個人成就
徽派樸學
阮元作爲徽派樸學發展後期的重鎮巨掣，其治學師承戴震，守以古訓發明義理之旨。乾隆五十一年(1786)，阮元舉鄉試入都，時年二十三，得與邵晉涵、王念孫、任大椿相交(見《揅經室二集》卷七《南江始氏遺書.序》)。其時戴氏亡故已十年，而王念孫、任大椿皆戴震之門人弟子，邵則爲戴氏論學的“同志密友”，他們對於阮元的影響極大，阮元之訓詁學，得之王念孫較多，從此奠定他爲學的基礎，終於成爲徽派樸學極有潛力的後勁之旅，其後徽派樸學盛行江浙、名噪揚州、蜚聲魯豫、遠播西南，得阮元之力尤多。
阮元論學之旨，雖以漢學的經史訓詁爲根底，但主張實事求是，“尤以發明大義爲主”，“餘之說經，推明古經，實事求是而已，非敢立異也。”(《揅經室集.自序》)。一方面，以文字訓詁、考證辨僞探求經書義理、恢復經典原貌的做法即爲“實”的方法。另一方面，阮元的“實”又具有“實學”、“實行”、“實踐”、“務實”等帶有時代特點的新的含義。阮元將格物與實踐統一起來，開始關注“家國天下之事”，真切反映出徽派樸學後期發展方向的轉變。《清儒學案.儀徵學案》評價阮元：“推闡古聖賢訓世之意，務在切於日用，使人人可以身體力行。”阮元研究範圍自經史小學以及金石詩文，鉅細無所不包，尤其提倡以勘明大意爲理念。其學術思想主要體現在講求“因古訓以求義理”，認爲：“聖賢之言，不但深遠者非訓詁不明，即淺近者亦非訓詁不明。”(《揅經室一集》卷二《論語一貫說》)或言：“古今義理之學，必自訓詁始。”(《揅經室續集》卷一《馮柳東三家證異文疏證.序》)並有鑑於宋、明理學家們爭論“仁”字的含義，運用歸納的方法，把孔子、孟子所有論述“仁”字的文句集中起來，加以排比，寫成《論語論仁論》及《孟子論仁論》，用孔孟論述“仁”字的原意去糾正後世對“仁”字的曲解，從而避免了離開實事而空談心性的誤區。同時這體現了所謂的“以古訓明義理”。在文字訓詁方面，阮元遵循高郵王氏之法，大都由聲音貫通文字，從而總結出它的通例。阮元曾經提出探語源、求本字、明通假、辨誼詁四種方法，張舜徽先生在評論《揅經室集》時讚揚道：“元嘗自言餘之學多在訓詁，良不誣也。”(張舜徽《清人文集別錄》卷十一)
阮元的治學特點是由訓詁入手，長於比對歸納。和他之前的徽派樸學前輩一樣，阮元認爲考據、義理、辭章三者是密不可分、兼顧並重的，不重考據，將無從窺探學問的門徑，無法升堂入室，但光重名物考據，不探求義理，仍然不能步入學問的殿堂。他在《揅經室一集》卷二《擬國史儒林傳.序》稱：“聖人之道貌岸然，譬若宮牆，文字訓詁，其門徑也。門徑苟誤，跬足皆歧，安能升堂入室乎……或者但求名物，不論聖道，又若終年寢饋於門廡之間，無復知有堂室矣。” 可見，阮元雖主張由訓詁求義理，但同時意識到漢學埋頭故紙，限於猥瑣的流弊，堅決反對“但求名物，不論聖道”的純粹訓詁之學，意在超越局部的研究而作融會貫通的工作，這也是阮元在學術見解上體現出與戴震之學的差異。阮元從事文字訓詁，着眼於源流和發展演變，着眼於字羣音義上的相互聯繫，不是進行一詞一義、一事一物的孤立的研究考證，而是以聯繫的、發展的眼光來觀察研究事物。研究禮制典章，不糾纏於事物名稱的孤立考證，而是着眼於古代禮制的大體，不脫離歷史發展的背景和階段性，充分體現出他聯繫、變化、會通的史學觀，誠如皮錫瑞所言：“今得阮元之通識，可以破前儒之幽冥矣!”(《經學通論.三禮.論明堂辟雍封禪當以阮元之言爲定論》)
