後金暫時離開北京，祖大壽接到袁崇煥手書後於崇禎三年正月初四統兵西援。崇禎有功夫處理袁崇煥的案子了。崇禎對於袁崇煥的案子，同時做了兩手。一手是在北京，展開對袁崇煥案的調查、審訊，一手在在遼東，密令孫承宗穩住祖大壽等遼軍將士。
孫承宗二次督遼，感到既熟悉又陌生。首次督遼，頭尾四年，遼東的山川形勢、風土人情，重來依舊，不同的是遼軍人事，頗有風月無情人暗換之感。天啓年間，孫承宗督師遼東時，袁崇煥先是山石道後爲寧前道，還是中層幹部，當時頭面人物是馬世龍，還有前後三位遼東巡撫。祖大壽，何可綱等還是參將、守備等中下級軍官，孫承宗雖然略知其名，但終究不當回事。，由於地位懸殊，祖何等人平時見孫一面都很難。
天啓六年正月，孫承宗離開遼東還不到半年，袁崇煥寧遠一戰成名，立授遼東巡撫，陡然間成爲時局的中心人物，他所統領的寧遠系也隨着袁崇煥地位的迅速擡升而急速膨脹，短短三四年間，祖大壽、何可綱等已經升爲總兵、副將，跨入高級將領行列，尤其是祖大壽，崇禎元年袁崇煥督師遼東時，成爲僅有的兩員總兵之一，掛徵遼先鋒將軍印，鎮守錦州，從此錦州成爲祖大壽的老營，直到十三年後被清軍圍困不得已而出降。己巳之變，趙率教戰死、袁崇煥被逮，祖大壽自然而然的成爲十萬遼軍的領軍人物，孫承宗受命安撫遼東實際上也就是安撫祖大壽。
孫承宗二次來到山海關，對待祖大壽等遼將特別客氣，平易近人，輕易不擺架子，噓寒問暖，關懷備至，使得祖大壽等對孫承宗的戒備之心逐漸消除。孫承宗雖然受命恢復失地，但並不一味催促祖大壽等刻日進兵，而是靜待時機成熟。老謀深算的孫閣老深知此時如果稍有急躁，就有可能激得祖大壽等對朝廷徹底絕望，認爲崇禎是借孫承宗之手消滅遼軍，從而鋌而走險，使得前功盡棄。
因此，孫承宗在山海關上，表面顯得閒靜從容，經常招來祖大壽、何可綱、徐敷奏等在衙門或城樓上飲酒談心。一有捷報，不論大小，孫承宗總是大張旗鼓的進行表彰，照例先是由祖大壽等上報斬首之數，然後孫承宗高坐大堂，命人將所斬首級一一呈上(現在看來非常殘忍，在當時卻是平常之事)由道臣、中軍等逐個仔細查驗，然後照實發放賞金花紅。
按照規定，斬一級賞銀五十兩，可是限於當時財力，往往不能如數發給，一般給現銀十兩，有時只有二、三兩，其餘打欠條，等日後再給，或者賞給紅布。頒賞之時，鼓樂大作，一派喜慶之氣。有一次頒賞之時，一名小校嫌賞銀太薄(不給銀子，只給紅布) ，說他不稀罕這紅布。孫承宗大怒說“這是朝廷封賞，爾竟敢恃功嫌薄”祖大壽在一旁，趕緊將這名大膽的小校轟了下去，搞得全場氣氛尷尬。
崇禎三年三月初的一天，孫承宗正在衙門和茅元儀、徐敷奏、周文鬱三名副將閒坐，午後忽然有兵部差官捧着聖旨而來，從督師衙門中門而進。孫承宗急忙向西跪下行五拜三叩大禮接旨，兵部差官並未打開宣讀，而是直接交到孫承宗手中，孫承宗展開看完就揣到懷中，然後又向西磕頭拜謝。差官見聖旨已經送到，匆匆告辭而出。
差官走後，孫承宗帶有幾分神祕的向三位副將說“聖上密旨宣諭，孫某以衰朽之年，何以仰答萬一”，三副將聽了，雖不知其中奧妙，但本能的被孫閣老聖眷之隆唬得一愣一愣的。
孫承宗接着以感激又帶敬佩的口氣說道“其中意在言外，相與商榷，猶如家人父子，然無非滅虜至意，必借羣策羣力，方能仰答聖恩。”說到此處，頓了一頓，神情若有所思，又說“此密旨出自聖衷，諸臣皆不知曉，似此縝密，真豪傑聖主也!”究竟是何密旨，能讓滿朝文武俱不知曉，單單傳給孫承宗呢?答案只有一個，就是密旨的內容和袁崇煥有關，應該是崇禎把他對袁崇煥的態度給孫承宗有所交底，而從孫承宗不把密旨內容向遼將傳達來看，這個態度絕不是寬恕。
