明朝天啓年間，大學士、內閣首輔朱國幀被魏忠賢彈劾，只得稱病告老還鄉。他告老歸田後，留心收集史料，創作了《明書大事記》《皇明紀傳》等專著。他還仿照司馬遷《史記》的體例，編修了史書《明史概》。崇禎六年，朱國幀去世，《明史概》中崇禎帝的部分沒能完成。朱國幀去世後沒多久，明朝便滅亡了。清軍入關後，朱家家道中落，爲了餬口，朱家後人便將未出版的明史手稿賣給了同鄉富戶莊廷鑨。
頗有才氣，奈何雙目失明，一腔抱負無處施展。因爲有司馬遷“左丘失明，厥有國語”的說法，莊廷鑨便想着寫一部屬於自己的“左傳”，他野心勃勃，立志著一部史書以建功立業流芳百世。在買到朱國幀爲完成的手稿後，他自知自己沒有那麼大的才華，便重金聘請了多位名士，對朱國幀的手稿進行增加與修訂，投機取巧，把別人的知識做成自己的。莊廷鑨將缺失的崇禎朝的部分補上了，南明小朝廷的部分也被包括在內。
莊家是在朱國幀手稿的基礎上進行修訂的，爲了與前文保持一致，沿用的都是遺稿中的詞語，例如提到清太祖努爾哈赤時，還是按照明朝官職稱爲“建州都督”;使用明朝包括南明的年號而不用後金、清朝的年號;將降清的將領孔有德、耿精忠等人稱爲叛將;將滿洲士兵稱呼爲“建夷”等。這些字眼在清朝統治者的眼中，都是大忌。
莊廷鑨病逝後，他的父親莊允城將書刻成木板，印刷成書，《明史輯略》正式刊行。爲了擡高身價，莊允城將當時的名士茅元銘、吳之銘、陸圻等十八個人的名字列入了修訂名單，聲稱他們都參與了書的編輯。他還請了前明朝禮部官員李令皙來給本書作序，以彰顯此書的權威。
陸圻、查繼佐、範驤三位江南名士發現自己的名字無端出現在此書上，便將此事告發。與此同時，歸安知縣吳之榮因爲貪污被罷職，爲了藉此事復職，也將其告發。莊允城爲了避免惹出麻煩，花費大量金錢賄賂有關官員，將其中被告發的語句改掉後，基礎刊刻發行。吳之榮見自己先前的告發毫無動靜，莊允城也沒向自己行賄，便千方百計弄到了一部初版的《明史輯略》，並誣告此書的原稿是朱佑明本人寫的，再度告發。事情愈演愈烈，最終驚動了朝中衆多輔佐大臣，其重要包括鰲拜。
當時康熙年幼尚未親政，鰲拜便命人徹查此事，並嚴懲涉案人員。範驤、查繼佐、陸圻三位名士因爲告發有功，無罪開釋，莊廷鑨的弟弟莊廷鉞以及其餘史思明名士都是被凌遲處死的。爲此書作序的李令皙被定爲主犯之一，李家一門因此滅族，之前收受賄賂企圖掩蓋此案的官員，也遭到了清算。莊允城則是因爲不堪虐待，死於獄中，就連已經去世的莊廷鑨也被掘墓開棺焚骨。而被誣告的朱佑明及五個兒子也被處死。《明史輯略》被銷燬。
明史案最終牽連了千餘人，列名參校者、初審官員、作序者以及刻印、賣書、藏書者共計七十餘人，都被處死，家產充公，被流放寧古塔的家眷有百餘人之多，這也是清初最大的文字獄案。
金庸的《鹿鼎記》首篇就是以莊廷鑨明史案開場的。
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