清朝對地方上的總督和巡撫的職權範圍，劃分的很清楚：總督管軍事，巡撫管民政。但在清朝前期，巡撫在軍事上，受制於總督，以及所在省的綠營兵，身份比較尷尬。
有的總督轄區只有一個省，比如直隸和四川，就由總督兼理巡撫。有的省則是總督和巡撫同駐一城，比如湖廣總督與湖北巡撫同駐武昌，兩廣總督同駐廣州。這種情況下，總督的權限要大於巡撫，畢竟總督有軍權。
有的省則只有巡撫沒有總督。看似沒有總督的“壓迫”，巡撫可以在省內當老大。比如河南、山東、山西三個省，是沒有總督只有巡撫。但各省的軍事權也不在巡撫手上，各省都設有總兵或提督。總兵或提督不是巡撫的屬下，巡撫無權調動本省的綠營兵。
這就容易出問題。比如省內出了什麼事，巡撫需要用兵，可他沒有調兵權，就只能找總兵或提督商量。遇到好說話的總兵或提督還好，遇到刺頭，巡撫一個兵也調不動，耽誤了朝廷的大事。
在有總督有巡撫的省份，巡撫因沒有兵權，實際上的權力要小於總督，甚至是總兵或提督。這很容易導致總督一人獨大，或總兵提督在沒有總督的省份專橫跋扈。
康熙帝注意到了這個問題。兵部主事楊兆傑在康熙六年(1668年)上言，認爲朝廷應該讓巡撫管轄各省的綠營兵。楊兆傑說得很直白：絕不能讓武將勢力坐大，由文官性質的巡撫代替朝廷管各省綠營兵比較安全。其他官員也不斷上摺子，所論和楊兆傑別無二致。
康熙帝認爲事情要一分爲二的看。巡撫管兵，文官未必能管得好武事。但也必須讓巡撫分走總兵的一部分兵權，讓他們互相監視，方爲上策。
康熙十年(1671年)，康熙帝下詔，巡撫並沒有取代總兵或提督的兵權，而是把各省綠營兵自副將以下的管理權，交給巡撫，尤其是沒有總督的幾個省，如直隸(當時只有巡撫)、山東、河南、山西。這樣做有一個好處：巡撫可以控制綠營兵的中下級軍官，從側翼監視總兵或提督。而巡撫不能調動總兵提督等高級軍官，也降低了巡撫在本省一家獨大的風險。
應該是嚐到了巡撫分兵權的甜頭，清廷從雍正以後，在設有總督的地方，也給這裏的巡撫分一部分兵權。不過，還是出於防範巡撫坐大的考慮，康熙十二年(1673年)，清廷規定巡撫可以掌握兩個營的兵力，稱爲撫標，約一千人。撫標並不算在本省的綠營兵數額。
但不管怎麼說，巡撫有了一定兵權，就能和權力過大的總督分庭抗禮，至少能在一定範圍內遏制總督。總督要成了軍閥，其危害性要遠大於巡撫。
河南巡撫是在乾隆八年(1743年)，獲得了兼任河南提督的權力。三年後，山東巡撫也獲得了同樣權力。貴州巡撫在乾隆十二年(1747年)獲得了此權力，又二年，江西巡撫也有了兵權。
貴州因爲境內民族衆多，雲南總督駐在昆明，有點鞭長莫及。貴州巡撫掌握本省的兵權，對朝廷統治貴州是非常有利的。江西巡撫獲得兵權，是因爲兩江總督主要管安徽和江蘇的軍事，對江西的管轄也較遠。兩江總督雖然管着江蘇、安徽、江西三省，但他能直接掌控的是蘇皖二省，江西在兩江的權力框架內，有點半獨立的意思。
最早獲得提督本省綠營兵的省是山西。雍正十二年(1434年)，雍正帝就讓山西巡撫兼着山西提督的差使，山西省內所有綠營兵都管山西巡撫管轄。
剩下沒有獲得兼本省提督的省份，到了嘉慶年間，安徽省獲得了這個待遇。嘉慶八年(1802年)，因爲江南提督駐在江蘇省的松江府，對於安徽有點遠，嘉慶就讓安徽巡撫管本省綠營兵，給予提督銜。
閩浙總督治下的浙江，兩廣總督治下的廣西，分別在1841年(道光二十一年)、1842年獲得統管本省綠營兵的權力。陝西巡撫的情況比較特殊。陝西處在大西北和中原、雲貴川的結合處，戰略地位特殊，始終沒有獲得該權力。有什麼事，還是由提督出面，巡撫只是圍觀吃瓜的。
咸豐以後，天下大亂，西北也亂如一鍋粥。在此種情況下，咸豐十年(1860年)六月，咸豐帝給予陝西巡撫部分管兵權。但是，清廷深知陝西的重要性，所以，陝西巡撫的這個“部分管兵權”意義並不大。首先，陝西巡撫不能兼陝西提督，有什麼事，還是要經過陝甘總督和陝西提督的同意。
你會說還有很多省在此時並沒有獲得本省兵權，比如江蘇、湖南等省。沒錯，但是，這些省的巡撫，自咸豐以來多是立下軍功的漢人。朝廷得罪不起這些人，讓這些省內並不駐總督衙門的省，獲得了很多隻有總督纔有的權力，實際上就是總督。
