有非盟首腦會議、執行理事會、泛非議會、常駐代表委員會和非盟行政當局。首腦會議爲非盟最高權力機構，其主要職責是制定非盟的共同政策、監督政策和決議的執行情況、向執行理事會和委員會下達指示等。首腦會議原每年召開一次例會，從2005年起改爲每年兩次，其中一次在總部，另一次可應邀在成員國舉行。在成員國提出要求並經三分之二成員國同意後，非盟可召開特別首腦會議。執行理事會由成員國外長或其他部長組成，每年舉行兩次會議，負責實施大會決議和對成員國的制裁。非盟委員會是非盟常設行政機構，負責處理非盟的日常行政事務。非盟委員會主席任期4年，至多可連任兩屆，現任非盟委員會主席德拉米尼·祖馬，2012年7月當選，10月宣誓就職。
具體機構設置
非盟主要機構包括非盟首腦會議、執行理事會和非盟行政當局。非盟首腦會議是非盟最高權力機構，每年舉行國家元首和政府首腦級會議。在成員國提出要求並經三分之二成員國同意後，非盟可召開特別首腦會議。非盟自2002年7月建立以來，已經成立了非盟首腦會議、非盟行政當局、執行理事會、泛非議會、非洲法院、和平與安全理事會、常駐代表委員會、特別技術委員會等機構。2008年9月9日,非盟在達累斯薩拉姆宣佈成立經濟、社會和文化理事會(經社文理事會),從而把非盟的官方機構數增加到9個。
● 非盟首腦會議首腦會議是非盟的最高權力機構，通常每年召開兩次。年初的首腦會議原則上在非盟總部所在地亞的斯亞貝巴舉行，年中的首腦會議在成員國輪流舉行。另外，在成員國提出要求並經三分之二成員國同意後，非盟可召開特別首腦會議。首腦會議大會主席團由一名主席和14名副主席組成，由成員國根據地區代表制選舉產生，每個地區3名，受非盟制裁的成員國無投票權。主席任期一年，任期可視情況延長，延長期不得超過一年。首腦會議的主要職責是制定非盟的共同政策，監督非盟政策或決議執行情況，加快非洲政治、經濟一體化建設，向執行理事會和委員會下達指示，解決非洲戰爭、衝突、恐怖主義、緊急情況等問題。
● 非盟行政當局 非盟行政當局是非盟常設執行機構，負責處理非盟的日常行政事務。非盟行政當局主席任期4年，至多可連任兩屆，現任非盟行政當局主席讓·平。2009年7月，第13屆非盟首腦會議通過草案，將非盟行政當局轉變爲非盟權力機構。新機構將增加在防衛、外交及國際貿易等方面的權力。
● 執行理事會 執行理事會由成員國外長或其他部長組成，每年舉行兩次會議，負責實施大會決議和對成員國的制裁。
● 非盟泛非議會2004年3月18日，非盟泛非議會在埃塞俄比亞首都亞的斯亞貝巴正式成立。泛非議會由非盟53個成員國各派出5名議員組成，設有1名議長和4名副議長，坦桑尼亞著名婦女活動家蒙蓋拉夫人當選泛非議會首任議長。根據規定，在未來5年內泛非議會只履行協商與建議的職能，從2009年起開始行使其立法職能。
● 和平與安全理事會2004年5月25日，非盟和平與安全理事會在埃塞俄比亞首都亞的斯亞貝巴成立。非盟和平安全理事會的前身是非洲統一組織的"預防、處理和解決衝突機制"。2002年7月，非盟第一屆國家元首和政府首腦會議決定效仿聯合國安理會架構，組建和平安全理事會，取代"預防、處理和解決衝突機制"。 和平安全理事會主要機構包括大會、軍事參謀委員會、賢人委員會、非洲快速反應部隊、特別基金等，其職責是負責非洲地區的和平與安全，具有強大的干預和協調能力。和平安全理事會由15個理事國組成,它們是加蓬、埃塞俄比亞、阿爾及利亞、南非、尼日利亞、喀麥隆、剛果共和國、肯尼亞、蘇丹、利比亞、萊索托、莫桑比克、加納、塞內加爾和多哥,其中5個任期3年，10個任期兩年。
