米歇爾·福柯1926年出生於法國普瓦捷的一個鄉村家庭，其父保羅是一個內科醫生。他的原名是保羅-米歇爾·福柯，後來他將名字中的保羅放棄了，這可能和他同他父親之間相當緊張的關係有關。他一開始的成績中上，但當他進入耶穌會辦的一箇中學後，他的成績十分優秀。在這段時間裏，普瓦捷屬於維希法國，後來被德國佔領。戰後，福柯進入了法國最負盛名的巴黎高等師範學院，這是法國傳統的通向學術生涯的門戶。
福柯在巴黎高等師範學院的時間對他來說是非常重要的，當時法國對德國哲學家如黑格爾、胡塞爾、海德格爾和尼采的興趣越來越強，福柯的教授之一，讓·伊波利特(Jean Hyppolite)，是一位非常有名的翻譯家和德國哲學的專家。梅洛·龐蒂當時也在巴黎高等師範學院教學，他對於存在主義和現象學的課程在包括福柯在內的一部分學生中非常受歡迎。在他在巴黎高等師範學院的後期，他與法國最著名的哲學家和科學史學家之一，喬治·岡圭朗(Georges Canguilhem，又譯爲喬治·康吉萊姆、喬治·康奎荷姆)，建立了關係。
福柯在巴黎高等師範學院的私人生活並不快樂，他患有嚴重的憂鬱症，甚至企圖自殺。他受到一個心理學家的看護。雖然如此，或者正因爲如此，他對心理學非常感興趣。因此他不但得到了哲學的教育，而且還得到了心理學的教育，他甚至參加了這門學科的臨牀實踐，在那裏，他與路德維希·賓斯萬格爾(Ludwig Binswanger)等思想家接觸。
最後福柯還受到了馬克思主義的影響，如其他許多巴黎高等師範學院的學生，他在1950年至1953年間是法國共產黨員。他是被他的教師阿爾都塞介紹進去的。與其他許多人相同，他因爲斯大林統治下的蘇聯的情況退出了共產黨。與其他許多人不同的是他從未參加過共產黨的活動。
1950年福柯通過畢業考試，他在巴黎高等師範學院教了一段時間書，但他對此並不感興趣，因此他很快就離開了法國。他的一個教師和朋友喬治·杜梅齊爾(Georges Dumezil)爲他找到了一個在瑞典烏普薩拉大學作爲法國文化代表的職位，從1954年到1970年他在烏普薩拉大學、在波蘭華沙和在德國漢堡大學充當文化代表。此後他到法國克萊蒙費朗第一大學教哲學，在那裏他遇到了丹尼爾·德菲(Daniel Defert)。只要他在法國，他後來就一直與德菲(Daniel Defert)生活在一個非單配性的關係中。
早在巴黎高等師範學院期間，福柯即表現出對心理學和精神病學的極大興趣，恰好他父母的一位世交雅克琳娜·維爾道(Jacqueline Verdeaus)就是心理學家，而雅克琳娜的丈夫喬治·維爾道則是法國精神分析學大師雅克·拉康的學生。因此，在維爾道夫婦的影響下，福柯對心理學和精神分析學進行了系統深入的學習，並與雅克琳娜一道翻譯了瑞士精神病學家賓斯萬格爾(Ludwig Binswanger)的著作 《夢與存在》 。書成之後，福柯應雅克琳娜之請爲法文本做序，並在1953年復活節之前草就一篇長度超過正文的序言。在這篇長文中，他日後光彩奪目的寫作風格已經初露端倪。1954年，這本罕見的序言長過正文的譯作由德克雷·德·布魯沃出版社出版，收入《人類學著作和研究》叢書。同年，福柯發表了自己的第一部專著《精神病與人格》，收入《哲學入門》叢書，由法國大學出版社出版。福柯後來對這部著作加以否定，認爲它不成熟，因此，1962年再版時這本書幾乎面目全非。
1955年8月，在著名神話學家喬治·杜梅齊爾(Georges Dumezil)的大力推薦下，福柯被瑞典烏普薩拉大學聘爲法語教師。在瑞典期間，福柯還兼任法國外交部設立的“法國之家”主任，因此，教學之外，他花了大量時間用於組織各種文化交流活動。在瑞典的3年時間裏，福柯開始動手撰寫博士論文。得益於烏普薩拉大學圖書館收藏的一大批16世紀以來的醫學史檔案、書信和各種善本圖書，也得益於喬治·杜梅齊爾(Georges Dumezil)的不斷督促和幫助，當福柯離開瑞典時《瘋癲與非理智——古典時期的瘋癲史》 已經基本完成。
1958年，由於感到教學和工作負擔過重對，福柯提出辭職，並於6月間回到巴黎。兩個月後，還是在喬治·杜梅齊爾(Georges Dumezil)的幫助下，同時也因爲福柯在瑞典期間表現的出色組織能力，他被法國外交部任命爲設在華沙大學內的法國文化中心主任。這年10月，福柯到達波蘭，不過他並沒有在那兒待太久，原因倒也富於戲劇性：他中了波蘭情報機關的美男計。福柯從很早時候起就是同性戀，對此他倒不加掩飾，就個人生活而言，這位老兄顯然夠得上“風流”的美名。然而50年代正是東西方冷戰正酣之時，兩方都在挖空心思的相互刺探。恰恰在1959年，法國駐波蘭大使館文化參贊告假，大使本已有心提拔福柯，便一面讓他代行參贊職務，一面行文報請正式任命。所以波蘭情報機構乘虛而入，風流成性的年輕哲學家合當中計。
