1900年7月16日，俄國“阿穆爾哥薩克軍”的統領格里布斯基將軍以所謂“從中國人的住處搜出了槍支和炸藥”、“中國人即將發動暴動”爲藉口，宣佈將阿穆爾軍管區及布拉戈維申斯克城置於軍事管制之下，命令當地警察局一個不留地逮捕城中以及郊區所有的中國人。
全副武裝的俄國士兵闖進中國人的住宅和商店裏，不分男女老幼，一律逮捕押走，就連懷抱的嬰兒也被強拉了出來。有1500多中國人逃到城外躲藏，也被俄軍搜出，許多人被刺刀活活捅死，活着的人被趕進警察局。這一天共搜捕了近3500人，警察局容納不下，於是這些人在當晚又被押送到結雅河(精奇里江)畔的一個鋸木場裏。
7月17日清晨，布拉戈維申斯克警察局把所有中國人趕到黑龍江邊，謊稱用船將他們渡過對岸，可是岸邊連一條船也沒有。到了江邊，哥薩克士兵便揮動戰刀，把所有的中國人趕進水裏。當婦女們把他們的孩子拋往岸上，乞求至少饒孩子一命時，俄國士兵卻逮住這些嬰兒，挑在刺刀上，並將嬰兒割成碎片。其他的人則被哥薩克用馬刀趕到了河裏，此段的黑龍江江面約有800多米寬，俄國人強迫這些中國男人、婦女和兒童“自己遊過河去”。結果只有一些最強壯的人游到了對岸。俄國當局這種滅絕人性的驅逐行動一直持續到7月21日。到7月22日，阿穆爾軍管區宣佈布拉戈維申斯克市內的中國人已經被全部“肅清”了。根據後世學者的估計，大約有三千到五千名無辜中國人死於這次屠殺。
7月17日當天，當得知俄國當局開始在海蘭泡屠殺中國人的消息後，清軍統領王良臣率部隊攜帶火炮渡過黑龍江，準備保護江東六十四屯的中國居民。這支部隊在布爾多屯地區與當地俄軍哨所交戰，隨後於次日退回中國境內。得知此訊後，一些居住在周圍地區的俄國哥薩克退伍軍人和小股的正規部隊(隸屬於阿穆爾驛路警衛隊的哥薩克騎步兵)在江東六十四屯地區對中國居民的村莊進行了多次掃蕩，僅在布爾多屯及其周圍的幾個村子就殺害了近千人。在有的屯子裏，俄國兵把中國人驅聚到一間大屋中，然後點火焚屋。其他屯子的房屋也大多被俄國兵放火焚燒，居民遭到槍殺。接下來俄國兵又將一些沿江屯落的居民，不分男女老幼、農夫工匠、負販商賈，統統驅趕到黑龍江邊，強迫其“游回滿洲去”，上千人在江中溺水身亡，生還者只有六七十人。
7月31日布拉戈維申斯克市議會授權格里布斯基徵用江東六十四屯中國居民所遺棄的糧食、家畜，收穫莊稼，以供民用和軍需，拍賣海蘭泡中國居民的財產，利用中國人的住宅和商店爲軍用醫院和軍人宿舍。中國居民的全部田園財產均被沙俄軍事當局徵用和沒收，總價值超過250萬盧布。在血腥驅逐和屠殺了當地中國人後，布拉戈維申斯克城中的俄國居民自知犯下罪孽，時不時地處於“中國軍隊即將渡江前來報復”的歇斯底里性恐慌中。直到7月28日，一支俄國部隊從斯列堅斯克經水路前來增援——這支部隊曾因石勒喀河水位低而受到阻礙，布拉戈維申斯克的俄國人才安下心來。
十月革命後，當俄國工農紅軍消滅盤踞在遠東阿穆爾地區的謝苗諾夫白軍勢力之後，一些赤衛隊成員在布拉戈維申斯克城中搜捕來不及逃到對岸中國境內的“反革命分子”，將許多舊沙俄官吏、富商、警察等“階級敵人”及其家屬武裝押送到冰封的黑龍江江面上，然後統統扔進冰窟窿裏。據稱當時“黑龍江江面上俄人婦孺哭聲震天”，對岸黑河屯和璦琿城的中國居民聞聲站在江岸上遙望，一邊咂舌，一邊直說“報應，報應”。
1900年7月和8月，沿着黑龍江和烏蘇里江又發生了許多起大規模驅逐中國人、以及在俄國境內(有時甚至越境)有組織地襲擊和屠殺中國人墾殖村莊的事情。在涅爾琴斯克、斯列堅斯克、哈巴羅夫斯克和烏蘇里斯克等地，有幾百名中國人遭到殺害。1901年5月，在阿穆爾省成立了軍事法庭，對海蘭泡屠殺和江東六十四屯屠殺事件進行調查。審訊工作一直到1902年2月才結束，當時俄國內政、司法和陸軍大臣取得了一致意見，格里布斯基將軍被認爲應對“驅逐問題處理失當”而負責，但是鑑於他“過去的功勞”，只是把他調到總參謀部。布拉戈維申斯克城的軍事司令官被判處三個月監禁，然後撤銷職務。實際負責驅逐中國人過河的當地警察局局長被判處監禁三個月。對於所有其他的控訴，一概不再受理。
