孔廟中供奉着一百多位神靈，有孔子、四配、十二哲、歷代先賢先儒、孔子的先祖等，是一個龐大的祭祀體系。其中主祀者爲孔子，其他人員都屬於從祀行列，所有榮損也都繫於孔子一人之榮損。
正祀——孔子
歷代尊奉孔子，其隆重程度直接反映在孔子的諡號封爵上。據史料記載，封建統治者授予孔子“封號”的制度始於漢代，止於1935年，其間共有十餘個不同的“封號”。比如：漢平帝元始元年（公元元年），孔子被封爲“褒成宣尼公”，這是孔子的第一個封號。東漢和帝永元四年（公元92年）“褒成侯”。北魏孝文帝太和十六年（公元492年）“文聖尼父”。隋文帝開皇元年（公元581年）稱其爲“先師尼父”“宣尼”。武則天天授元年(公元690年)授爲“隆道公”。唐玄宗開元二十七年（公元739元）稱爲“文宣王”。“文宣”爲諡號，“王”是爵位。此“王”並非後世的王侯的王，而是周天子“武王”“成王”的“王”。宋真宗大中祥符五年（1012年），“至聖文宣王”。清世祖順治二年（1645年）封號：“大成至聖文宣先師”。中華民國二十四年（1935年）封號：“大成至聖先師”。
配享——四配
孔廟威儀，除了彰顯於建築氣勢與孔夫子盛容外，還體現在一個具有強大陣容的隨祀團體上，這個團體可稱之爲從祀。從祀有尊有卑，就位置來看，享配、十哲在大成殿中，其他從祀在兩廡。
四配按地位排列依次是：顏子、曾子、子思、孟子。按配享時間排列依次是：顏子、孟子、曾子、子思。
顏淵在漢明帝首祀七十二弟子時，就已經位列第一，後被稱爲“復聖”。曾子，因以孝行卓著而成名，後世稱爲“宗聖”。子思，祖父孔子曾直接教過他，爲曾參弟子，獨能傳授孔門心法。因述聖祖之業，後世稱爲“述聖”。孟子，孟子比孔子晚生一百年，其一生遭遇和孔子極爲相似，是孔子之後儒家第一人，將儒學盡力宣揚並予光大，後世儒家每以孔孟並稱，尊他爲“亞聖”，僅次於至聖孔子，亦爲千古的聖人。
從祀——十哲（十二哲）
孔子弟子三千，賢者七十有二。“十哲”是指孔門七十二弟子中的代表人物。在春秋時期，一是指隨孔子周遊於陳、蔡中的主要弟子；二是指孔門“四科”中的代表人物。這兩項合在一起，就是孔子最初鎖定的十哲。用孔子的話來說：“從我於陳、蔡者皆不及門也。德行：顏淵(回)、閔子騫（損)、冉怕牛（耕）、仲弓(冉雍)。言語：宰我(予)、子貢(端木賜)。政事：冉有、季路(仲由、子路)。文學：子游(言偃)、子夏(卜商)(《論語·先進》”。以上就是春秋時代，孔子界定的十哲。
到了唐代，“十哲”又有了新的變更。唐開元八年(72O年)，所定十哲爲閔損、冉雍、端木賜、仲由、卜商(字子夏)、冉耕、宰予、冉求、言偃(字子游)、曾參（子輿)。由以上可以看出，春秋時的“十哲”與唐代的“十哲”不同。三國魏至唐代，顏淵已升爲配享，故不在十哲之列。春秋時曾參不在十哲之列，在唐代卻被列入十哲，正好補了顏回之缺。
由於顏回進入“四配”，故唐代所定“十哲”逐風行於後世。可是唐代所定“十哲”中的曾參，南宋時也進人“四配”行列，故十哲又出現了空缺。到了南宋成淳三年(1267年)，孔門弟子顓孫師(字子長)升爲十哲，從而填補了這一空缺。所以南宋至清乾隆二年(1737年)，十哲是閔損、冉雍、端木賜、仲由、卜商、冉耕、宰予、冉求、言偃和顓孫師。這是十哲的最後定位，也是被後世所公認的十哲。乾隆三年（1738年）再增加孔門弟子有若(字子有)和宋儒朱熹,從而構成了“十二哲”。
從祀——先賢先儒
先賢先儒都是中國歷史上被推崇的著名人物，是當時社會道德規範的楷模。孔廟從祀先賢先儒，始於唐代。以後經歷代帝王增添，改換，到了清末，先賢先儒達到156人。這些先賢先儒上自春秋，下至清末，其中，先賢大多爲春秋時期孔子的弟子，另有宋代五位哲人入先賢列。先儒爲歷代先儒，時間跨度長達二千五百多年。
中國各地孔廟從祀先賢先儒，位置都在大成殿前的東西兩廡內。一般只豎牌位書寫名字供奉，其中先賢79人，座位排列爲：
東廡：(同)公孫僑、林放、原憲、南宮适、商瞿、漆雕開、司馬耕、樑鱣、冉儒、伯虔、冉季、漆雕徒父、漆雕哆、公西赤、任不齊、公良儒、公肩定、鄔單、罕父黑、榮旗、左人郢、鄭國、原亢、廉潔、叔仲會、公西輿如、邦巽、陳亢、琴張、步叔乘、秦非、顏吟、顏何、縣宣、牧皮、樂正克、萬章。(宋)周敦頤、程顥、邵雍。
西廡：(周)蘧瑗、澹臺滅明、宓不齊、公冶長、公皙哀、高柴、樊須、商澤、巫馬施、顏辛、曹血9、公孫龍、秦商、顏高、壤駟赤、石作蜀、公夏首、後處、奚容箴、顏祖、句井強、秦祖、縣成、公祖句茲、燕伋、樂欬、狄黑、孔忠、公西箴、顏之僕、施之常。申棖、左丘明、秦冉、公明儀、公都之、公孫丑。(宋)張載、程頤。
