歐洲各國的宗教改革，使羅馬天主教會在歐洲的社會地位政治地位受到嚴重的威脅。面對這種情況，天主教會內部的一些有識之士嚴厲抨擊教會內部的腐敗，稱各種邪惡和弊端就像從特洛伊木馬中涌出的士兵一樣從教會中涌出，他們紛紛倡議實行改革。就在歐洲各國宗教改革轟轟烈烈地展開的同時，天主教會內部也開始了改革。
一：清除內部積弊，重新審定教規、教義。教會清除了一批無知、腐敗、貪婪的神職人員，規定教士必須穿僧衣，執行教士獨身制;在每個教區設立學校，提高神職人員的知識水平。教會在肯定贖罪券功效的同時，禁止非宗教目的的出售行爲，並取消了銷售機構。
二：繼續強化異端裁判所。宗教改革中後，異端裁判所的活動更爲猖獗，大批“異端分子”被捕入獄，甚至被處死;同時，天主教會加強了思想控制，不斷頒佈違禁書目，查封宣傳新思想的書籍，哥白尼的《天體運行論》赫然出現在第一批被禁書目中。
三：網羅各種狂熱的信徒，組建反對新教改革的團體，千方百計的破壞宗教改革，提升教皇聲威，其中最有代表性的團體就是耶穌會。通過內部改革，羅馬天主教會暫時擺脫了困境。