離開波蘭後，福柯繼續他的海外之旅，這一次是目的地是漢堡，仍然是法國文化中心主任。1960年2月，福柯在德國最終完成了他的博士論文。這是一本在厚度和深度上都同樣令人咋舌的大書：全書包括附錄和參考書目長達943頁，考察了自17世紀以來瘋癲和精神病觀念的流變，詳盡梳理了在造型藝術、文學和哲學中體現的瘋癲形象形成、轉變的過程及其對現代人的意義。按照慣例，申請國家博士學位的應該提交一篇主論文和一篇副論文，福柯因此決定翻譯康德的《實用人類學》並以一篇導言作爲副論文，雖然這一導言從來沒有出版，但福柯研究者們發現，他後來成熟並反映於《詞與物》、《知識考古學》中的一些重要概念和思想，在這篇論文中其實已經形成。
應福柯之請，他以前在亨利四世中學的哲學老師，時任巴黎高等師範學院校長的讓·伊波利特(Jean Hyppolite)欣然同意作副論文的“研究導師”，並推薦著名科學史家、時爲巴黎大學哲學系主任的喬治·岡圭朗(Georges Canguilhem，又譯爲喬治·康吉萊姆、喬治·岡奎萊姆)擔任他的主論文導師。後者對《瘋癲史》讚譽有加，併爲他寫了如下評語“人們會看到這項研究的價值所在，鑑於福柯先生一直關注自文藝復興時期至今精神病在造型藝術、文學和哲學中反映出來的向現代人提供的多種用途;鑑於他時而理順、時而又搞亂紛雜的阿莉阿德尼線團，他的論文融分析和綜合於一爐，它的嚴謹，雖然讀起來不那麼輕鬆，但卻不失睿智之作……因此，我深信福柯先生的研究的重要性是毋庸置疑的。” 1961年5月20日，福柯順利通過答辯，獲得文學博士學位。這篇論文也被評爲當年哲學學科的最優秀論文，並頒發給作者一枚銅牌。
還在福柯通過博士論文答辯以前，法國克萊蒙費朗大學哲學系新任系主任維也曼在讀完《瘋癲史》手稿後，即致函尚遠在漢堡的作者，希望延聘他爲教授。福柯欣然接受，並於1960年10月就任代理教授，1962年5月1日，克萊蒙-費朗大學正式升任福柯爲哲學系正教授。在整個60年代，福柯的知名度隨着他著作和評論文章的發表而急劇上升：1963年《雷蒙·魯塞爾》和《臨牀醫學的誕生》 ，1964年《尼采、弗洛伊德、馬克思》以及1966年引起極大反響的《詞與物》。
1968年5月事件促使法國教育行政當局反思舊大學制度的缺陷，並開始策劃改革之法。作爲實驗，1968年10月間，新任教育部長艾德加·富爾決定在巴黎市郊的萬森森林興建一座新大學，它將擁有充分的自由來實驗各種有關大學教育體制改革的新想法。福柯被任命爲新學校的哲學系主任。但是，萬森很快就陷入無休止的學生罷課、與警察的臨街對峙乃至火爆衝突中，福柯的哲學系也在極左派的吵嚷聲中成爲動亂根源。在萬森兩年，是使福柯感到筋疲力盡的兩年。
1970年12月2日，對福柯來講是一個具有紀念意義的日子，這一天，他走上了法蘭西學院高高的講壇，正式就任法蘭西學院思想體系史教授。進入法蘭西學院意味着達學術地位的顛峯：這是法國大學機構的“聖殿中的聖殿”。
在法蘭西學院的就職演講裏，福柯讚揚了從不同角度影響其思想的三個人：讓·伊波利特(Jean Hyppolite)、喬治·岡圭朗(Georges Canguilhem)和喬治·杜梅齊爾(Georges Dumezil)，福柯對他們表示了誠摯的敬意。
70年代的福柯積極致力於各種社會運動，他運用自己的聲望支持旨在改善犯人人權狀況的運動，並親自發起“監獄情報組”以收集整理監獄制度日常運做的詳細過程;他在維護移民和難民權益的請願書上簽名;與薩特一起出席聲援監獄暴動犯人的抗議遊行;冒着危險前往西班牙抗議獨裁者佛朗哥對政治犯的死刑判決……。所有這一切都促使他深入思考權力的深層結構及由此而來的監禁、懲戒過程的運作問題。這些思考構成了他70年代最重要一本著作的全部主題——《規訓與懲罰》。
福柯的最後一部著作《性史》的第一卷《求知意志》在1976年12月出版，這部作品的目的是要探究性觀念在歷史中的變遷和發展。福柯對這部性的觀念史寄予厚望，並以務求完美的態度加以雕琢，大綱和草稿改了一遍又一遍，以至最終文本與最初計劃相差甚大。這又是一部鉅著，按照福柯最後的安排，全書分爲四卷，分別爲《求知意志》、《快感的享用》、《自我的呵護》、《肉慾的告贖》。可惜的是，作者永遠也看不到它出齊了，1984年6月25日，福柯因艾滋病在巴黎薩勒貝蒂爾醫院病逝，終年58歲。 福柯後來在美國待了很久，首先在水牛城大學，後來在加州大學伯克利分校。福柯在舊金山的同性戀社羣中，猶其在BDSM社羣中的活動使他染上了艾滋病，因爲當時人們還不知道這種病。1984年福柯逝世於巴黎，一開始一些他的朋友和家庭成員否認他死於艾滋病。
