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林丹汗是漠南蒙古察哈爾部的首領。他自萬曆三十二年(1604年)即察哈爾汗位後，就竭力標榜自己屬於成吉思汗的嫡系後裔，並宣稱掌有大元傳國璽，雄心勃勃要恢復其祖宗的偉業。自稱“統四十萬衆蒙古國主巴圖魯成吉思汗”,嘲笑努爾哈赤爲“水濱三萬人滿洲國主”。從蒙古皇室的血統來講，林丹汗確實是蒙古汗位的正統繼承人。但從黃教傳入蒙古以後，“大元后裔”這一正統觀念已失去號召力，蒙古族多少年來的這種傳統信念已經改變。
當時蒙古各部很多汗位的稱號都是從達賴喇嘛那裏接受來的，如漠北的土謝圖汗、車臣汗、札薩克圖汗、賽音諾顏汗，漠南喀喇沁部的坤都倫汗等。當時察哈爾部還是花教掌握着宗教大權，這在黃教勢力日盛的情況下，對林丹汗自然是不利的，因此，他也主動向黃教靠攏。
自從達賴四世進藏以後，漠南蒙古西部的土默特和鄂爾多斯等部失去了政治上和宗教上的領袖人物，原來鬆散的聯合體很快分裂了。林丹汗便乘機向西部進軍，擊破了喀喇沁部，控制了土默特和鄂爾多斯部。察哈爾部勢力得到了擴張，“東起遼西，西盡洮河，皆受插(察哈爾)要約，威行河套以西”。但林丹汗重振蒙古汗權的好景不長，不久就被後金努爾哈赤所征服。漠南蒙古處於後金與明朝之間，東界後金，西南與明朝相連，成爲明朝與後金爭奪的重點。如果蒙古與明朝聯合起來，則後金就會腹背受敵;蒙古倒向後金，則明朝北面門戶洞開，京師就會受到威脅。林丹汗選擇了與明朝合作共同抵禦後金的道路。明朝“思用東部插汗小王子(林丹汗)欲以敵大清”,便把原來給漠南蒙古諸部的歲幣，轉給了林丹汗，而林丹汗則每每揚言助中國，邀索無厭”。
察哈爾部在林丹汗的統治下，一度兵馬強盛，在漠南蒙古中沒有敢與之抗爭的。但由於林丹汗在征服戰爭中“興兵掠奪”,“服從者收之，拒敵者被殺”,又“昏於酒色”,因而激起漠南蒙古諸部對他的強烈不滿。這時，後金勢力日益強大，努爾哈赤及其後繼者皇太極都清楚地看到，林丹汗是他們征服蒙古的主要對手，只有摧垮林丹汗的勢力，才能使漠南蒙古聽命。因此，後金便利用蒙古各部對林丹汗的不滿情緒逐個爭取，對率部來歸的首領，厚給賞賜，並授以官爵。於是科爾沁、翁牛特、郭爾羅斯、杜爾伯特、札賚特以及克什克騰等部先後來歸。
崇禎元年(天聰二年，1628年)七月喀喇沁等部派代表來瀋陽“乞盟”,與後金結成了共同進攻林丹汗的軍事同盟，皇太極親率滿蒙聯軍進攻林丹汗，一直追擊到西喇木倫河流域。十月，皇太極返回瀋陽。崇禎五年(天聰六年，1632年)三月，皇太極下令徵集蒙古諸部兵，再次出征林丹汗，在昭烏達會齊後直趨林丹汗的巢穴到五月二十七日，攻下了歸化城(今呼和浩特)。林丹汗狼狽逃到西土默特部，後又逃到青海大草灘，出痘病死。
崇禎八年(天聰九年，1635年),皇太極又派遣多爾袞、嶽託、薩哈廉及豪格率兵西征，直到河套地區，招撫了林丹汗的殘部。林丹汗的妻子囊囊太后率一千五百戶投降，林丹汗的兒子額哲攜帶傳國玉璽率部民一千戶歸降。皇太極三次用兵察哈爾，終於征服了整個漠南蒙古，使得漠南蒙古諸部在後金的管轄下統一起來漠北蒙古，當時主要有三個封建主集團統治着，他們是土謝圖汗、札薩克圖汗和車臣汗，稱爲喀爾喀三部後金征服了漠南蒙古以後，對漠北蒙古產生了巨大的影響。
皇太極乘這一有利形勢，積極與漠北蒙古進行聯繫。崇禎九年(天聰十年，1636年)二月，皇太極派使臣去喀爾喀三部，勸他們前來歸附。同年十一月，車臣汗首先派遣衛徵喇嘛等“齎書來朝，貢駝馬貂皮等物”。崇禎十一年(崇德三年，1638年)三月，喀爾喀三部遣使來朝，皇太極規定他們每年向清朝行“九白之貢”,即貢“白駝一、白馬八”。
從此，喀爾喀三部表文貢使絡繹不絕，正式與清朝建立了臣屬關係，遼闊的外蒙古就歸入清朝的版圖。
