1903年6月29日(閏五月初五日)，上海報紙上就有“愛國學社召集不逞之徒，倡演革命諸邪說”，“端方領奉廷寄外交部呈遞魏光燾電”，“飭查禁密拿”的報道。端方是湖廣總督，魏光燾是兩江總督，說是“欽奉廷寄外務部呈遞魏光燾電”，說明是“由上而發”的。次日(6月30日)，“由滬道商美總領事會同各領簽押，工部局即允協拿。”清政府以《蘇報》“悍謬橫肆，爲患不小”，特囑美人福開森“切商各領等，務將該館立即封閉”。7月4日，上海道袁樹勳又親訪英、美領事，密謀鎮壓。
“蘇報案”發生，上海租界當局審訊時，中外官僚也相勾結。清政府指控《駁康有爲論革命書》“大逆不道”的語句是：“蓋自乙未以後，彼聖主所長慮卻顧，坐席不暖者，獨太后之廢置吾耳。殷憂內結，智計外發，知非變法，無以交通外人得其歡心;非交通外人得其歡心，無以挾持重勢，而排沮太后之權力。載湉小丑，未辨菽麥，鋌而走險，固不爲滿洲全部計”。“載湉者，固長素之私友，而漢族之公仇也。況滿洲全部之蠢如鹿豕者，而可以不革者哉?”章太炎在法庭上嚴詞申斥，指出：“今年二月，在愛國學社任教習，因見康有爲著書反對革命，袒護滿人，故我作書駁之”。並“供不認野蠻政府。”清政府延請古柏及哈華託爲律師，“讞員孫建臣直刺會同英總領事署迪翻譯官升堂研鞫。”7月21日，第二次審訊，“爲章、鄒諸黨人所延律師博易及瓊司”也到庭。博易稱：“古律師所請改期會訊，堂上不能允從。若雲交涉事機，究與何人交涉，不妨指明。況《公共租界章程》，界內之事，應歸公堂審理。現在原告究系何人?其爲政府耶?抑江蘇巡撫耶?上海道臺耶?”審判員孫建臣說：“系奉旨着江蘇巡撫飭拘，本分府惟有尊奉憲札行事而已”。博易律師又稱：“政府律師如不能指出章、鄒等人所犯何罪，又不能指明交涉之事，應請將此案立即註銷”。哈華託不允，謂：“仍俟政府將交涉事機議妥，然後訂期會訊”。孫建臣及英總領事署迪翻譯“皆曰諾。”
“引渡”在此以前，清政府想方設法，欲置章、鄒於死地。以“大逆不道，煽惑人心，謀爲不軌”的罪名，企圖將章、鄒“引渡”，解至南京，處以極刑。美國公使康格、總領事古納、參贊福開森也祕密策劃“移交中國官府懲辦”，以便從清政府手中換取更多的特權。由於帝國主義在侵華過程中有矛盾，從而對於“引渡”，態度也不一致。據《中外日報》1903年8月18日載：“近在北京地方各公使因上海蘇報館一案，英國參贊之意，以爲諸人不應交與華官，日本公使以爲未嘗拘人。以前上海道既與各國領事立有約章，現在即應照約辦理。惟俄、法兩國則欲助中國政府，將諸人交於華官，故其中彼等之意見各不相同。美公使之意以爲莫妙於仍交上海領事辦理此事也。”儘管他們態度不一，但對中國人民的反抗加以鎮壓則是一致的，說是“逆書筆端犀利，鼓吹武裝革命，殺戮滿人，痛詆皇上，西人何故保護此輩莠民，使其謀爲不軌，安然造反耶?”終因“街頭謠言紛紜”，“引渡”未能實現。只要寫今上一字，罪名足矣”。古柏接着說：“章等擾亂人心之處，請閱之，其意欲將滿人驅逐。此種重大之事，如華人盡聽其語，天下豈不大亂”。主張嚴懲，汪瑤庭提出“應照華例究辦”，古柏也予附和。清政府官僚和英、美租界當局相互勾結。
宣判領事團又“對此發生異議”，相持不決。當時報載：“蘇報館革命黨渠魁鄒容、章炳麟迭經上海縣汪瑤庭大令命駕至英、美等國公共租界公廨會同讞員鄧鳴謙司馬、英總領事署翻譯官翟比南君訊明各情，擬科以永遠監禁之罪。前日，捕頭遂命將章、鄒二犯送入提籃橋畔西獄收禁。”次年5月(四月)，章太炎被判處監禁三年，鄒容被判處監禁二年。“罰作苦工，限滿釋放，驅逐出境”。錢允生、陳吉甫“開釋”。陳仲彝“姑準交保尋父到案”，龍積之“亦應省釋。”
1903年7月7日，《蘇報》被封，逮捕了章太炎。鄒容激於義憤，自動投案。章、鄒在會審公廨上繼續宣傳革命，堅持鬥爭。蔑視帝國主義和清朝統治者的迫害。1904年5月，章、鄒分別被租界法庭判處監禁3年和2年徒刑，並禁止中國人在租界內辦報紙宣傳革命和出版革命書籍。1905年，鄒容被折磨致死，年僅21歲。1906年，章太炎刑滿釋放。強勢的清政府企圖通過這一事件壓制輿論以達到鎮壓革命的目的，然而事與願違，通過“《蘇報》案”，《革命軍》的銷行更廣，革命風潮日盛。