在考據方面
阮元的業績主要體現在文字、主源、金石碑刻和對於典章制度的考試等諸多領域，比如在考證文字本義和造字之始時，阮元與戴震提出的“讀書首在識字”的指導思想一脈相承，考證字的語源、本義、通假、訓詁並有所發揮。又如在對於古代的典章制度的研究中，阮元經過細密考證，寫出《明堂論》、《封泰山論》等文，認爲所謂“明堂”、“辟雍”只不過是上古沒有宮室時的一種簡陋的結構，很象後世遊牧地區的帳篷，上圓下方，四周環水，每逢大事如祭祀、行軍禮、學禮，或者發佈政命，都在這裏舉行。阮元還說，“封”是統治者在南郊祭天，“禪”是統治者在北郊祭地。阮元這種解釋，都是他經過周密考證的結果，爲時所稱。
在義理方面
阮元一貫主張“若義理從古訓中來，則孔子所得之義理，必自孔子以前之古訓中來”，正如在《詩書古訓》一文他說：“萬世之學，以孔、孟爲宗;孔孟之學，以《詩》、《書》爲宗。學不宗孔、孟，必入於異端。孔、孟之學所以不雜者，守商、周以來《詩》、《書》古訓以爲據也。《詩》三百篇，《尚書》數十篇，孔、孟以此爲學，以此爲教，故一言一行，皆深表不疑。”此外，《論語論仁論》、《孟子論仁論》、《性命古訓》等都是阮元所作關於闡發義理的著述。
在辭章方面
阮元與當時的與桐城派“古文”異趣迥然，其論文重文筆之辨，以用韻對偶者爲文、無韻散行者爲筆，提倡駢偶。阮元雖以經學知名，所作辭章，亦不乏可讀之篇。所著《揅經室集》共六集五十八卷，前四集爲阮元生前手定者，隱然以經、史、子、集爲次。說經之文，多在一集，自四集以下，始以詩文合編。
阮元不僅是自徽派樸學陣營中走出來的清代思想學術史上的一位里程碑式的人物，而且他對徽派樸學最大的貢獻，一是彙集編印大量書籍文獻，一是培養造就大批有用人才。縱觀阮元在橫跨三朝的半個多世紀裏，造就了數以百計的人才，其中不少後來成爲徽派樸學的精英，使得徽派樸學得以廣泛傳播併發揚光大。這些人才的來源，除了慕名前來投師或在社會交往中發現的以外，科場選拔和書院培養應是兩個主要的途徑。不僅有在科場選拔如王引之、郝懿行、丁晏等人，阮元爲官浙江巡撫時在杭州創建了詁經精舍，延請當時的著名學者如王昶、孫星衍等來主講，又邀金鶚、洪頤煊、震煊兄弟講肄其中，教學內容爲經史疑義及小學、天文、地理、算法等。在詁經精舍肄業的，多爲學行出衆的高材生，德清徐養原、嘉興李遇孫，雖都學有專長，也還來此修習。當時阮元編輯《經籍籑詁》尚未完成，同時又在校刊《十三經注疏》，這些亦徒亦友的績學之士，轉而又成爲阮元編書的得力助手。如徐養原曾幫助他校勘《十三經注疏》中的《尚書》和《儀禮》，洪震煊既擔任《經籍籑詁》中的《方言》部分，又擔任《十三經注疏》中的《小戴禮記》校勘。教學相長，實踐鍛鍊，造就了一大批有用的人才，其中不少人後來都成爲“徽派樸學”的知名學者。