博通經籍
馬融字季長，是將作大匠馬嚴的兒子，其從祖爲東漢名將馬援。他的言語和姿態優美，有才華，善於言辭。之前，京兆人摯恂隱居南山，用儒術教授門徒，不應州郡徵聘，名聞關西地區。馬融跟從他遊學，博通經書。摯恂很欣賞馬融的才華，於是把女兒嫁給了他。
初入仕途
公元108年(永初二年)，大將軍鄧騭聽聞馬融的名聲，於是召他任舍人，但馬融並不喜歡此職，就沒有應命。客居在涼州的武都、漢陽二郡間。當時羌人突起，擾亂邊境。米價飛漲，自函谷關以西，路上餓死的人一個接一個。馬融也遭受飢困，就後悔了起來，對他的朋友說：“古人有言‘左手據天下之圖，右手割其喉，這種以名害生的事，愚夫也不幹。’這是爲什麼呢?生是最可貴的。現在爲了怕鄉曲之士恥笑，使無價的身體受到摧殘，這不符合老莊的道理。”於是應鄧騭的徵召出仕。
公元110年(永初四年)，馬融被拜爲校書郎，到東觀典校祕藏書籍。當時，鄧太后掌權，鄧騭兄弟輔政。一般淺見的儒生學士，都認爲文德可興，武功宜廢，於是停止了練武的制度，不講戰陣之法。因此猾賊蜂起，乘國家無備。馬融對此大爲不滿，認爲文武之道，是聖賢所重視的，金、木、水、火、土，人們把它們並用，任何一個都不可廢，怎能不講武功。
上疏遭錮
公元115年(元初二年)，馬融上《廣成頌》來諷諫朝廷。《廣成頌》送上後，得罪了當權的鄧氏。馬融只得呆在東觀，十年不得升遷。馬融後來因爲侄子去世，於是請罪歸家。鄧太后聽說後大怒，認爲馬融不遵從朝廷的命令，想在州郡做官，於是下令禁止馬融爲官。
公元121年(建光元年)，鄧太后去世，漢安帝親政，召還馬融回到講部。又出任河間王廄長史。當時安帝東巡岱宗(泰山)，馬融獻上《東巡頌》。安帝對他的文才感到驚奇，於是召拜他爲郎中。
公元125年(延光元年)，北鄉侯劉懿即位，馬融稱病辭官，在郡裏任功曹。
公元133年(陽嘉二年)，朝廷下詔命羣臣推舉敦樸之人，城門校尉岑起舉薦馬融，馬融趕赴徵召，經考覈出任議郎。又被大將軍樑商任命爲自己的從事中郎，後升任武都太守。當時西羌反叛，徵西將軍馬賢與護羌校尉胡疇率軍征討，但卻拖延不進。馬融知道馬賢必敗，於是上疏請求允許自己率關東兵五千進攻，但朝廷沒有聽從。馬融又上疏認爲羌人和北方少數民族，可能會來侵擾，應做好準備。不久，隴西郡的羌人造反，烏桓侵掠上郡，都如馬融所說的。
屈於權貴
後經三次遷升，至漢桓帝在位時馬融任南郡太守。之前，馬融因一些事得罪了大將軍樑冀，樑冀暗示有關部門誣告馬融在郡裏貪污，他於是被免職剃髮，流放至朔方郡。馬融自殺未遂，得以免罪召還。再任議郎，又在東觀校勘儒學典籍，並參與續寫《漢記》(史稱《東觀漢記》)，後來因病離職。
當初，馬融被鄧氏懲辦，便不敢再觸犯權貴，後來又爲樑冀起草陷害太尉李固的奏摺，被吳祐斥責說：“李公的罪，成於您的手下。李公如果遭到誅殺，您有什麼面目見天下人呢?”他又爲樑冀作大將軍《西第頌》，因此頗爲正直之士所恥笑。
高齡而終
公元166年(延熹九年)，馬融在家中去世，享年八十八歲，遺令薄葬。
