光緒是大清的倒數第二位皇帝，他也是沒有任何徵兆突然死亡，並且死因不明，這就給後世留下了很多猜測。
和同治帝一樣，光緒帝正當盛年時卻突然死去，成爲慈禧垂簾聽政之下的第二個犧牲品，而且他的死與慈禧的死僅相差一天。因而，關於他的死因也就引起了世人的種種猜測。
第一種觀點認爲光緒是患重病而死。在廢立風波中，光緒依舊做他的皇帝，但他的實權卻丟了，精神也備受打擊。光緒帝重重的顧慮極大地影響了他的健康。另外光緒帝自幼孱弱，脾胃素來虛弱。光緒雖貴爲天子，卻連一個孤兒也不如。據宮中太監寇連材日記說，當時宮中人受各種限制，不能親近光緒。惟有西太后可以親近他，而她當時驕奢淫逸，對光緒的生活根本不管。小皇帝每天有數十種菜，但菜皆不能入口。光緒要加菜，御膳房必先告知太后，慈禧必然責備他鋪張浪費，不懂節儉，光緒只好從小捱餓。
光緒在這種情況下，很容易患上重病。《清德宗實錄》、《清史稿》、《光緒朝樂華錄》等都說光緒久病體虛，至光緒三十四年病入膏肓，最後駕崩，但這些均爲官方文件，可信度不一定高。
第二種說法最爲流行，說是慈禧謀害了光緒帝。持這種觀點者認爲光緒雖然長期被囚，保皇黨卻極依靠他。慈禧自己身體健康，能執政時，百般折磨光緒。晚年，她力不從心了，便想害死他。當時因擔任起居注官而能接近光緒的惲毓鼎，寫了一部《崇陵存信錄》(又名《光緒外傳》)，記錄了光緒臨死前的狀況：光緒三十四年(公元1908年)秋忽然傳出病重消息，召京外名醫入宮診視。診脈時，光緒靜靜地把雙手置案上，自己寫出病情。入診者都說光緒身體尚健。
? ?十月初十，逢慈禧萬壽節(生日)，光緒出瀛臺，替太后祝壽，有人看見他爲準備跪拜而活動筋骨。十九日，宮廷大亂，增加侍衛，稽查出入，傳言光緒駕崩。次日，宮中恢復了寧靜，午後，傳載灃監國、溥儀入宮教養之命。二十一日，皇后入瀛臺探視，光緒早已氣絕身亡。太后聞此，僅嘆息幾聲。
在這則記錄裏，惲毓鼎實際上暗示慈禧害死了光緒。而且，慈禧宣佈光緒病重，和百日維新後廢立風波之做法一樣。惲氏長期任起居注官，他的話具有一定的可信度。
而曾在宮中擔任女官的德齡女士，則在《清宮二年記》等書中，明確地指明正是李蓮英下毒害死了光緒。
民間一直流傳着這樣一個故事：努爾哈赤在建都東京時，按照風水先生的指點，在當時的東京城西南角修建娘娘廟;在東門裏修建彌陀寺;在風嶺山下修建千佛寺，想用3座廟把神龍壓住，以保龍脈王氣。但是，3座廟宇只壓住了龍頭、龍爪和龍尾，城裏的龍脊樑並沒被壓住。於是，龍一拱腰就飛騰而去，一直向北飛到渾河北岸。努爾哈赤正爲此鬱悶之時，忽一日有人來報，說是他家附近的樹林落下一隻鳳凰。努爾哈赤急忙帶衆臣前去觀看，剛剛走近，鳳凰突然騰空而起，直向瀋陽方向飛去。努爾哈赤深知鳳凰不落無寶之地，就請風水先生到瀋陽察看，發現瀋陽真是一個龍興寶地，於是，當即下決心遷都瀋陽。
這個傳說似乎過於神奇，也不能作爲努爾哈赤突然遷都瀋陽的合理解釋。但歷朝歷代，帝王將相建都建城，都把風水放在首位，這卻是事實。
瀋陽處在渾河之陽，上通遼河，遼河又通大海，又有輝山做依背，山水交融。據《盛京通志》載，瀋陽的輝山有“包羅萬象、跨馭八荒之勢。遼水右回，渾河左繞，佳氣輪囷蔥鬱，萬年帝業非偶然也”。又稱其山源出長白西麓，由長白而永陵起運(在新賓縣境內)，由起運山而福陵天柱山(沈東陵)，由天柱山而昭陵隆業山，一脈相承，直到瀋陽以西塔灣而止，是爲“龍脈”，也稱“龍崗”。努爾哈赤的老巢赫圖阿拉城，祖陵永陵，以及瀋陽的故宮、福陵和昭陵，都建在這條“龍崗”上。對“龍崗”一說，史書記載很多。
《盛京通志》載：“啓運山，興京城西北十里永陵在焉，自長白山西麓一干綿延折至此，重巒環拱，衆水朝宗，萬世鴻基實肇於此。”《清史稿地理志》載：“啓運山在平嶺南麓，永陵之橋山在焉，所謂龍崗之正脈也。”對於東陵所在天柱山，《長白山徵存錄》載：“啓運山西二百四十里爲天柱山，太祖高皇帝之陵寢在焉，名曰福陵，距奉天四十餘里。又西越奉天城西北十里許，爲隆業山，太宗文皇帝之陵寢在焉，名曰昭陵，距長白山一千七百餘里，土人統呼爲龍崗。”
相傳努爾哈赤在爲其父祖選擇陵址時，曾請風水先生指點，風水先生指着祖墳上面的山說:這座山形似條龍,南面那座山形似鳳凰,中間平原上有一條河(蘇子河),這是龍鳳夾一槓,後輩必當皇上。
於是，努爾哈赤就在這裏建了祖墳，是爲永陵，並將這祖墳裏的祖宗們追封爲皇帝，建陵謁拜。幹隆皇帝在東巡拜謁永陵時，曾作《恭瞻啓運山作歌》：“長白龍幹西南來，靈山啓運神堂開。原運流長綿奕世，駢蕃褆祉皇圖培……”可見，直到100多年後，努爾哈赤的子孫們對龍脈一說也是深信不疑的。
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