1368年(至正二十八年)朱元璋擊破各路農民起義軍後，在應天府稱帝，國號大明，年號洪武。後結束了蒙元在中原的統治，平定四川、廣西、甘肅、雲南等地，最終統一中國。
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統一全國以後，朱元璋對他身邊的戰友越來越不放心。出於監控官員和鞏固統治的需要，1382年他設立錦衣衛。它的前身爲朱元璋設立的"拱衛司"，後改稱"親軍都尉府"，統轄儀鸞司，掌管皇帝儀仗和侍衛。
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錦衣衛主要職能爲"掌直駕侍衛、巡查緝捕"，其首領稱爲錦衣衛指揮使，一般由皇帝的親信武將擔任，直接向皇帝負責。朱元璋設置錦衣衛以消滅功臣爲目的，羅織罪狀，置無罪者於死地。朱元璋擔心自己死後，下一代皇帝駕馭不了文武功臣，所以他幾興大獄，假借若干由頭，把輔佐他打天下的文武功臣屠戮殆盡。
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1393年，錦衣衛指揮使參奏藍玉謀反，朱元璋隨即令人將其拿下，並由吏部審訊。當吏部尚書詹徽令藍玉招出同黨時，藍玉大呼：“詹徽就是我的同黨!”話音未落，武士們便把詹徽拿下，審判官們目瞪口呆，不再審了。三天後，朱元璋將藍玉殺死，其後，就是大規模的清洗和株連。《明史·刑法志》說：“胡惟庸、藍玉兩(大臣)案，株連且四萬(人)。”足見其酷烈程度。
當然，朱元璋自己也知道，此類酷政不可以爲常，所以，在藍玉案以後、也即是功臣都已殺得差不多後的洪武二十六年(1393年)，他就下詔“內外獄無得上錦衣衛，大小鹹經法司”。自此洪武朝的錦衣衛就被廢除了。
