從明朝中後期開始，江南鄉紳漸漸開始不按照朝廷的要求，不在私塾學習修生齊家治國平天下的本事，而是利用自己的特權以及高於普通百姓的社會地位，爲非作歹，不少人成爲了地方的邪惡勢力。他們打通官員，明目張膽的不交稅，這種惡意抗稅的行爲也是導致明朝滅亡的原因之一。清朝政府爲了嚴厲打擊鄉紳抗稅的行爲，便有了之後的“江南奏銷案”，一場因爲徵稅而引發的慘劇。
江南奏銷案也被當時的清政府稱爲“辛丑江南奏銷案”、“順治十七年江南抗糧案”、“江南抗糧不納案”等，“奏銷案”只是時人與後人對於這一案件的隱晦稱呼。由於江南一帶是歷朝歷代的賦稅種地，江南鄉紳也被列爲朝廷首要打擊對象，江南地區也的確受到了針對，因此也被稱爲“江南奏銷案”。
江南地區鄉紳欠稅的情況原本就十分嚴重，當地豪強憑藉着昔日權勢進行賄賂、製造假賬、拖欠錢糧等行爲，導致江南地區處於虧欠狀態，清軍入關後，這樣的不良局面並沒有得到緩解。清朝初期，戰爭不斷，生產力的恢復還需要時間，軍餉也隨之告急，全國的財政需要重新整頓，江南地區作爲財賦重地更是重點關注對象。清政府爲了壓制鄉紳特權，打壓當地達官士紳，便以追逼錢糧爲由，製造了奏銷案。
順治帝發佈長篇諭旨，下令戶部採取有效措施，力求追回歷年拖欠的數目。然而江南一帶的士紳實例盤根錯節並且根深蒂固，僅憑一道諭旨想徹底清除這些勢力是遠遠不夠的。康熙登基後，爲了清除這種積弊，下達了更爲嚴厲的諭旨，自此才真正在江南地區掀起腥風血雨。
江寧巡撫朱國治對於士紳的追查十分嚴酷，凡是欠糧者，不管錢多錢少，官大管小，一律受到處罰。在高壓政策下，有人因爲只欠了一釐而被降級，有人因爲只錢了七絲而遭到了罷免，秀才、舉人、進士，但凡欠了糧，都會被革去功名出身。哪些沒能力繳納錢糧的人，會遭到官府的催逼勒索，處境十分艱難。探花出身的翰林院編修葉方藹因爲欠一錢，被降至二級，因而民間有了“探花不值一文錢”的戲說。其中也有不少人被逮捕，被捕者都送到刑部議處。
朝廷還將辦理欠稅與官員的任免考覈相聯繫，任務如期完成者，能夠加官進爵，未能完成者，則面臨嚴峻的處罰。在這樣的步步緊逼下，各地官員不得不加大清查力度，更加大膽地催徵。
奏銷案起初只限於無錫、嘉定兩縣，愈演愈烈之下未完成錢糧的蘇州、松江、常州、鎮江四府與溧陽一縣的官紳全都受到了波及，吳偉業、徐乾學、汪琬等江南鄉紳中的著名人物幾乎全都包含在內，前後累積黜降1.3萬餘人，涉案人員之多、地域之廣、懲治力度之大，可謂是恆古未有的，江南縉紳豪強也在此案中受到沉重打擊。
奏銷案本質上就是清朝政府對於江南縉紳豪強的一場討債事件，清理了在賦稅方面存在的積弊，鞏固了基本財政支持，也殺雞儆猴，維護了自己在江南乃至整個中原地區的統治地位。
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