清王朝剛建立的時候，盤踞在中國西北的蒙古分爲三大部分，包括漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古。漠南蒙古部落在清朝入關以前就已經表示像滿清臣服，漠北的喀爾喀蒙古又包括薩克圖、土謝圖、車臣三部分。
漠西厄魯特蒙古部在明朝初期也稱“瓦剌”，明末清初的時候被稱爲“厄魯特”，他們盤踞在巴爾喀什湖以東以南的地區。厄魯特蒙古部又分爲四大部分，遊牧在伊犁河流域的稱爲準噶爾部，遊牧在烏魯木齊附近的被稱爲和碩特部，遊牧在額爾齊斯河沿岸的稱爲杜爾伯特部，遊牧在塔爾巴哈臺附近的稱爲土爾扈特部。
17世紀的時候，漠西厄魯特蒙古的準噶爾部逐漸強大起來。在崇禎年間，吐爾扈特部因爲受到準噶爾部的排擠，他們離開了塔爾巴哈臺牧區，向西一直遷徙到伏爾加河流域的地區遊牧。
後來，和碩特部也和準噶爾部發生了激烈的衝突，他們不得不離開了自己的牧場，向東南青海一帶轉移。只有杜爾伯特部能夠和準噶爾部和平相處，他們共同居住在阿爾泰地區。
康熙剛即位的時候，準噶爾部的葛爾丹狂妄的自立爲準噶爾汗，並且在沙俄政府的唆使下，於康熙二十七年，對漠北的喀爾喀蒙古部落發動了突然襲擊，沙俄侵略者同時要求喀爾喀蒙古蒙古投降沙俄，喀爾喀蒙古部落的首領拒絕了沙俄的誘降，並且毅然地帶領手下數十萬部衆向內地轉移，向清朝表示臣服。
康熙把喀爾喀蒙古部落安置在了科爾沁蒙古草原地區，並且強烈葛爾丹的侵略行徑，要求他們歸還喀爾喀草原，但葛爾丹仗着有沙俄給他撐腰，肆無忌憚地帶領2萬多蒙古騎兵，打着追擊喀爾喀部落的名義，深入到了內蒙地區，當時距離北京僅僅450公里，這大大威脅到了京師的安全!葛爾丹的喪心病狂和變本加厲只因背後有後臺大老闆在撐腰，那就是——沙俄政府!(沙俄一再侵略，迫使清政府簽訂一系列不平等條約，包括《尼布楚條約》、《中俄璦琿條約》和《中俄北京條約》)
形勢萬分緊急，康熙決定御駕親征，不但是爲了維持蒙古地區的穩定，更重要的是打擊沙俄侵略勢力的囂張氣焰!沙俄政府一直對中國東北地區黑龍江流域虎視眈眈!1690年，清軍分兩路出擊進攻葛爾丹，戰爭持僵持狀態，清軍和葛爾丹勝負參半。1696年，清軍終於在烏蘭巴托擊敗了葛爾丹的主力，葛爾丹戰敗並且連夜逃跑，1697年，康熙又親自率領大軍，到達寧夏，將葛爾丹殘部團團包圍，葛爾丹終於走投無路四面楚歌，無顏再見葛爾丹部的父老，無奈之中終於服毒自殺!
康熙平定了葛爾丹布的叛亂之後，喀爾喀蒙古的各個部落又回到了自己曾經放牧的牧場。各部落首領一同接受了清朝的冊封。從此，外蒙古地區統一在清朝政府中央的管轄之下，清政府在科布多、烏里雅蘇臺地區，派遣了將軍和參贊大臣，掌管當地的軍機大事，這大大加強了清政府對外蒙古的統治!
