哲哲生於明萬曆二十七年(1599年)。萬曆四十二年(1614年)四月，十六歲的哲哲遠嫁二十二歲的皇太極爲妻。一迎娶之際，皇太極率領部下從赫圖阿拉城(今新賓縣老城)出發，北行三百餘里到達輝發部(今吉林省輝南縣境)扈爾奇山城，在此殺牛宰羊舉行隆重的迎親儀式和結婚儀式。
天命十年(1625年)，她十三歲的侄女布木布泰嫁給皇太極。天命十一年(1626年)，皇太極繼承汗位，封哲哲爲“大福晉”。所謂大福晉是主持親王家政的主婦，管理後宮一切事務，包括對其它側福晉及庶福晉(即妾)的管束。哲哲所以受到如此重視，獲得大福晉的尊貴地位，主要還是她出身於蒙古大領主世家，是清朝初期的聯姻制度的核心。清初婚姻制度非常重視門第高低。天聰初年(1627年)，哲哲之母蒙古科爾沁大妃多次從科爾沁來到盛京，皇太極均以大禮相待。
天聰六年(1632年)，皇太極廢除“四大貝勒並座”舊制，開始“南面獨坐”。爲正名份，開始冊封后宮福晉，哲哲成爲後金國君福晉，稱中宮大福晉。崇德元年(1636年)，皇太極改國號爲“清”，改“汗”號爲皇帝，按古代制度要分封后妃，大福晉哲哲被封爲中宮皇后，又稱國君福晉，居中宮清寧宮，成爲主持宮圍，贊襄朝政的國母皇后。在冊封大典上，皇太極授給她象徵地位等級的《冊文》、“金印”，以及儀仗鑾駕等物。
崇德二年(1637年)，科爾沁大妃來朝設宴，不久后皇太極對科爾沁家族進行封贈，追封科爾沁貝勒莽古思爲和碩福親王，封科爾沁大妃爲和碩福妃。皇太極派內院大學士范文程等人前往科爾沁，賜《誥命》和銀印以及其它賞賜，併爲和碩福王立碑。
皇太極統治的17年間，孝端文皇后主持內宮事務，很使皇太極滿意。每遇蒙古諸部遠道來京朝賀，或送女來嫁，或尚公主，均由孝端文皇后率衆妃舉行盛大宴會，親自迎送。由於孝端文皇后的崇高地位，其親族亦受禮遇。她的母親科爾沁太妃屢次來朝，皇太極均以盛大禮節迎送，宴賞優厚。
孝端文皇后無子，生有三女。福臨(即順治皇帝)繼位後，尊其爲母后皇太后，順治六年(1649年)四月十七日，哲哲逝世，年五十一歲。順治七年(1650年)二月，將其梓棺運至瀋陽，與皇太極合葬於昭陵，即今瀋陽北陵。順治皇帝爲孝端文皇后撰了祭文。雍正、乾隆累累加諡，全諡曰孝端正敬仁懿哲順慈僖莊敏輔天協聖文皇后。
