明弘光元年(1645)五月初九，清軍破南京，弘光帝南逃。三十日，縣令錢默出逃。
六月二十四日，清朝授縣令張維熙到任。是日，明嘉定總兵吳志葵率百人，白布裹頭，晝伏東門外時家墳，晚間各持火把逼近縣城，揚言捉拿張維熙，張逃之夭夭。二十七日，吳志葵再臨縣城，士民夾道迎接復明之師。
閏六月初七，明降將李成棟部騎兵路過境內新涇橋，大肆姦淫婦女，致死7名。初八，李成棟親率兵船百艘、馬步兵2000餘名停泊縣城東關，大肆奸掠。初九，李率兵去吳淞，留偏裨將樑得勝等300名守護兵船。
十二日，清軍下剃髮令，羣情激憤，遠近鄉兵，競相圍攻李成棟船隊。船隻及所掠財物悉數焚燬，斬殺清官兵84名。
十五日，李成棟去太倉求援，行至羅店又被鄉兵追殺，傷亡慘重。於是，李成棟瘋狂縱兵報復，濫殺無辜。
十七日，明都察院觀政、進士黃淳耀及弟淵耀，與前左通政侯峒曾及子元(玄)演、元(玄)潔倡議守城。
十八日黎明，李成棟率兵攻羅店，支洪、陸文煥率鄉兵抵禦。李暗遣精兵東渡練祁，西渡荻涇，鄉兵背腹受敵，退入鎮內。時值早市，清軍入鎮屠殺。居民死難1604名。
十九日，黃淳耀，侯峒曾集衆公議，決定劃地而守，城上高懸“嘉定恢剿義師”大旗，自制各種武器，嚴陣以待。
二十五日，吳志葵遣遊擊蔡喬率兵200餘名支援嘉定，紮營城外。
次日五更，遭李成棟伏兵襲擊，蔡喬戰死。李成棟引兵歸吳淞過新涇橋時，縱火焚屋，雞犬不留。
七月初一，各路鄉兵10萬餘會集磚橋與清兵決戰。清兵分左右兩翼衝殺，鄉兵大敗，被追殺不計其數。李成棟部入婁塘鎮後屠殺1073名，並縱兵姦淫婦女，不可名狀。
初三，李成棟匯同太倉清兵攻城，日夜炮轟。
初四五更大雨滂沱，守城士民已露立三晝夜，飲食幾絕，漸不能支。清兵趁機急攻，破東門涌入城內。侯峒曾仍坐鎮城樓，二子急呼：“事急矣，何以爲計?”侯峒曾答曰：“有死而已，所恨者枉送一城百姓耳。”急令二子離去，二子走數步又還。侯峒曾怒日;“我死國事分也，祖母在，若輩應代我奉事，戀我何爲?”二子慟哭而去，至孩兒橋皆被殺。侯峒曾自沉宣家池(葉池)未死，遂被清兵殺害。 東門破，城中居民紛紛奔西門逃生，而清兵截段堵殺，居民投河死者無數。 時鎮守西門的黃淳耀見大勢已無可挽回，遂與弟淵耀騎馬至早年讀書的西林庵，對僧無等曰：“大師急避，某兄弟從此辭矣!”遂索筆疾書：“遺臣黃淳耀於弘光元年七月初四日自裁於西城僧舍。嗚呼!進不能宣力皇朝，退不能潔身自隱。讀書寡益，學道無成。耿耿不滅，此心而已!異日寇氛復靖，中華士庶再見天日，論其世者，當知予心。”書罷，見弟淵耀已縊樑間，遂縊其側。 南門守將張錫眉，聞城破，偕妾投水死。身留絕命詩一首：“我生不辰，僑居茲裏。路遠宗親，邈隔同氣。與城存亡，死亦爲義。後之君子，不我遐棄。”另有守城將領龔用圓、龔用廣兄弟聞城破，擁抱慟哭曰;“我祖父清白自矢，已歷三世。今日苟且圖存，何面日見祖宗於地下?”語罷雙雙自溺而死。 辰時，李成棟入城下令鳴炮屠城。小街僻巷，無不窮搜。每遇一人，大呼獻寶，獻若不多，連砍三刀，物盡則殺。全城刀聲砉然，嚎叫之聲，動地驚天。懸樑者、投井者、斷肢者、血面者，被砍未死，手足猶動者不計其數。骨肉狼籍，遍地皆是。投河自溺者不下數千人。三日後，自西門至葛隆鎮，浮屍滿河，行舟無處下篙。血污浮於水面，高出數分。婦女若容貌不佳者必殺，有美色者生虜，於街坊當衆姦淫。若有不從，釘其手足。初六日，李成棟糾集民船300餘艘，滿載所掠金帛、女子、牛馬豬羊駛往太倉。 嘉定被屠後，葛隆、外岡、馬陸、楊行等鎮鄉兵復聚，再議抗清，誓不反顧，並時有偷襲斬殺清兵之義舉。
二十六日五更清兵大隊至葛隆，入鎮後肆行屠殺，流血滿地，並再屠外岡鎮。
二十七日，浦嶠、浦嶂率兵再屠嘉定，逢人便殺，不分老幼，所劫財物盡載太倉。
自閏六月初，嘉定人民自發起義抗清，兩個月內，大小戰鬥十餘次，民衆犧牲2萬餘，史稱“嘉定三屠”。
