1644年3月15日，李自成親率大軍抵達北京城北郊的居庸關，明朝總兵唐通不戰而降，北京城失去了最後的屏障。
而此時的北京城剛剛飽受鼠疫的蹂躪，這場烈性傳染病首先出現在山西的興縣，然後經大同，傳播到潞安，接着傳播到陝西榆林等地。崇禎十四年，鼠疫已擴散到河北大名府、順天府等地。到崇禎十六年，也就是1643年，北京城也發生了鼠疫。
這場瘟疫對於風雨飄搖的大明王朝來說，無異於雪上加霜，地方誌上有“瘟疫，人死大半，互相殺食”的記載，北京城也好不了多少，到了崇禎十六年四月，北京每天死人上萬，城門都被運棺材的隊伍堵塞了，沿街的居民，死亡比例高達十之六七，街上連玩耍的小孩都見不到了。
數據統計顯示，北京共計20萬人死於鼠疫，而當時北京的人口總數在80萬到100之間，也就是說每五個人中，就有一個人死亡。當時的北京城到處流傳着白衣人勾人魂魄的說法，一到晚上，老百姓整夜敲擊銅鐵器驅鬼，“聲達九重”。
紫禁城也未能倖免，剛開始宮中每死一人，能得到四千錢的撫卹，後人由於死人太多，加上國庫空虛，這筆撫卹也取消了。
當時守衛北京城的軍隊，名義上有10萬，其實剩下不到一半，按照明朝遺民張怡的說法，能上城牆防守的士兵，連一萬人都湊不齊，守城將官實在找不到人來守城，崇禎只好抽調三年太監上城牆。
李自成進攻北京的時候，北京內城上五個城垛一個士兵，而且都是鳩形鵠面，充數而已。
至於李自成是如何進入北京的，有人說是因爲太監曹化淳開城門，其實這是無稽之談，當時的宮中侍衛王世德明亡後著書《崇禎遺錄》，書上明確說：“野史雲宦官獻城，非也”。當時守城的3000太監作戰還算勇敢，基本上都犧牲了。
李自成進入北京的時候腺鼠疫基本平息，肺鼠疫的傳播需要較低的氣溫條件，而當時已經是三月份，天氣轉暖，肺鼠疫因此未能流行。
如果沒有這場鼠疫，北京城就能組織有效的抵抗，從而等來吳三桂等人的救兵，對李自成的軍隊形成合圍之勢，當時李自成的軍隊只有三萬人，沒有後勤補給，結局如何，很難預料。
堂堂大明王朝，竟然慘到連守城牆的士兵都湊不齊，真是讓人不勝唏噓。
