清朝自成立後，對於軍隊的管理，就比較頭疼。因爲江山是靠軍隊打下的，朝廷不可能沒有優待。可是，這種優待造成最直接的後果，就是兵兇將悍，橫行民間，不遵守法紀，產生禍亂。其實，這並非只是清朝面臨的問題。
過去中國歷史上，歷朝歷代，建國以後，基本面臨的首要問題，就是如何處理軍隊問題。有些朝代選擇把軍隊放到外面開疆拓土，讓他們到塞外撒野。有些朝代選擇杯酒釋兵權，削弱軍隊的地位。
清朝走了一箇中間路線。他們採取用文官節制武將的辦法。這也不是清朝原創，自宋朝以來，以文官節制武將的辦法，就開始長期實行。
康熙、順治時期，就先後有御史、兵部官員上疏，希望朝廷可以效仿明朝的辦法，讓總督、巡撫，節制綠營軍隊中的提督、總督。
總督、巡撫這兩個職位，最早是朝廷特派地方的。它們比武將更容易獲得信任。爲了穩定江山，清朝皇帝也採取了這一建議。不過，當總督開始陸續掌握軍權，成爲地方同時執掌幾個省份、地區軍政大權的封疆大吏時，同樣會引起朝廷的忌憚。
清朝時，設立總督的地區，位置都極爲重要。要麼像直隸省這樣的全國中心，或者是兩江地區那樣的富裕省份。不管哪個地方出現問題，朝廷都很難應付。
所以，朝廷在滿足總督可以完整行使職權的基礎上，對總督又進行許多牽制。這種牽制是多方面的。從人事、財政、軍事，都有牽制。
僅從兵權上講，清朝把兵權分爲兩部分。一部分交給地方督撫掌管，讓他們可以應對一些突發事件，比如某地叛亂，防範不時之需。另一部分收回朝廷中樞，交由兵部負責。
具體而言，在地方上，如果是低層軍官，則主要負責訓練軍隊，維護軍紀。如果是總督、巡撫這樣的官員，更多是節制綠營軍中的武將。
對底層士兵的指揮，反而非常有限。雖然清朝授予總督、巡撫一支綠營軍，可以讓他們直接指揮，無需經過兵部調動。但是，這部分軍隊的數量是非常有限的。
一般來說，總督可以調動的軍隊，大概在2到5個營的綠營軍。每個營人數在數十人到上千人不固定。也就是說，總督可以調動的軍隊，最多在5千綠營軍左右。
這個跟全國60萬綠營軍的數量相比，實在相差太多。不過，這也是有意爲之。主要是爲了保證督撫可以應對一些緊急事務。又不至於因爲掌握的兵權太多，對朝廷產生威脅。
而且，在地方駐紮的八旗軍，並不歸總督、巡撫關係愛。八旗軍在地方歸都統、將軍管轄。他們住在專門修建的城市裏。而八旗都統、八旗將軍，都是皇帝親信，接受皇帝直接調動管轄。
而兵部掌握的，則是調發兵役，頒佈軍律，以及武將官職的升降考覈，整備牛馬武器等事務。也就是說，清朝的兵權分爲兵部和地方。他們之間，互相配合，也互相牽制。
兩者的界限，大概就是，既要保證地方督撫有足夠權限，可以掌握軍政大權，處理好地方事務，又要保證，他們在朝廷的掌握之下，不至於擁有過多軍權。也就是說，地方督撫如果要大規模調動軍隊，必須得到兵部調令。否則，視同違法。
但是，朝廷授予兵部調動軍隊的權力，並非意味着，兵部可以獨攬大權。除了要顧及地方的意見，更重要的是，兵部要考慮到皇帝的想法。
清朝在關外的時候，並沒有兵部。直到皇太極稱帝后，才效仿明朝的制度，建立六部。天聰五年，兵、工、禮、吏、刑、戶六部成立，以貝勒主事。
順治元年，才改貝勒爲尚書，全面效仿明制。而在這套制度下，兵部是在內閣以下的。必須接受皇帝命令辦事。後來到了雍正年間，清朝設立軍機處後，朝廷軍國大事，只有皇帝大權獨攬。
即便是軍機處，也是顧問諮詢，爲皇帝提供建議。在真正辦事的時候，則是秉持皇帝意見。至於兵部，更是成爲一個單純的執行機構，沒有決策的權力。
不過，這是清朝前中期的情況。到了清朝後期，又發生了一些改變。地方總督可以掌握更大軍權，自己籌集軍餉，擁有軍隊。
而兵部也被改爲陸軍部，統率全國軍隊。後來又增設海軍部。而總體上，大權還在皇帝(最高層)手中，直到清朝滅亡。
