拿破崙雖殲滅了麥克的主力，但如要達到其下一個目標占領維也納，他還面臨着許多不確定的因素。首先，他通往奧地利首都的進路爲金邁爾軍所阻遏。金邁爾有兩萬人，同時還得到俄羅斯名將米哈伊爾·庫圖佐夫三萬俄軍的增援。這些兵力正扼守着因河下游及其支流薩爾察赫河一線。在因河的後面還有多瑙河右岸的一系列支流，如特勞恩河、恩斯河和伊布斯河。這些河流給奧方提供了良好的防禦陣地而且難以迂迴。傑拉齊赫師的六千人自烏爾姆南逃後，已與蒂羅爾的奧軍會合。由於法軍繼續東進，其交通線勢必延長，因而也就會暴露在南面敵軍的攻擊之下。在威尼西亞由查理大公統率的一支強大的奧軍眼下暫時爲馬塞納的意大利軍團所牽制。後者於1805年10月28日在維羅納以東的卡爾蒂羅山脊向意大利軍團發起攻擊，激戰中，雙方各傷亡六千人。當查理大公聽說麥克在烏爾姆慘敗的消息後，立即北撤救援維也納，但他已來不及阻止拿破崙的進軍了。
第二支俄軍由巴克斯霍夫登將軍指揮正經由摩拉維亞前進，所以拿破崙當即決定立刻下手，必須搶在俄軍和查理大公之前進入維也納。此外，由於普魯士的態度變得日益敵對，這就構成了威脅他的另一個危險。大軍團在1805年10月26日即烏爾姆投降後一週開始東進。次日，繆拉的騎兵軍僅遇輕微抵抗就渡過了因河，這樣布勞瑙要塞連同其中儲存的大批補給品和彈藥都完好無損地落入法軍之手。隨繆拉跟進的是達武的第三軍、蘇爾特的第四軍和拉納的第五軍。在右翼，貝爾納多特的第一軍於1805年10月30日進入薩爾茨堡，1805年10月31日，在蘭姆巴赫展開一場後衛戰後又渡過了特勞恩河。此時，天氣變得十分寒冷，地面已爲積雪所覆蓋。1805年11月2日，俄軍在恩斯河打了一場激烈的後衛戰，但次日，庫圖佐夫卻繼續後撤。
1805年11月6日，拿破崙又組建了一個新軍即第八軍，由莫蒂埃元帥指揮，內含一個騎兵師和兩個步兵師。該軍奉命過河抵達林茲附近多瑙河左岸以構成一個左側衛，內伊的第六軍和馬爾蒙的第二軍已被派往因斯布魯克和累歐本擔任右側衛，而奧熱羅的第七軍則在交通線上擔任後衛。至此，拿破崙爲一切不測事件都作好了準備。
庫圖佐夫見維也納己陷入絕境，遂決定於1805年11月9日在冒頓渡過多瑙河，並向東北撤至摩拉維亞以便與此時已到達奧洛穆茨的第二支俄軍會合。庫圖佐夫在冒頓摧毀多瑙河上的橋樑後，於1805年11月11日在杜恩斯坦峽谷伏擊了莫蒂埃的一個師並幾乎將其全殲。其後，他又在霍蘭布隆附近打了一場艱苦的後衛戰，然後經克雷姆斯撤至跨越摩拉維亞邊界的茲諾伊莫。
此時，法軍在多瑙河右岸的進軍卻勢如破竹。1805年11月13日，繆拉的前衛抵達維也納城郊。然而，這是違背拿破崙的命令的，因爲他早就告訴繆拉應渡過多瑙河追擊庫圖佐夫。他言詞尖刻地訓斥他的妹夫道：
我不能批准你的行軍命令。你一個勁亂衝亂闖象個瘋子，根本就不按我給你的命令辦事。俄軍並沒有掩護維也納，而是在克雷姆斯渡過了多瑙河。你既不瞭解敵人的計劃又不考慮我的意圖，就把我的軍隊困在維也納一隅之地。但你是接到了我通過貝爾蒂埃給你下達的命令的，該命令要求你咬住俄軍，緊追不捨。而你卻莫名其妙地朝相反的方向實施強行軍追擊敵軍。我感到你的行爲簡直不可思議。
……如果你按我的命令行事，那麼莫蒂埃軍也不至於暴露在俄軍面前而受到嚴重的損失。……你爲了獲得首先進入維也納的虛榮，竟耽誤了我兩天時間。榮譽僅在那些充滿危險的地方纔能贏得，進入一座毫無防禦的都城有何榮譽可言?
