申屠剛，字巨卿，兩漢之際扶風茂陵人。申屠剛的七世祖是漢文帝的丞相申屠嘉，申屠嘉這人就剛正不阿，到了申屠剛這一輩這個特點就更突出了。申屠嘉自幼喜歡讀書，“質性方直”，非常仰慕史猷和汲黯的爲人，這二位都是方正之士。郡守聽說申屠剛的爲人後，任命他爲郡中的功曹，參與郡中的政務。
漢平帝死後，皇太后王政君掌握了政權，大司馬王莽輔政。王莽爲了長期掌權，不肯冊立年長的皇帝，他立了只有九歲衆山小王劉衎爲帝，這就是漢平帝，同時不準漢平帝的母族衛氏外戚和祖母馮氏外戚來長安。
那年申屠剛被推舉爲賢良方正，他對王莽的作法很有意見，他認爲母親和幼子是天地自然的親情，任何力量不能阻擋，應該立即把衛氏外戚和馮氏外戚請進長安，負責皇宮的禁衛，養育年幼的皇帝。看到申屠剛的奏摺，王莽非常生氣，在王莽心裏根本沒有什麼親情，有的只是權力，但對申屠剛的策論也難以反駁，就以皇太后王政君的名義下詔：“剛聽言僻經妄說，違背大義。其罷歸田裏。”
申屠剛爲自己的實話實說付出了沉重的代價。後來王莽利用“狗血門事件”進行大清洗，殺掉了衛氏外戚，王公貴族死難者二三百人。申屠剛深知自己就在黑名單上，他拋家舍業，來到河西，還不踏實，又轉入巴蜀，奔波勞碌二十多年，直到王莽敗亡，申屠剛纔在隴右安定下來。
此時割據隴右的是隈囂，他既無力直取天下，又不願向劉秀俯首稱臣，長期處於一種首鼠兩端的狀態中。申屠剛建議隈囂歸順劉秀，認爲這是天命所歸，“非人力也。”隈囂其實知道這一點，但他還知道光武帝劉秀這人刻板嚴格，而隈囂自己是非常和藹可親禮賢下士的，所以他認爲自己難以和劉秀相處，沒有接受申屠剛的意見。
申屠剛去了蜀中，投奔了割據蜀中的公孫述。建武七年，劉秀徵召申屠剛，申屠剛再次給隈囂去信，他認爲劉秀的統治已經穩定，“政教日睦，百姓平安”，而隴右地區“人人憂憂，騷動惶懼”，人們的心思已經發生了變化，根本不是劉秀的對手。“夫離道德，逆人情，而能有國有家者，古今未有也。”他建議隈囂趕緊做決定。
申屠剛的定位很明確，那就是當個忠義之臣，但隈囂的定位很矛盾，他爲人臣，有點不認，作皇帝，又力所不及，高不成低不就，他深知自己在劉秀麾下一定會失去自由，那樣隈囂就不是隈囂了，但想抵抗劉秀又不可能。隈囂最終沒有采納申屠剛的建議，他猶豫彷徨了十多年，戰敗後抑鬱而死，他的兒子歸順了劉秀。
申屠剛來到洛陽後，被劉秀任命爲侍御史，後來升任尚書令。當時光武帝想出遊，申屠剛認爲隴右、蜀中尚未歸附，不應該遊山玩水。實際上劉秀對隈囂和公孫述早已是成竹在胸，知道他們挺不不了多長時間，完全可以“置之度外”，沒有聽從申屠剛的建議。但申屠剛這人非常固執，他從蜀中、隴右一路走來，深知公孫述和隈囂的厲害，他用頭頂住劉秀座駕的車輪，劉秀只好放棄出遊。
劉秀這人對自己嚴格，對別人也嚴格，不管是地方官還是中央官員，基本上都是由劉秀親自選派，然後按照條條框框嚴加考察，工作相當辛苦。朝中官員，尤其是負責日常事務的尚書近臣，更是起早貪黑，提心吊膽，即使如此還經常遭受懲罰。劉秀不大給人留面子，動不動就把大臣按倒在地。
還就申屠剛膽大，他上書劉秀要求體諒大臣們的辛苦，同時要求讓太子進駐東宮，派老師輔佐，實際上是讓太子參與一部分政務。劉秀這人非常勤政，甚至可以說對處理政務有癮，事必躬親，對誰都不放心，根本不會讓太子代替他打理政務。對於申屠剛，在劉秀看來他是一再包容了，仍然不斷上諫，都是些愚昧的東西，他把申屠剛貶爲平陰縣令。
後來劉秀又後悔了，畢竟申屠剛代表了一種正義傾向，他又把申屠剛提拔爲太中大夫。但申屠剛已經看明白了，劉秀是好人，但人無完人金無足赤，自己也是一樣，都應該寬容別人，耐心等待別人的提高和長進。申屠剛稱病辭職，後來在家中去世。
