養廉銀最大的缺點在於嚴重拖垮了清朝的國家財政，是清朝國家財政的很大負擔。據史籍記載，清朝國家財政收入的百分之十，支出的八分之一都用在了養廉銀，也就是高薪養廉上面。而且養廉銀最受後人詬病的是它並沒有養出清廉的官員。養廉銀在雍正皇帝時期起到了一定的效果，從康熙皇帝末年以來的吏治敗壞的局面略有緩和，但是經過乾隆皇帝時期浮華的影響，吏治更加敗壞，貪污腐敗成風，知識階層和官吏的道德淪喪，貪官和珅廣爲人知，但是乾隆皇帝和之後的嘉慶皇帝時期的大貪官絕不只有和珅一個人。
進入道光皇帝時期後，吏治敗壞已經到了不可收拾的地步。養廉銀給了官員優渥的生活，但是他們不知足。而且，養廉銀來自火耗歸公。火耗歸公本來是不得已才實行的方法，實在是巧立名目征斂太過強盛，雍正皇帝纔將其收歸國家。但是火耗歸公把不合法的附加稅合法化，等於是給官員貪污受賄開了頭。
小編看來，養廉銀的設置不是爲了養出清廉的官員，康熙皇帝末年吏治敗壞不僅僅是貪腐盛行，因爲康熙皇帝本人在政治上不生事的守成傾向，導致官員普遍碌碌無爲，對國家的危害比貪污腐敗更嚴重。所以這個養廉不僅僅在於針對貪污腐敗，還針對的是懶政。