1805年11月14日，拿破崙進入維也納並將其大本營設在宏偉壯麗的肖恩布魯恩宮。奧皇及其朝臣則逃到了摩拉維亞的首都布爾諾。一週後，奧皇與沙皇亞歷山大一世在此會晤。維也納有二十五萬人口，因此，經過長途跋涉的法軍可以在那裏獲得充裕的補給。拿破崙命令不必從法國國內輸送槍炮彈藥，因爲他在奧地利軍火庫裏已經找到了他所需要的一切。
拿破崙決定趁嚴冬未至和查理大公尚未從意大利前線趕回之機，毫不遲疑地深入摩拉維亞追殲逃敵。所以，他命令繆拉、拉納和蘇爾特三個軍一鼓作氣乘勝追擊。達武被派往普雷斯堡抵禦從東面來的危險。貝爾納多特被派往佈德維斯去監視西面的費迪南大公，而莫蒂埃則留守維也納。在這些兵力調遣完畢後，大軍團的實力明顯地減弱了。
拿破崙看到他的元帥們勁頭不足，心裏十分焦躁。1805年11月15日，他斥責貝爾納多特說：
朕對於你在拉納和蘇爾特元帥離維也納只有兩天行程的地方發生戰鬥時按兵不動以致一個人也沒有渡過多瑙河深爲不滿。朕期望，待朕派去的參謀返回彙報時，你會告訴他說你全軍都已過河，而且正在追擊俄軍並正在用刺刀戳他們的屁股。
同一天，繆拉又作了一件十分荒唐的事使拿破崙勃然大怒。繆拉的前衛受到巴格拉吉昂親王師的牽制，該師當時在摩拉維亞邊界以南十五英里的荷拉布侖附近據守一個後衛陣地，繆拉便自作聰明地向俄軍指揮官提出休戰，允許他安然無虞地撤入摩拉維亞，而自己則坐等法軍步兵到來。俄軍當然求之不得欣然同意，撤到了茲奈姆。這件事使拿破崙怒不可遏，他痛斥繆拉說：我簡直不知道用什麼話來表達我對你的惱怒。你僅是我的一名前衛指揮官，沒有我的命令根本無權作出休戰安排，你譭棄了我的勝利果實。命令你立即停止休戰，向敵人進軍。告訴那位在協定上簽字的俄國將軍說他無權這樣做，只有沙皇纔有這種權利。
此後，事態發展加快，庫圖佐夫已撤至布爾諾。1805年11月17日，拿破崙在茲南姆設大本營。次日，他收到了有關特拉法加大海戰法軍慘敗的消息，他寫信給海軍部長說：
我已收到了你有關加的斯港外海戰的報告。等收到你更詳細的報告後我再就此事發表具體意見。同時，我鄭重告訴你，這件事對我既定的海上突襲行動毫無影響。令人氣憤的是這些行動未能在此事之前準備就緒，必須立刻行動，不得再行拖延。
1805年11月19日，俄軍後衛撤出了布爾諾，繆拉隨即進入，在那裏發現了六十門火炮和大批彈藥。次日，拿破崙進入布爾諾，而奧皇則撤至奧爾莫茨。在布爾諾以東十三英里處，有一個名叫奧斯特里茨的小村，約四千奧軍騎兵在小村前面的高地上擋住了繆拉的去路。緊接着，拿破崙開始展現他做爲最高軍事指揮員那無與倫比的軍事才能，那就是在1805年12月2日的奧斯特里茨戰役。
奧皇此時已被逼到了最邊遠的國境線上，他派了兩位全權使臣去謁見拿破崙，討論議和條件。拿破崙卻把他們送往維也納，要他們去和塔列朗商淡，並聲明其主要條件是把威尼斯併入意大利王國。把這些使節送回維也納，只不過是拿破崙故意拖延的一個手段而己，因爲他決心要在與奧地利議和之前，先徹底擊敗俄軍。
