瞿鴻禨是最後一代拜相的科舉儒臣，可以說生不逢時。他在庚子後入值軍機，面臨的任務等於是階級自殺：廢除科舉，推行新政，辦理立憲。他和岑春煊結成聯盟，反對慶親王和袁世凱。
從儒家的傳統觀念看，瞿鴻禨代表清流，袁世凱代表濁流。因爲前者是翰林出身，珍愛儒家價值觀;後者不是兩榜正途，喜歡以利祿驅使豪傑。
在反腐方面，瞿鴻禨比較積極。袁世凱則更重視實際辦事能力，多多少少認爲消極的操守不是最重要的。但從改革的積極性和可行性方面考慮，袁世凱比他更有責任感。
1906年的官制改革使雙方短兵相接。瞿鴻禨知道舊制度已經不可能保全，但仍然希望在變法中多少保留一些遺產，例如用經濟特科取代科舉，在保留軍機處的基礎上推行責任內閣制。袁世凱的官制改革計劃比他徹底得多，準備乾脆取消軍機處和科舉，擁戴慶親王爲內閣總理大臣，實行徹底的內閣負責制。
京師百官震動，對袁世凱羣起而攻之，迫使他狼狽不堪地返回天津任所。軍機處改組後，瞿鴻禨權傾朝野，但好景不長。丁未政潮(1907年)迫使瞿鴻禨辭官還鄉，永遠退出了政壇。
這次事件的真實原因至今難以確定，慈禧太后提出的正式理由是：瞿鴻禨向《泰晤士報》泄露機密，企圖利用國際輿論實現驅逐慶親王的目標。民間的謠言則認爲：袁世凱派他的黨羽蔡乃煌僞造了瞿鴻禨-岑春煊私通康有爲的材料，欺騙了太后。慶親王-袁世凱集團暫時勝利，但慈禧太后一死，也被攝政王趕走。雙方的改革方案同時落空，責任內閣在武昌起義後才得以成立，那時已經爲時太晚。
瞿鴻禨隱居長沙，頗有士大夫的風骨，閉門作詩，修身養性，拒絕一切政治事務，跟袁世凱“釣翁眼底小王侯”的所謂隱居形成鮮明對比，說明清流與濁流的說法並不是儒生的自吹自擂。
辛亥革命後，他不食周慄，流亡到“首陽山”(上海租界)。湖南軍政府對他極爲不滿，藉口籌餉，奪走了他的積蓄。此事的不公正在於：他在晚清是比較清廉的人，反對民國完全出於“忠臣不事二主”的個人操守，並不是反對共和主義理念;袁世凱集團大多不如他清廉，投靠民國完全是機會主義行徑，根本不是熱愛共和國的原則。
民國當局收買機會主義者，懲罰清高之士，玷污了自己的原則。許多遺老反感民國，其實主要是反對機會主義。鄭孝胥就說共和國是美事，符合堯舜三代的宗旨，但大清的臣子既然已經蒙恩食祿，就不能對不起大清。真正的士大夫永遠不會忘記他不是普通老百姓，要用更高的標準要求自己，瞿鴻禨就是這種真正的士大夫。
袁世凱把他的隱居解釋爲留念君主制，以爲洪憲復辟就能讓他滿意，卑辭厚禮請他出山，卻遭到拒絕，因爲“事二夫(士大夫對待君主猶如女子對待丈夫)”比投靠民國更可恥，投靠民國或許還真是因爲偏愛共和國的緣故，投靠新皇帝就說明你什麼原則都沒有：如果你愛君主制，爲什麼要背棄施恩於你的大清?如果你愛共和國，爲什麼要投靠袁皇帝?袁世凱做民國大總統，還能勉強解釋成共和國天下爲公;自己做皇帝，那就變成欺騙孤兒寡婦的奸臣和欺騙國民的國賊了。黎元洪、徐世昌等人都在大清做過官，可以根據前一種理由投靠民國;但如果第二次倒戈，就沒法解釋自己的行爲了。袁世凱一稱帝，就等於宣佈他的臣子都是可恥的機會主義者，同時得罪了新派和舊派，這是他失敗的重要原因。
法統重光以後，黎元洪大總統佩服瞿鴻禨的節操，再次請他出山。他仍然拒絕，證明了自己的價值觀。這位隱士的晚年生活非常簡樸和節制，令人難以想象他曾經身居相位。他以作詩和育兒爲樂，身後只留下大量的藏書，結果產生了大學者瞿同祖。在遺老們看來，他和袁世凱的生平證明了他們的觀念或偏見：無論多麼美好的事業，都經不住投機分子的玷污。英國人熱愛君主，美國人熱愛共和國，都是美好和正當的，但中國的革命一次又一次解放了投機分子，毀滅了正人君子，使得任何主義本身的優劣都變得不太重要了。
