鎌倉幕府(1185年-1333年)，是日本幕府政權的開始，其建立者是武將源賴朝。鎌倉幕府的建立標誌着日本由中央貴族掌握實際統治權的時代結束了，在貴族時代地位很低的武士登上了歷史舞臺，他們鄙視平安朝貴族萎靡的生活，崇尚以"忠君、節義、廉恥、勇武、堅忍"爲核心的思想，結合儒學、佛教禪宗、神道，形成武士的精神支柱"武士道"。
13世紀元軍侵日戰爭客觀上使幕府進一步加強了對日本的統治。鎌倉幕府的建立標誌着日本天皇成爲傀儡，幕府成爲實際的政治中心。
1318年，後醍醐天皇即位，決心恢復皇室權威，廢黜院政，開始親征。正中元年(1324年)，後醍醐天皇密謀倒幕，但計劃被幕府得知，主要大臣遭到流放，第一次倒幕運動失敗，史稱"正中之變"。1331年，後醍醐天皇再次密謀倒幕，倒幕軍被幕府軍打敗，史稱"元弘之亂"，後醍醐天皇被流放，第二次倒幕運動失敗。
元弘之亂後，近畿、東國爲首的各地武士和農民的倒幕運動此起彼伏。1333年，各地豪族都開始倒幕，幕府派足利高氏前去平亂，足利高氏早已不滿北條氏專制政權，途中倒戈，攻下了鎌倉，最後一代執權北條高時自殺，鎌倉幕府滅亡。
建久三年〔1192年〕七月，源賴朝受封爲徵夷大將軍，正式開幕，史稱源氏幕府或鎌倉幕府。鎌倉幕府具有相對獨立的統治機構，以鎌倉爲中心，觸角幾乎延伸到日本社會的每個角落，是真正意義上的武家政權。
在武家政權的中央也即鎌倉，設置有負責行政的"公文所"，負責司法的"問注所"和負責軍警權力的"侍所"，都直接從屬於幕府將軍。而在地方上，各國都設置守護職，從朝廷派駐的國司手中褫奪了軍警大權，守護平時維持治安，監督御家人輪流戍守京都和鎌倉〔稱京都大番役和鎌倉大番役〕，戰時則統率國內的御家人出征。
幕府的經濟基礎來源於"關東御成敗地"，在這裏"成敗"是"處分"的意思，指幕府將軍有權管理，可隨意處分的領地。這些領地包括三個部分:
一，"關東御領"，即朝廷賞賜給賴朝個人的五百多處莊園;
二，"關東御分國"，指朝廷把伊豆、相模、上總、信濃、越後、駿河、武藏、下總八國的國司任免權下發給賴朝，可由幕府推薦御家人擔任，並可由幕府直接解職;
三，"關東進止所領"，即北條時政爭取來的，幕府可在很多莊園和公領中設置地頭的權力。順便提一句，各國守護沒有俸祿，一般也都兼任地頭，從土地上獲得報酬。
既然得到了全國的軍警大權和強盛的經濟基礎，那麼政治權力也就等於是幕府將軍的囊中之物了。爲了加強對京都及邊遠地區的控制，源賴朝還額外設置了京都守護、鎮西奉行和奧州總奉行等官職，完善了所謂的"幕政"。
其實"幕府"一詞正和"將軍"一詞相同，都來源於中國，不過中國的將軍們開幕建府，一旦攫取了天下的權力，很快就會改朝換代，從未出現過朝廷仍在，實權卻連續許多代都掌握在幕府手中的事情，因此中國雖有幕府，卻沒有幕政。
鎌倉幕府初期的政治權力，其實是並不完善的，爲了儘快穩定局面，源賴朝對舊勢力作了相當大的妥協，朝廷仍能利用國司等官職行使部分權力，當時的日本，被稱爲是"公武兩重政權"。既然沒有一棒子把朝廷打趴下，那麼朝廷和幕府之間的鬥爭也就難以避免。
僅以京都來說，當時存在着三股大的勢力，互相鬥爭也互相制約。一是幕府將軍派駐的京都守護，二是關白九條兼實，三是後白河院的殘黨丹後局和源〔土御門〕通親。一開始，九條兼實爲了制約院權，主動向源賴朝靠攏，徵夷大將軍的頭銜，就是他爲賴朝爭取得來的。然而在後白河院去世以後，賴朝卻和實力漸弱的院的殘黨結合起來，準備向獨霸朝廷的攝關家開刀了。
丹後局本是平業房的妻子，平業房被流放後，她主動接近已被平清盛架空了的後白河院，隨即就被後白河院收爲妾侍，她和源通親併爲後白河院的心腹，院的很多導致變亂的政策，都是出於此二人之手。
當時正是後鳥羽天皇在位，九條兼實和源通親都把女兒嫁給天皇，但兼實的女兒任子雖然位居中宮，卻只生下一名皇女，而通親的養女雖爲偏室，卻生下了皇子爲仁。於是，在幕府的支持下，建久七年〔1196年〕十一月，任子被趕出中宮，隨即九條兼實被迫辭去關白之位，這被稱爲"建久七年的政變"。
