於1645年5月20日的城防崩潰後，揚州城居民只有聽天由命了。儘管當時大雨傾盆，但是一些居民忙着燒香，準備着入侵者的到來，同時大量地隱藏他們的金銀財寶。他們只是做了這些謹慎的準備，但是全然無力抵抗那些已接管這座城市的滿族人、蒙古人和投降了的漢人。王秀楚寫道：“衆皆次第待命，予初念亦甘就縛”。
那些叛徒領着清兵在這座商業城市中從一個富戶進入另一個富戶。清兵們先是要銀子，後來就無所不要了。直到20日的白天，還沒有人身傷害。但是夜幕降臨之後，人們聽到了砸門聲、鞭子抽人聲和受傷人發出的嚎叫聲。那個夜晚火勢蔓延開來，但有些地方的火被雨澆滅了。到於1645年5月21日，一份告示保證說，如果藏起來的人能夠出來自首的話就會得到赦免，於是許多藏在自己家裏的人走了出來。可他們走出來後卻被分成50或60人一堆，在三四個士兵的監督下，用繩子捆起來。然後就開始用長矛一陣猛刺，當場把他們殺死，即使仆倒在地者也不能倖免。諸婦女長索繫頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土;滿地皆嬰兒，或襯馬蹄，或藉人足，肝腦塗地，泣聲盈野。 揚州變成了屠場，血腥惡臭瀰漫，到處是肢體殘缺的屍首，一切社會準則都不復存在了。
揚州百姓，同仇敵愾禦敵。據史可法紀念館館藏資料記載：在保衛揚州城的戰鬥中，百姓踊躍參戰。有的奔上城頭搶修防禦工事，有的協助兵士巡城，連婦女老小都出動，蒐集磚石、石灰，趕製刀槍弓箭。退職武將樊大綱召集一批志士，加入守城隊伍。其母爲了免除兒子的牽掛，竟一頭撞死在石碑上。城被攻破後，市民們或同清兵巷戰而死，或自殺身亡。二百多揚州少年自發組織起來，到處伏擊清軍，全部戰死：諸生高孝瓚，在衣襟上書：“首陽志，睢陽氣，不二其心，古今一致”，在學宮自縊;醫生陳天拔、畫家陸榆，船民劉某、徐某，均不屈死;婦女拒辱自殺者不計其數。
那些從城牆上跳下去企圖逃跑的人不是摔斷了大腿，就是落到了流氓無賴和散兵遊勇手中，他們把這些人抓起來拷打，要他們交出財寶來。在城裏，一些人藏到垃圾堆裏，在身上塗滿爛泥和髒物，希望以此躲開人們的注意，但是清兵不時地用長矛猛刺垃圾堆，直到裏面的人像動物一樣蠕動起來，鮮血從傷口流了出來。大火蔓延開來，那些因爲藏在屋子裏或地下室裏仍然活着的人們，或者是被無情的大火所吞噬，或者是戰戰兢兢地跑到街上，被那些仍然在屠城的清兵殺死了。甚至那些被正規的清軍放過去的、赤身露體在街上游轉的、孤弱無助的市民，又被成羣的散兵(“不知爲清兵、爲鎮兵、爲亂民”)攔住，亂棒打死。
到5月25日，即濫殺和搶劫的第六天，這場大屠殺結束了。清軍接到豫王的命令，就此封刀。和尚們得到命令開始收集和焚燒屍體。到5月27日，開始賑濟口糧。又過了幾天，那場雨——它使大火沒有毀滅整個城市——終於停止了，太陽也出來了。當時的人們估計，有80萬人死於這場屠殺。