阮元任兩廣總督時，在廣州創建學海堂書院，並親自講學。有學長八人，分別擔任教學任務，學習《十三經》、《史記》、《漢書》、《文選》、《杜甫詩》、《韓昌黎集》等，任學生選擇一門，作日記，由學長評閱指點。其綜合漢、宋的思想一定程度上對部分廣東學者產生了影響。廣東番禺人侯康，就因所爲文，得到賞識，由是知名。番禺人林伯桐和陳澧，都擔任過學海堂學長，陳澧任職時間尤長。廣東嘉應人李黼平也曾補聘來學海堂批閱課藝，阮元還延請他爲之教子讀書。著名的《皇清經解》也是在這時編刻的，所以又稱作《學海堂經解》。徽派樸學之所以能遠被西南，除了程恩澤、鄭珍傳播的影響以外，學海堂書院培養造就的大批人才，影響更加深遠。諸如上述所提林伯桐、陳澧、李黼平、侯康等學有所成者，不勝枚舉。
阮元自弱冠一舉成名，在長達六十多年的治學生涯中(其中還有大部分時間治理政務)，著作極爲豐富，說他是“著作等身”，當之無愧。在阮元60歲時，龔自珍撰文對其在大半生所取得的學術成就進行了比較全面的總結，盛讚阮元的訓詁之學、校勘之學、目錄之學、典章制度之學、史學、金石之學、術數之學、文章之學、性道之學、掌故之學等，稱其“凡若此者，固已匯漢宋之全，拓天人之韜，泯華實之辨，總才學之歸。”(《阮尚書年譜第一序》)阮元在諸多領域都取得了矚目成就，尤其在文獻學和史學方面，並且一生致力於文獻的整理、彙輯、編撰、刊刻，成績斐然。其生平所著之書，根據一些常見書目統計，約在三十種以上，其中人們比較熟知的有如下十多種：《三家詩補遺》、《考工記車製圖解》、《詩書古訓》、《儀禮石經校勘記》、《儒林傳稿》、 《疇人傳》、 《積古齋鐘鼎彝器疑識》、 《定香亭筆談》、《小滄浪筆談》、《選項印宛委別藏提要》、《揅經室集》、《十三經注疏校勘記》。所編之書有《經籍籑詁》、《皇清經解》、《兩浙金石志》、《詁經精舍文集》、《淮海英靈集》、《八甎吟館刻燭集》等。此外，阮元還主編過一些大型的志書，如《嘉慶嘉興府志》八十卷、《廣東通志》三百三十四卷。在阮元刻印之書中，最爲人們熟知的，除上述《皇清經解》、《經籍籑詁》以外，當推《十三經注疏》。這是一部大型的經學叢書，收書一百八十餘種、一千四百餘卷。刻印時，羅致了一些績學之士擔任校勘，由阮元總其成。這些校勘成果，就是著名的《十三經注疏校勘記》。阮元所刻印之書還有一個重點，是其蒐集刻印了一些知名學者的遺著。據粗略統計，他所刻名家選集就有錢大昕、錢塘、汪中、劉臺拱、孔廣森、張惠言、焦循、凌廷堪等大家。可見阮元究心表彰絕學，不遺餘力。
也有學者認爲，阮元是清代後期形成的揚州學派的主要代表人物之一，並將揚州學派定義爲清代漢學的又一分支，是漢學發展至高峯並開始走向衰落時期的一個學派，它的形成稍晚於皖派。可以說，無論現今依照怎樣的標準來界定當時的學派，都不能否定阮元學術思想中閃爍的徽派樸學的理念標誌，都無法抹殺阮元留在徽派樸學百年輝煌史上深深的烙印。更高意義上講，阮元學術思想體系的意義不僅成爲清代漢學由高峯走向衰落的標誌，同時也成爲傳統學術向近代學術跨越的轉折點。
