美國內戰結束後，南方種植園奴隸主並不甘心他們的失敗。他們派人暗殺林肯總統，並準備有朝一日在南方復辟。南北之間企圖復辟與反對復辟的鬥爭從1865年一直延續到1877年。
安德魯·約翰遜1865年3月接替林肯出任總統後，起先仍很器重格蘭特。上臺不久，就派格蘭特到南方去調查研究，以便制訂改造南方的重建計劃。
1866年7月，美國軍隊增添了上將軍銜，約翰遜把第一個上將軍銜授予了格蘭特。但格蘭特對約翰遜縱容南方叛亂分子的做法有很大保留。1867年8月，約翰遜因陸軍部長斯坦頓與他意見不合，想免去斯坦頓的職務，但遭到參議院的抵制。於是他就運用總統權力下令停止斯坦頓職務，並任命格蘭待爲臨時部長。1868年初，參議院正式拒絕總統要求免除斯坦頓陸軍部部長的職務，格蘭特就辭去臨時部長職務。約翰遜公開指責格蘭特此舉是對總統不忠。格蘭特憤然轉到共和黨激進派一邊，並參加了對約翰遜總統的彈劾運動。彈劾運動雖然失敗，但約翰遜已名譽掃地，不可能參加當年的總統選舉了。究竟推舉誰來當總統呢?這是1868年美國大選中的一大問題。共和黨內很多人看中了在內戰中立下赫赫戰功的格蘭特，認爲由格蘭特這樣有名聲的人出來競選，一定會有很大的號召力。但也有人不以爲然，認爲格蘭特一無施政的經驗，二無明確的政治綱領，特別是他對當時最重大的問題——南方重建問題態度曖昧。然而，共和黨當時沒有其他合適人選，所以格蘭待就順利地當上了該黨的總統候選人，並在選舉中輕易地擊敗了民主黨對手霍拉肖·西摩。
1869年3月4日，46歲的格蘭特出任美國第十八任總統。這位在戰場上叱吒風雲的將軍，在高個子的美國人中看是矮子。他有一頭捲曲如波的棕色頭髮，嘴脣微薄，雙手嬌嫩，十指細長，長着一臉絡腮鬍子。可能由於經歷的原故，他的體格健壯，肌肉發達，舉止利落，誰看了都會覺得他是個職業軍人。
格蘭特當政之初，改革者對這位超越政治的總統寄予希望。格蘭特似乎也想就文官制進行改革。格蘭特和所有白宮的新主人一樣，對討官者大爲煩惱。格蘭特曾經說過，“任命官職的權力是總統職務的禍根，在這個國家裏，沒有一個人比總統更渴望進行文官制度的改革。”但是格蘭特在這個問題上的表現好壞參半，他讓財政部長喬治·休厄爾·鮑特韋爾，內政部長考克斯和司法部長霍爾在各自的部裏實行公平考試來確定某些職務的提升和任命;在一八七零年提交國會的年度諮文裏，格蘭特敦促制定改革立法，兩院作出了聯合決定，授權總統成立一個委員會，爲文官制定新規則。格蘭特任命了《哈潑週刊》編輯喬治·威廉領導這個委員會。委員會推薦各類競爭性考試作爲取得各級文官職務的必要條件，並敦促取消政黨對工資的核定。格蘭特下令於一八七二年起實行這些規則。但國會拒絕撥給足夠經費，使該委員會不能有效地推行新規則。只有少數一些政府部門採用了某些規定，在格蘭特的任期內文官制度沒有得到徹底改革。
格蘭特面臨的最大問題是，如何處理南方叛亂諸州政治地位的問題。內戰結束後，南方諸州都由激進的共和黨人把持。他們支持給予自由民以公民權和選舉權。一八六零年代後期，激進的共和黨人在南方開始失勢，他們中的很多人被民主黨人所擊敗。但民主黨人根本就不想給予自由民任何權利。
激進共和黨人在南方最早失勢的是在弗吉尼亞州，弗吉尼亞州的變化是以和平方式進行的。其他各州就不是這樣了，田納西州、喬治亞州和北卡羅萊納州，民主黨人用威脅和暴力手段贏得選舉。這些選舉通常由三K黨人領導。三K黨是一個由白人組成的地下恐怖組織。三K黨人認爲白人優於黑人，他們身穿蒙面衣，破壞共和黨人的會場，威脅、毆打和殺害黑人，迫使黑人遠離政治，他們對那些幫助黑人的白人也採取恐怖行動。
內戰結束後不久，三K黨在南方諸州相繼出現。1871年，共和黨國會議員要求制定法律取締三K黨。一個以共和黨人爲首的調查委員會成立了，該委員會調查三K黨在南方諸州的行爲。他們聽取了大量有關三K黨的恐怖行爲，三K黨的這些行爲爲起草一部控制三K黨的法案提供了幫助。幾經辯論之後，國會通過了該法案。這部法案授予總統在南方各州實行軍管的權力。民主黨人指責這項法案的目的是爲了確保共和黨在南方的權力。格蘭特根據該法案，很快行動了，他宣佈在南卡羅萊納州的大部分地區實行軍管，數千人被捕，他們將在聯邦法院受審，陪審團主要由自由民和激進共和黨人組成。
