日本國土地面積狹小，鎌倉〔含〕以前的戰爭中很少有過長途遠征的事例，因此並不重視軍隊補給，大軍所到之處，往往縱兵搶掠，自籌糧餉。沒有穩固根基而能殺入京都的部隊，往往因爲兵力龐大但糧草不繼而迅速弱化，遭遇攻擊便全線潰散——前此的木曾義仲是如此，現在的足利尊氏也是如此。
且說尊氏進入京僅僅三天，正因楠木正成的堅壁清野策略而頭疼不已的時候，突然發現琵琶湖中出現了大批戰船，船上樹立着的，竟然是陸奧守北畠家的旗印!
原來，北畠親房、顯家父子在接到討伐詔書後便積極行動了起來，當尊氏的主力部隊一離開鎌倉，在箱根之戰後一路西進，跟楠木正成和新田義貞的部隊決戰時，北畠軍即開始向西運動，還不到二十歲的年輕將領北畠顯家的率領下，風馳電掣般突破了鎌倉的重重防禦，緊緊跟在尊氏後面。此刻，當北畠氏的旗印出現在京都城外時，尊氏知道，大勢已去了。
正月十六日，正成、義貞、顯家的部隊開始對細川定禪駐紮的三井寺發動突擊。在官軍優勢兵力的攻擊下，三井寺的細川軍全面潰退。從二十七日到三十日，官軍對京城中糧盡氣衰的尊氏叛軍發動了長達四天的總攻，到三十日傍晚，京都收復，尊氏及殘兵數萬人遁入曾經是他發家之地的丹波篠村。二月三日，尊氏繼續西逃到了攝津的兵庫。十日，足利直義的殿軍被義貞、顯家軍擊敗。十一日，在以阻截義貞、顯家軍爲目的的豐島河原之戰中，尊氏軍再度被擊敗——這回尊氏敗得好慘，當他乘船逃到備後時，部屬只剩下了兩千人。
眼看尊氏敗局已定，建武君臣歡天喜地開宴慶功，只等朝敵首級一到便可論功行賞。楠木正成趁機進諫後醍醐天皇，警告說“新政失卻民心，遂使武士倒向尊氏”、“此時當用懷柔政策，赦免尊氏一切罪責，主動詔其還朝”、“如持明院統再起，則國家危矣”。
因爲正成非常清楚，各國武士對建武新政的失望，不會因爲尊氏一人或者足利一族的滅亡而就此煙消雲散的，如果後醍醐天皇不改變重用貴族、輕視武士的態度，那麼新田義貞也可能變成足利尊氏，名和長年也可能變成足利尊氏，甚至連自己都可能會有失望蛻變的一天。大勢如此，是不以人們的主觀意識爲轉移的。當然，後醍醐天皇對此完全聽不進去。
後醍醐天皇一心要恢復天皇往日的榮光，權柄在手，不受公卿、武士的制約，然而皇族並非僅他一人，高高在上的他當然可以這麼想，被壓在底層的持明院統諸人可是別有心思。且說被迫遠離根據地關東，避於備前一隅的尊氏，此刻突然接到了被廢的持明院統舊帝光嚴院的院宣。院宣命令尊氏聚集兵馬，討伐僞帝后醍醐和匪將新田義貞，重扶光嚴院復位。勢窮時衰的尊氏一黨喜不自勝，立即豎起光嚴院的御旗，宣佈討伐逆賊新田義貞，並手持院宣在各國徵兵。十五日，應九州豪族的敦請，飄揚着光嚴院御旗的尊氏軍堂堂正正地西進了。
二十五日，當尊氏到達筑前的蘆屋浦時，九州豪族少貳貞經首先派遣五百騎人馬前來迎接。然而，肥後的菊池黨首領菊池武重時在新田軍中，其弟菊池武敏當然不肯賣尊氏的帳，一聽說尊氏到了九州，二話不說，上來就把親尊氏的少貳貞經殺了個人仰馬翻。
三月二日，菊池黨同尊氏軍在多多良濱打了場狠仗。菊池黨雖然兵數佔優，卻多是烏合之衆，一開始還佔有部分優勢，後來卻節節敗退，等到同盟的松浦黨陣前倒戈，終於全線潰敗——尊氏的好運氣來了。
須知因爲抗元戰爭的洗禮和磨鍊，九州、四國豪族們的勢力普遍龐大，雖然龐大，卻極艱苦。這是因爲元軍到來之時，九州、四國的豪族們首當其衝，被迫徵兵拉夫，殊死抵抗，然而戰後卻很少能得到幕府的獎勵，一族郎黨不可散去歸農，人人心懷怨憤。好不容易盼到幕府倒臺，然而所謂的“建武新政”也無法給他們以實利和補償，皆恨朝廷入骨，莫不希望再建一個能對自己有利的武士政權。尊氏的到來，使他們終於看到了一線曙光。
於是趁着官軍因勝而驕，追趕不力的契機，足利尊氏在九州晃盪了不過一個月，就拉起了一支龐大的部隊，號稱五十萬，於延元元年〔1336年〕四月三日啓程，分水陸兩路浩浩蕩蕩地踏上了東征之途。