兩年後〔1198年〕，後鳥羽天皇傳位給年僅三歲的爲仁親王，是爲土御門天皇，源通親以天皇外祖父的身份執掌朝政。建仁二年〔1202年〕十月，源通親去世，後鳥羽上皇趁機奪回了權力，重開院政。又過了八年〔1210年〕，後鳥羽院以兩度出現彗星爲由，勒令還沒成年的土御門天皇退位，扶自己另外一個兒子、十二歲的守成親王登基，稱爲順德天皇。當時有兩位上皇，就有兩位院，後鳥羽院稱"本院"，土御門院稱"新院"，天皇和新院，都得看本院的臉色行事。
逐漸衰落
抗元戰爭勝利後，幕府的統治轉向衰落。同承久之亂時不同，抗元戰爭後幕府沒有得到沒收自政敵的土地，幕府無法使獲有戰功而紛紛來到鎌倉要求恩賞的御家人得到滿足，從而破壞了由"奉公"取得"恩賞"的這個幕府同御家人關係的基礎。
御家人爲彌補戰爭給自己造成的經濟損失和恢復自己的實力，就加緊侵佔"公地"並通過大搞自13世紀中期開始採取的"地頭請"和"下地中分"的辦法蠶食莊園，加速了地頭、莊官等既脫離"本所"、"領家"，又脫離幕府，形成獨立的封建領主的過程。但是多數御家人卻因戰爭負擔而窮困沒落了，開始把土地典當給高利貸者或賣出。幕府爲了防止其政治軍事支柱繼續削弱，曾禁止御家人出賣土地給商人、高利貸者，但禁令並無多大效果，貧困的御家人仍設法偷偷出賣。於是永仁5年(1297)幕府頒佈《德政令》，規定禁止買賣、典當御家人的領地，非御家人和商人買得御家人的領地須無償歸還原主，並且此後不再受理有關向御家人貸款問題的訴訟。《德政令》引起了經濟混亂，商人擡高物價，高利貸不再向御家人通融資金。所以令頒後還不到一年，幕府就不得不將它取消。御家人的貧困沒落加速了御家人制度的崩潰。
農民的處境更加惡化。御家人不論是轉爲領主或貧困下去，爲轉嫁戰爭負擔，都加強了對以"百姓名主"爲主的農民的掠奪，致使農村荒廢，飢謹頻發，加劇了階級矛盾，農民只得以逃散的方式來抵抗。
早在抗元戰爭前，"百姓名主"中就有一部分上升爲武士。這樣的武士是沒有和幕府結成主從關係的非御家人。這些新興名主，在貨幣經濟較發達的近畿地方尤多。他們爲發展自己的勢力，就利用反抗領主的貧困百姓名主、逃亡的下人和所從等下層羣衆的力量，把他們集合在自己的周圍，用弓矢甲胃武裝起來，對抗幕府和領主，阻礙年貢的徵收，襲擊年貢運送隊，奪取年貢。統治階級把這類武裝集團稱爲"惡黨"，視同盜賊。在先進地區，惡黨暴動早就發生，例如公元1236年在大和，公元1248年在山城國都曾發生過。及至抗元戰爭後，即13世紀末至14世紀初，農民處境更加惡化，"惡黨"到處出現，它的活動已遍及北起出羽、陸奧，南至淡路的日本各地。還有一些不滿幕府的御家人，例如一些地頭和守護，出於他們反對幕府、蓄養自己實力的需要，往往把惡黨拉到自己一邊，有的甚至成爲"惡黨巨魁"。惡黨的活動構成了對幕府統治的嚴重威脅。
在人民反抗日益激烈的同時，幕府內部的矛盾也加深了。迄今在御家人財產繼承上通行析產繼承製。幕府爲防止御家人領地分得過細、帶來御家人的貧困，遂改爲長子("惣領")繼承製，庶子由長子扶養。有一些御家人就以"惣領"爲中心加強團結，形成強大的守護，甚至足以同北條氏抗衡，就象足利氏那樣。於是北條氏加強了"得宗"(北條氏嫡長世襲制的家主)的專制統治。作爲中央機關的"評定衆"和"引付衆"等要職皆由北條氏一族擔當，置於得宗統治之下。地方守護之職也儘可能由北條氏一族任命。北條時宗借用防備元軍來襲，從九州到山陰、山陽各地增加了出身北條氏一門的守護，至幕府滅亡前夕，全日本近半的30國守護之職都被北條氏一族壟斷。得宗權力至北條時宗之子貞時(公元1271年一公元1311年)、孫高時(公元1393年-公元1333年)之時，進一步加強。得宗權力主要依靠家臣"御內人"行統治，賦予重要職務。"