楊乃武與小白菜案的起因是小白菜的丈夫葛品連暴病身亡。楊乃武這個人好打抱不平，與知縣劉錫彤關係不和，積怨已久。因爲之前小白菜與丈夫葛品連一塊租住在楊乃武的房子裏，葛品連聽信街坊的流言懷疑楊乃武與小白菜有染，遂搬出楊乃武家，後小白菜丈夫葛品連死亡，口吐白沫、七竅流血很像中毒的跡象，知縣劉錫彤就懷疑是楊乃武夥同小白菜謀害毒殺小白菜的丈夫葛品連，於是對楊乃武和小白菜動用重刑屈打成招，被迫認罪，定爲謀夫奪婦罪。
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知縣劉錫彤見楊乃武與小白菜案已經定案，於是就將此案上報給了杭州知府。杭州知府聽信知縣劉錫彤的話，對楊乃武濫用酷刑，楊乃武說出與案情不符的情況，希望知府能查證，證明自己的清白，沒想到杭州知府威逼利誘愣是讓藥店掌櫃承認賣過砒霜給楊乃武，並開具文書。杭州知府並沒有爲楊乃武與小白菜平反，反而定罪。遂層層上報，請求刑部批覆定罪。
楊乃武寫下訴狀，讓他二姐去京城上訴，失敗，後楊乃武的二姐去找楊乃武的同學吳以同，希望吳以同能幫幫楊乃武平怨，吳以同和兵部侍郎夏同善說了楊乃武的冤屈，夏同善同意回京城幫忙投遞冤壯，太后看後，下令命徹查此事，但楊乃武與小白菜又被用刑，再度屈打成招。後有朝廷大員見文案中多處疑點重重，上報朝廷重審，經查證，楊乃武和小白菜是清白的，葛品連是病死的。這便是著名的楊乃武與小白菜案，最終二人平反昭雪。
楊乃武與小白菜冤案爲什麼慈禧會管
楊乃武與小白菜冤案爲什麼慈禧會管令當時好多人心生疑惑，因爲楊乃武和小白菜這件案子，只不過是民間的一件小案，這件被渲染成殺夫故事的案件，其實背後隱藏着重大的政治鬥爭。當時審理楊乃武和小白菜案子的浙江官員們大部分都是曾國藩的湘系軍閥的部下。慈禧聽聞官員們上報的楊乃武和小白菜的案件，正好借這件案件打擊曾國藩的勢力，以免功高蓋主這種事情的發生。之所以楊乃武和小白菜這件案子複審始終用浙江官員，就是因爲可以藉此事把浙江這些官員連根拔起。
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楊乃武與小白菜冤案爲什麼慈禧會管這一問題的答案是，在這場案件中爲楊乃武和小白菜伸冤，爲他們翻案的那些看似正義的官員其實是爲了自己的政治地位，他們是跟慈禧站在一邊的，他們覺得浙江派系的勢力過於強大，怕危及他們的社會地位，需要削弱他們的勢力。他們聯合起來利用楊乃武和小白菜這個案件打擊湘系勢力。
楊乃武與小白菜冤案爲什麼慈禧會管的答案說法很多，但最著名的是慈禧爲楊乃武與小白菜的冤案伸冤，對她來說是個一舉多得的事，在當時的歷史背景下慈禧爲這麼一個小人物伸冤，可以贏得百姓們的愛戴與認可。又可以懲治貪官污吏還好人一個清白，還可以藉此打擊威脅自己利益的曾國藩一派，鞏固自己在當時的地位跟勢力，同時也可以頂住當時外國媒體的輿論壓力。
楊乃武與小白菜最後的結局
楊乃武跟小白菜被冤枉的那個案子一開始雖然被判了死刑，但經過楊乃武的二姐上京爲弟弟伸冤，再加上楊乃武的同窗幫忙，朝廷重新審理了楊乃武和小白菜的案子。經過朝廷的再三重審，小白菜丈夫的屍體也被運到京城開棺驗屍，經過驗屍官的驗證小白菜的丈夫葛品連是自己病死的，與楊乃武和小白菜無關。楊乃武與小白菜最後的結局是被證明沒有毒害小白菜的丈夫葛品連，無罪釋放。
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知縣劉錫彤因爲個人恩怨對楊乃武屈打成招沒有查明案件，胡亂判罪被革去了官職。而杭州知府聽信劉錫彤的話，沒有認真辦案，而且還威脅藥店掌櫃做僞證，也被革去了官職。楊乃武與小白菜最後的結局是經過三年的牢獄之災，楊乃武出獄回家與家人團聚，在楊乃武坐牢這幾年，爲了他的事，家裏已經傾家蕩產，楊乃武在親友的幫助下贖了幾畝地，潛心養蠶，以養蠶種桑爲生。
楊乃武雖然經歷了牢獄的苦難，但是他的正直之心並沒有改變，繼續幫助村民寫訴狀，替民伸冤。楊乃武1914年因病去世，享年74歲。楊乃武與小白菜最後的結局是小白菜出獄後沒有了家人，孤苦無依陷入了迷茫，不知道該幹什麼、該何去何從。小白菜覺得有愧於楊乃武，對世間也再無留戀，出家當了尼姑，取名慧定。小白菜內心懷着對楊乃武的愧疚潛心向佛，過着清苦的生活。
