朱元璋到底葬在明孝陵還是別處，只要我們能夠進入明孝陵地宮看一看便真相大白了，但又有傳言說明孝陵地宮曾被盜過。
爲了弄清歷史真相，研究明代第一陵的建築規制及其對後來的影響，經國家文物局批准和江蘇省、南京市文物主管部門的安排，自1997年起，南京市文物研究所與中山陵園管理局文物處對明孝陵進行了長達6年的考古勘探和研究。考古人員藉助磁測(GMP)技術，在經過選擇的核心區方圓2萬多平方米的區域內，在1米見方組成的上萬個有規則的方格點上，通過探測地下介質(土、石、砂及人工物質)磁場的空間分佈特徵，根據其空間磁力線分佈圖像的不同，輸入計算機分析，以判別地下掩埋物是否存在及其形制，終於成功地查明瞭明孝陵地下玄宮的位置。
最初的測網布置以明樓爲中心。A測網自明樓北的石坎起，直達寶頂頂部。之所以這樣佈網是因爲多數帝王陵寢的神道、墓道、寢宮是在一條直線上的。探測結果發現這條中軸線上沒有想象中的地下構築物。接下來沿中軸線東側設了B測網，發現了向東南延伸的磁導信號，通過用氦光泵磁力儀進行跟蹤，結果顯示這是個連續的隧道狀構築物，長度達到120米，而且具有一定寬度，內徑爲5-6米。
經地表調查，在相應的寶城城牆上可看到兩處明顯的張性破裂的裂口和下沉錯位，由此推測這裏很可能就是隧道狀構築物即地下宮殿墓道的入口之一。
後增設東南C測網，結果找到了寶城內明孝陵地宮的中心位置，確認朱元璋就葬在獨龍阜下數十米處，而且這座地下宮殿保存完好。考古人員還發現獨龍阜山體表面至少60%的地方是經過人工修補、堆填的，寶頂上遍佈有規則排列的大量巨型卵石。經過研究分析，這些卵石是當年造陵時搬運上去的，是帝陵美學的要求，也爲了防止雨水對陵表的沖刷和盜陵者的掘挖。這樣，通過藉助高科技手段進行的勘探，終於排除了過去流傳的地宮被盜之說。
