“日本人的起源在哪裏?”是困擾世界人類歷史學的一大著名“未解之謎”。除了傳統日本人自認爲是“神國後裔”之外，主流觀點認爲如今的日本主體民族應該是從中國和朝鮮過來的移民。不少日本的名門大族也認爲自己是中國或者朝鮮的帝王后裔，其中就包括秦始皇。
根據日本的傳說，大約在應神天皇十四年(283年)，秦始皇的子孫後代弓月君(中國正史查無此人)移民日本，是爲東瀛秦氏的祖先。弓月君的子孫秦河勝後來得到了聖德太子的重用，東瀛秦氏開始發展壯大。
大約幾百年後，秦河勝的第二十六世孫之一秦能俊移居四國島長岡郡宗我部鄉，便正式定家族苗字爲“宗我部”。後來在源平合戰的時候，宗我部家族立下大功，領地由原來的一鄉增加爲“長岡”和“香美”兩郡。宗我部也就因此分爲“長宗我部”和“香宗我部”兩個分支。
到了日本戰國時代，長宗我部開始快速崛起。經過長宗我部國親、長宗我部元親父子兩代的艱苦奮鬥，長宗我部家族幾乎佔領整個四國島，領地到達一百多萬石(年總收入，當時日本領地大小的評價標準)，成爲日本戰國時代的著名梟雄之一。
但長宗我部家族在四國的快速擴張，引起了霸主豐臣秀吉的警覺，而長宗我部此時又錯誤地支持了豐臣秀吉的對手德川家康，最終促使豐臣秀吉發動了四國征伐。在豐臣秀吉壓倒性的實力面前，長宗我部家正式臣服於豐臣秀吉，並交出了絕大部分的領地，只保留了起家的土佐。
之後長宗我部在豐臣秀吉的命令下參加了對九州島津家的征伐，結果損失慘重，連長宗我部元親的長子、最中意的繼承人長宗我部信親都戰死沙場。信親之死給元親造成了巨大打擊，從此性情大變，長宗我部家也因爲內鬥紛爭開始衰落。
慶長四年(1599年)豐臣秀吉死後幾個月，長宗我部元親也因病而死。四子長宗我部盛親繼位後，一方面家中更是不穩，另一方面決定整個日本歸屬的大戰——關原合戰此時也擺在了盛親的面前。而在多種因素的作用下，盛親決定加入石田三成領導的西軍。
結果關原合戰以西軍的徹底失敗結束。長宗我部盛親雖然在關原合戰時全程划水，但依然被德川家康利用長宗我部家的內亂沒收了全部領地，作爲地方大名(諸侯)的長宗我部家從此滅亡。長宗我部盛親也開始了長達十幾年的軟禁生涯。
慶長十九年(1614年)，長宗我部盛親逃離軟禁地，加入大阪豐臣家一方，作爲“大阪五人衆”與德川幕府軍作戰。結果大阪之陣豐臣家徹底滅亡，長宗我部盛親與他的五個兒子也全部被德川幕府處死，長宗我部本家就此斷絕。