御內人"勢力的增大引起"御內人"同"御內人"以外的御家人"外樣"的尖銳對立，終於導致"御內人"代表人物內管領平賴綱同"外樣"代表人物安達泰盛(公元1231年-公元1285年)之間的戰爭。在公元1285年的"霜月騷動"中，安達泰盛一派失敗，安達氏一族及其一派的御家人被大量消滅。內戰削弱了御家人的力量，並進一步加劇了御家人之間的矛盾。末代執權北條高時又恰恰是一個無所作爲之輩，耽於遊宴，荒廢政事。至此，不論是外樣御家人或非御家人，大部分武士的心都已離開了幕府，伺機反叛。而反叛所需要的只是一面能夠把他們結合起來的旗幟了。
倒戈滅亡
正當農民、武士對鎌倉政權普遍不滿，鎌倉幕府日益衰落的時候，京都天皇及公卿貴族認爲復興舊政權的時機已到而躍躍欲試。陰謀復舊的核心人物是後醍醐天皇(公元1318年-公元1339年在位)。他於公元1318年即位，不久便廢院政實行親政，再興記錄所，企圖重現延喜、天曆時"代呼"這一"聖代"，以此爲目標開始了緊張的倒幕活動，爲此，他極力推崇鎌倉中期傳入的朱子學，召禪僧玄惠入宮講解《新注》，企圖以朱子學所鼓吹的"三綱五常"、"大義名分"來激勵朝臣氣節，其復興舊王朝效力。他還攝用玄惠的門徒北田親房(公元1293年-公元1385年)和日野資朗(公元1290年-公元1332年)、日野俊基(?一公元1332年)等儒臣。這些人或爲天皇擬定倒幕計劃，或祕密奔赴各地，向不滿幕府的武士兜售朱子學，進行倒幕活動。
後醍醐之天皇之所以要如此堅決倒幕，也是和當時他要立即解決與幕府有關的皇位繼承問題密切相聯的。"承久之亂"以後，決定皇位繼承和決定上皇擔任院政的大權都操在幕府手中。公元1242年根據北條泰時的指示，後嵯峨天皇(公元1242年-公元1246年在位)即位，其後由深草天皇(公元1246年-公元1259年在位)、龜山天皇(公元1259年-公元1274年在位)兄弟相繼即位。此後便出現兩個皇統--"持明院統"與"大覺寺統"，由此產生了所謂皇位繼承問題。朝廷也分成兩派。幾經周折，再經五屆天皇之後，文保元年(公元1317年)在幕府提議下，三方通過了兩統交替即位的"兩統迭立"方案。據此，確定當時的皇位由大覺寺統的後醍醐天皇繼承，並確定立後二條天皇的皇子爲後醍醐天皇的皇太子，這就剝奪了後醍醐天皇皇子的皇位繼承權。於是後醍醐天皇認爲，要解決這個問題只有打倒幕府，別無他途。
後醍醐天皇擬就了使用畿內武士和僧兵襲擊六波羅的倒幕計劃，但計劃於正中元年(公元1324年)泄漏，日野資朝、日野俊基被捕。(史稱"正中之變")此後，後醍醐天皇又重擬，親赴南都(奈良)北嶺(京都)各大寺院，拼湊倒幕武裝，並對各國武士和"惡黨"做工作。但這次計劃於元弘元年(公元1331年)又敗露，結果他本人被幕府流放到隱岐島(島根縣海上)。北條高時立持明院統量仁親王爲天皇，是爲光嚴天皇("元弘之變")。這時近畿和中國地方等地的反北條氏勢力已經紛紛起事，"惡黨"蜂起，同地頭、莊官作戰，或聯合起來反抗上級領主。索以"地侍"首領聞名的河內(大阪府)楠木正成(公元1294年-公元1336年)也已起來戰鬥。他先後據守河內的赤阪城、千早城，重創幕府軍。在大和國，許多農民變成"野伏"("強盜")，干擾幕府的糧路，截殺撤退的武士。在戰亂日益擴大的情況下，正慶3年(公元1333年)2月後醍醐天皇在伯耆國(鳥取縣)武士名和長年的營救下，逃出了隱岐。同年，幕方的征討大將足利高氏(公元1305年-公元1368年)在赴伯耆途中突然舉起叛旗，把近畿地方的武士組織起來。5月7日消滅了幕府在京都的六波羅探題，佔領京都。與此同時，九州、四國的武士分別消滅了幕方的九州探題和長門探題。上野豪族新田義貞(公元1302年-公元1338年)也舉起叛旗，率關東武士攻陷鎌倉。時爲公元1333年5月22日，北條高時及其一族自殺。鎌倉幕府在農民和不滿幕府的武士們的打擊下滅亡了。
