郭沫若曾建議發掘明孝陵，他說，朱元璋是否葬在孝陵，並沒有統一結論。
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在南京民間，連小孩子都知道這樣的傳說，朱元璋下葬那天，南京的13個城門同時出殯，全城店鋪關門掛白幡，街上行人全部迴避。爲什麼要這樣?在民間，有錢的大戶爲了防止盜墓，有意隱藏地點，而朱元璋生前就爲自己找好了地方，選擇紫金山築陵，誰不知道他葬在那裏?
《皇明大政記》稱，朱元璋剛死時，朱允墳還是皇孫，這與禮制不符，國不可一日無君。且南京素有“火爐”之稱，速葬朱元璋不無道理。但下葬後不久，即傳出朱元璋不在孝陵，而在朝天宮(今南京秦淮區)。
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清代《朝天宮謁孝陵》稱，明孝陵僅是朱元璋的衣冠冢，真正陰間“睡覺”的地方在朝天宮。
但也有後世學者不信，清代《白下瑣言》稱，朱元璋花了幾百萬的銀子，造了十幾年的陵寢，總不至於是一個衣冠冢吧。
而且，朱允墳是很講孝道的一個仁義皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外啊。
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歷史學家郭沫若、吳晗曾聯名上書國-務-院，建議發掘明孝陵，他說，朱元璋是否真的葬在孝陵，並沒有統一結論。明孝陵未曾被盜，完好無損，但並不能證明朱元璋的屍骨就在地宮中，真相只有挖開明孝陵才能揭開。
