恩門被拆毀，改建獨立門。
影響
具有高度發達的儒家文明、以“小中華”自居的朝鮮，淪爲落後的山林狩獵民族建立起來的清朝的藩屬國，在當時的朝鮮是令君臣、黎民都痛心疾首的事情，丙子虜亂對朝鮮社會、文化的衝擊非常大。國王和文武兩班大臣的權威一落千丈。清朝的徵索也加重了朝鮮的負擔。經濟掠奪、政治欺壓、文化差異，使得終朝鮮之世，思明反清的情緒一直都是社會思潮的主流。
在華夷秩序的天道倫理之自然性中，“華夏”即意味着對高尚的文化與族羣正義性，對中華的徹骨認同即是對文化與族羣尊嚴的徹骨認同。因此，朝鮮也向來樂於自已“小中華”的美稱。“吾東方自箕子以來，教化大行，男有烈士之風，女有貞正之俗，史稱小中華”。“山川險隘，人民多貧。只以稍遵禮俗，自古中國亦許之小中華”。
對於丙子虜亂，從一百多年後朝鮮人樸趾源的記載中，仍對當時明朝的態度心懷感激：“崇禎丙子清兵之來也，烈皇帝聞我東被兵，急命總兵陳洪範調各鎮舟師赴援。洪範奏官兵出海，而山東巡撫顏繼祖奏屬國失守，江華已破。帝以繼祖不能協圖匡救，下詔切責之。當是時，天子內不能救福、楚、襄、唐之急，而外切屬國之憂，其救焚拯溺之意，有加於骨肉之邦”。
清朝班師途中順勢攻陷皮島，拔除了明朝在遼東沿海的最後一顆釘子。
