華沙條約組織的組織機構有：
政治協商委員會
政治協商委員會爲華沙條約組織的最高決策機構，負責協商和決定締約國的國防、政治、外交和經濟等重大問題，由締約國黨的第一書記、總理、國防部長和外交部長組成，輪流在各締約國首都舉行會議。下設輔助機構常設委員會和執行機構聯合祕書處。常設委員會於1989年1月起增設祕書長一人，執行機構聯合祕書處其下設裝備委員會和後勤委員會等。
外交部長委員會
外交部長委員會於1976年10月成立，其職責是磋商並協調締約國的對外政策，爲政治協商委員會起草文件，制定實施其決議的具體建議，以及審理政治協商委員會所委託的其他事項。
國防部長委員會
國防部長委員會爲華沙條約組織的最高軍事機構，於1969年3月成立，主要任務是研究共同的軍事政策及聯合武裝部隊的訓練、演習、組織建設等問題，由各締約國國防部長、華約聯合武裝部隊總司令和參謀長等人組成，由蘇聯國防部長作爲主席。
聯合司令部
聯合武裝部隊司令部爲華沙條約組織的軍事指揮機構，負責對華約武裝部隊的領導、訓練、裝備和調動等。由聯合武裝部隊總司令、幾名負責防空、空軍、海軍和技術與裝備的副總司令、各軍隊派出國委任的副總司令及參謀長組成。聯合武裝部隊總司令一直由蘇聯元帥擔任。聯合武裝部隊總司令部下設軍事委員會、技術委員會和總參謀部。華約的各項重要領導職務都由蘇軍將領擔任。同時，蘇聯還以華約聯合司令部“代表”、“觀察員”和“顧問”的名義向各締約國的軍事領導機關和部隊派駐軍事人員。