格蘭特在組織內閣和安排親友的問題上，同樣犯了一系列的錯誤。他選擇退出政壇20年的漢密爾頓·菲什爲國務卿，實爲糊塗和無可奈何;他選拔的三任財政部長，要麼是不合法，要麼是貪污犯，要麼是行賄受賄能手，唯一優秀的戰爭部長約翰·羅林斯卻英年早逝。在其親友的安排上，採取了典型的任人唯親的做法。本來，格蘭特在家族中曾經一度是不討人喜歡的敗家子，當選總統後便被奉爲至尊。有些原來曾嘲笑他的親友，趁機大發其財。格蘭特夫人的家人朱莉婭·登特掌管了就業管理局的大權，吃賄賂肆無忌憚。登特家族的其他幾名成員，也是在格蘭特的幫助下在公共機構委以重任。格蘭特的兩個兒子，分別在軍隊和銀行任重要職務。政治批評家抱怨說，格蘭特一家是“一人當政，雞犬升天”。在格蘭特任職期間，其他方面的醜聞也是數不勝數。 美國人認爲，最大丑聞有五項：
醜聞之一，黑色星期五事件。兩個投機商詹姆斯和傑伊計劃壟斷黃金市場，爲了確保政府不會通過拋售黃金來挫敗他們的計劃，他們僱傭總統的妹夫貝爾·科爾賓對白宮施加影響。在他們的精心安排下，人們看到他們在一艘豪華遊艇上宴請總統，於是許多人誤以爲格蘭特和這兩個人是一夥的，此計得逞以後，兩個奸商就開始大量地購買黃金，使每盎司金價在4 天內長了23.5美元。這時格蘭特意識到他上了當，於是命令財政部拋售了400萬美元的美金，結果造成了金價暴跌。人們稱這一天爲黑色星期五，就是在星期五這天，許多投資者和一些企業因大量購入黃金而破產。
醜聞之二，信貸公司行賄事件。信貸公司的官員曾在聯邦資助建造聯合太平洋鐵路的過程中非法掠取超額利潤，爲了阻止對他們非法活動的調查，他們把股票以大大低於市場的價格出售給一些有影響的國會議員，在這個行賄案中充當該公司代理人的是共和黨議員奧克斯·埃姆斯，被指控接受股票的人中有衆議院議長後來任副總統的斯凱勒·科爾法克和當時的衆議員後來成爲總統的加菲爾德。這件事在1872年的總統選舉中被揭露出來，成爲攻擊格蘭特的一顆重型炮彈。
醜聞之三，拖欠稅款舞弊案。當時財政部長威廉指定約翰·桑伯恩爲特別代理人，負責徵收拖欠稅款，根據私下的協議，桑伯恩所收取的手續費高達所徵稅款的50%。衆議院在1864年進行的調查，表明桑伯恩共收取了40多萬美元的欠款，他得到了其中的一半左右。這場醜聞導致了財政部長的辭職。
醜聞之四，威士忌酒集團案。1875年，財政部長本傑明·布里斯發現有將近數百名釀酒商和聯邦官員根據一個密謀把數百萬美元的酒稅裝進了自己的腰包。格蘭特得知此事，勃然大怒，命令檢查官們要迅速查處，不讓一個有罪的人逃掉，可是不久格蘭特的私人祕書奧維爾·巴布克被證明捲進了這個醜聞，格蘭特口氣軟了下來，並且開始給巴布克求情，試圖讓他的私人祕書逃脫罪責，在這一樁大丑聞中有110名參與密謀者被證明有罪。
醜聞之五，陸軍部長賄賂案。1876年，陸軍部長貝爾納普被指控每年接受許多印第安貿易商人的酬金。開始還是他的妻子來收取酬金，在他的妻子死後，貝爾納普乾脆開始自己收錢，在參議院的審判開始之前，他知趣地辭去了部長職務，這才避免了彈劾。
接二連三的醜聞使格蘭特名聲大損，因爲在這些方面他也有不可推卸的責任。他對經濟一竅不通，同樣引起了選民們極大的反感。在1874年的國會選舉中，儘管格蘭特的支持者還想推舉他當總統候選人，但格蘭特決計不再參加第三次總統競選。在最後一次給國會的諮文中，他坦率地承認：“沒有任何搞政治的經驗就被選爲總統，這是我的幸運，也是我的不幸……”。
當然，格蘭特任期也並非毫無政績。雖然他面臨戰後財政捉襟見肘的窘境，但力主大赦“叛亂”者，重建飽受苦難的南方，並給南方各州帶來了一定程度的政治民主。在外交上，他執行“中立政策”，集中精力處理美國國內事務，當時正值美國工業革命時期，美國的製造業和石油業都得到了顯著的發展。另一項成就就是在南方建立了黑白同校的公立學校。
