清華學堂在教學上“所有辦法均照美國學堂”，但在行政管理上還是封建王朝的一套。清華校名全稱是“帝國清華學堂”，英文校印用“Tsing Hua Imperial College”。那時的學生，嘴裏講的是洋文，腦後卻拖着長長的辮子。學堂設西學部和國文部，西學部採用西學教材。建校之初，清政府外務部就由美國青年會(YMCA)推薦聘請教師來清華任教。宣統二年正月(1911年2月)，共有17名美籍教師(男8人、女9人。一說爲18人)到校執教，他們也是清華第一批外籍教師。美籍教師承擔西學部大部分教學工作，中等科課程主要是英語訓練，高等科則是學習美國大學自然科學、社會科學和人文科學的基礎課程，課程中滲透着美國的影響。
“學堂監督”下設三“長”。教務長鬍敦復負責教務管理;庶務長唐孟倫負責庶務管理;齋務長陳筱田(生卒年不詳，天津人)負責學生管理。庶務長除校園建設外，還主管會計處，負責全校的財務工作，包括校內辦學經費和國外留學經費。另外，後勤工作大都歸庶務長管轄，諸如管理學生食堂、成立校衛隊負責校內治安和保衛、經營園內木廠、成衣店、書店、鞋店、理髮店、牛奶房、洗衣房等生活設施等等。此時學生入學後所花費用不多，學宿膳費免交，一個學期只交體育費1元，以及預交期終可退還的賠償費5元，7元錢一月的伙食(相當於當時一個工人的月薪)。
齋務長嚴格管制學生的一舉一動。學生未得許可，不得擅自離校;不準飲酒吸菸;每週至少洗澡一次;身上不許帶錢，不許看“閒書”，早晨7點起牀，必須於7點20分準時到食堂吃早飯等等。齋務處制定了獎懲規定：獎勵有物質和名譽獎;懲罰按情節分訓誡、思過、記過、開除等。思過房間內地勢低窪，冬天冷夏天潮，室內空無所有，旁邊還有齋務處人員監督。學生一進入思過室，就有進入監獄的感覺。
1915年入學的梁實秋(1903—1987，祖籍浙江餘杭，生於北京)回憶道：
“事後想想像陳筱田先生所執行的那一套管理方法，究竟是利多弊少，許多做人做事的道理，本來是應該在幼小的時候就要認識。許多自然主義的教育信仰者，以爲兒童的個性應該任其自由發展，否則受了摧殘以後，便不得伸展自如。至少我個人覺得我的個性沒有受到壓抑以至於以後不能充分發展。”
清華學堂以“培植全材，增進國力”爲宗旨，以“進德修業，自強不息”爲教育方針。學堂曾被稱作“國恥學校”，一代代清華學子感同身受，牢記國恥，作爲中國有志青年更增添一份愛國情懷，發憤自強，追求真理。
學堂雖屬初創，但各方面的規章制度都已制訂出來了。在這寧靜的清華園裏，學生們都非常用功。學堂正慢慢走向正軌。(摘自李子遲等人著《清華百年演義》一書，濟南出版社出版)
