亞歷山大三世是第一位直接關注波羅的海東部傳教活動的教皇。他創造了烏普薩拉的大主教在1164瑞典，可能是在他的親密朋友的建議Eskil，隆德大主教 -在流亡爾沃，法國，由於與丹麥國王的衝突。後者任命本篤會修士富爾科爲愛沙尼亞的主教。1171年，亞歷山大成爲第一位解決芬蘭教會情況的教皇，據稱芬蘭人在戰爭期間騷擾牧師並且只依賴上帝。 在公牛隊在1171年或1172年，他對非巴列姆的動物進行了批評，他對歐洲北部正在進行的針對異教徒的十字軍東征提供了教皇制裁，承諾爲那些在那裏戰鬥的人減輕罪行。在這樣做的過程中，他將強制轉換的廣泛使用合法化爲波羅的海戰鬥人員的策略。
教皇亞歷山大三世和寓言雕塑爾沃聖伯納德至高無上的阿方索我 葡萄牙國王，在阿爾科巴薩修道院
除了檢查Barbarossa之外，亞歷山大還譴責英格蘭國王亨利二世於1170年謀殺了托馬斯貝克特，他非常接近，後來於1173年將貝克爾冊封。這是第二位被亞歷山大冊封的英國聖人，1161年首次成爲愛德華懺悔者。儘管如此，他在1172 年確認了亨利作爲愛爾蘭勳爵的地位。
通過1179年5月23日發佈的教皇公牛 宣言Probatum，他也承認Afonso I宣佈自己爲葡萄牙國王的權利，這是葡萄牙成爲公認的獨立王國的重要一步(Afonso一直使用國王的稱號)自1139年以來)。
即使作爲逃犯，亞歷山大也很享受法國路易七世的青睞和保護。1163年，亞歷山大從英格蘭，法國，意大利和西班牙召集神職人員和主教到圖爾委員會，以解決教會福利的非法劃分，牧師高利貸以及十分之一的十分之一。
1179年3月，亞歷山大三世舉行了拉特蘭第三委員會，這是最重要的中世紀教會委員會之一，被天主教會視爲第十一屆基督教會議。它的行爲體現了教皇關於改善教會狀況的若干建議，其中包括法律要求沒有三分之二紅衣主教的選票，任何人都不能當選教皇。該規則在1996年略有改變，但在2007年恢復。這個會議標誌着亞歷山大三世的力量的頂峯。
儘管如此，在主教會結束後不久，羅馬共和國迫使亞歷山大三世離開了他從未重新進入的城市，並於1179年9月29日，一些貴族成立了Antipope Innocent III。然而，通過明智地使用金錢，亞歷山大三世讓他掌權，於是他於1180年1月被廢.. 1181年，亞歷山大三世將蘇格蘭國王威廉一世逐出教會並將王國置於禁令之下。
