東漢初年(公元79年)舉行的白虎觀會議就是一個官方舉行的妄圖彌合今古文經學異同的重要的學術會議。會議的效果由班固寫成《白虎通德論》，又稱《白虎通義》，簡稱《白虎通》一書。《白虎通》是以今文經學爲根底，開端完成了經學的共同。
東漢末年，古文經學的集大成者鄭玄，網羅衆家、遍注羣經，對今古文經學進行了全面總結，自成一家之言。鄭玄以古文經學爲根底，但又能吸收今文經學中的長處，態度謹慎，腳踏實地，無徵不信，然後超過了前人。自此今後鄭學興盛，這不只標誌着今古文經學之爭的完結，也標誌着漢代經學的衰亡，之後今文經學也隨之消失。 漢朝是經學最爲興盛的年代，朝野內外吟誦經文蔚然成風，《漢書·韋賢傳》引民間諺語說“遺子黃金滿贏，不如一經”。
漢朝的“以經義決獄”是漢朝經學與王朝政治相結合的一大特徵，也是漢朝經學茂盛的一大標誌。儒生經過司法實踐並官學私學教育，推陳出新，把經學思維深深的植入了一般民衆之中。 魏晉南北朝經學 魏晉南北朝時期是經學由式微走向別離的時期。在曹魏時期，呈現了王學與鄭學之爭。王學，是指王肅所創立的經學系統。王肅是司馬昭的外祖父，所以王學獲得了司馬氏的支撐，他註解的《尚書》、《詩》、《論語》、三《禮》和《左氏春秋》以及其父所作的《易傳》都被列爲官學。王學和鄭學之間的紛爭，並不是樸實的學術爭論，而帶有激烈的政治鬥爭的意味。這場紛爭一起也標誌着兩漢經學的式微。
魏晉時期在經學獲得效果較大的還有王弼、何晏等。王弼注《周易》，擺脫了漢代用“象數”和讖緯說明《周易》的老路，開創了用義理、思辨哲學說明《周易》的新路，這是經學史上一次嚴重變革。何晏所作《論語集解》收集了漢以來各家之說，對後世影響很大。這一時期經學的特色是經學逐步形而上學化。
南北朝時期經學也跟着政治上的南北敵對而分立爲南學和北學。據《北史·儒林傳》記載，南學《周易》尊王弼，摒棄象數、發揮義理，《尚書》盛行《孔傳古文尚書》，《左傳》盛行杜預撰《春秋左傳集解》;北學《周易》、《尚書》主鄭玄，《左傳》主服虔。“南人簡約，得其精華;北學深蕪，窮其枝葉。”從學術風格上講，南學受形而上學和佛學影響比較大，能博取衆家之長，又喜別具一格，反映了其哲學思辨才能的進步，而北學受北方遊牧民族質樸風氣的影響，堅持了漢朝經學以章句訓詁爲宗的特色。
