新疆自古就是我國領土神聖不可分割一部分，清朝時期的新疆叛亂規模比較大，多虧了左宗棠雷霆手段才得以平息。
清初，我國西北地區的蒙古族分爲漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古(明代稱韃靼)和漠西厄魯特蒙古(明代稱瓦剌)三大部。漠北喀爾喀蒙古內部分爲扎薩克圖、士謝圖、車臣三部;漠西厄魯特蒙古內部分爲準噶爾、和碩特、杜爾伯特、士爾扈特四部。漠南蒙古又稱內蒙古，早在滿族入關前，漠南蒙古各部早在皇太極時期已經歸附清廷，建有蒙古八旗，王公貴州也接受清朝賜給的親王、郡王、貝勒、貝子等封爵稱號，並保持世代聯姻關係，成爲滿清統治者最得力的助手。喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清廷關係密切。如喀爾喀三部，從崇德三年(1638年)起，每年向清廷獻白駝一、白馬八，謂“九白之貢”。
噶爾丹叛亂。厄魯特蒙古的準噶爾部(蒙語左冀)，帶有濃厚的氏族制殘餘，經常動掠、奴役他部，從十七世紀中葉以後逐漸強盛起來。康熙初年，噶爾丹自立爲汗，相繼吞併厄魯特諸部，征服南疆回部，勢力達到青海、西藏地區，擁有60多萬戶人口。爲實現割據野心，他還與沙俄侵略者勾結，夾擊位於貝加爾湖以東地區的喀爾喀蒙古。隨後，又以追擊喀爾喀蒙古爲名，率騎兵數萬，進攻內蒙古，並揚言要攻打北京，氣焰囂張。
康熙帝命噶爾丹退兵歸還喀爾喀故地，但噶爾丹有俄羅斯的支持下，有恃無恐，繼續東進。康熙二十九年(1690年)，噶爾丹前鋒抵達距北京九百餘里的內蒙古烏珠穆沁部，清廷大爲震動。清軍初戰失利，噶爾丹乘機深入到離京城僅七百餘里的烏蘭布通(今克什克騰旗境內)。康熙帝親至博洛和屯(河北隆化縣境內)視師。雙方激戰，清軍以火炮擊潰叛軍用駱駝組成的“駝城”。噶爾丹一面派喇嘛求和，一面向漠北狂奔，還者僅千餘人。
三十五年(1696年)，清軍分三路出兵，康熙帝親率中路出征，手繪陣圖，指示方略。噶爾丹爲避免被前後夾擊，連夜拔營逃跑。西路軍於昭莫多與叛軍相遇，將其大部殲滅。三十六年二月，康熙帝又率軍渡河至寧夏，擒獲噶爾丹之子，噶爾丹走投無路，一夕數驚，仰藥自殺。
策妄阿拉布坦叛亂。噶爾丹死後不久，其侄策妄阿拉布坦繼立，得到阿爾泰以西的遼闊地區放牧。勢力強大後，他糾集準噶爾部繼續與清爲敵，不僅控制了天山南路、北路地區，並於康熙五十五年(1716年)進兵西藏，次年圍攻拉薩，殺害拉藏汗，大肆搶掠，囚禁達賴喇嘛伊西堅錯，使西藏陷入混亂。清政府派初次派兵前往鎮壓失敗，後又於五十九再次派兵，分兩路入藏，護送噶桑嘉錯入藏坐牀，敕封達賴六世。在西藏人民的幫助下，迅速驅逐叛軍，使西藏局勢穩定下來。
阿睦爾撒納叛亂。準噶爾部長期與清廷爲敵，並勾結俄羅斯煽動西北各地反清，成爲清廷完成全國統一的關鍵。乾隆時，準噶爾在喀爾喀、西藏、青海等地勢力已被清廷基本肅清。策妄阿拉布坦死後，其子噶爾丹策零繼立。乾隆十年(1745年)噶爾丹策零死，準噶爾部又發生了長期內亂。十八年，準部貴族達瓦齊在輝特部貴族臺吉阿睦爾撒納(策妄阿拉布坦外甥)的協助下奪取了統治權。後兩人發生衝突，阿睦爾撒納降清，受封爲親王。二十年，清軍分兩路向伊犁進軍，達瓦齊迅速敗亡。不久，阿睦爾撒納野心膨脹，要清廷允許他一人獨領四部，遭清廷反對後，於二十一年在伊犁發動叛亂。清軍再度攻打伊犁，阿睦爾撒納迅速潰敗，叛逃俄境。清軍繳獲的阿睦爾撒納銀經匣中藏有俄邊防當局勾引他加入俄國國籍的密信，表明了準噶爾部貴族始終勾結俄羅斯叛亂的性質。由於與沙俄早有勾結，直到病死，沙俄才把他的屍體交還清政府。
回部大小和卓木叛亂。當清朝平定準噶爾封建主叛亂時，原來被俘虜的維族各城首領大小和卓(突厥語穆罕默德後裔的意思)博羅尼與霍集佔，乘機逃回老家，恢復了權力。乾隆二十二年(1757年)，他們糾集維族上層發動暴亂，一時各部從者數十萬。由於他們在各地“虐用其民，厚斂淫刑”，逐漸失掉當地人民的支持，士卒日益離散。次年，清政府派兵前往鎮壓，並得到維族人民的大力支持，很快平定叛亂。大小和卓狼狽逃至巴達克山，被當地首領擒殺，並把屍首還給清朝。平定天山南路後，清政府在喀什噶爾等地設參贊大臣、辦事大臣，率兵駐守，皆統屬於伊犁將軍，結束了加部分裂的局面，重新統一新疆。
張格爾叛亂。當大和卓博羅尼都喪命後，其子薩木克及家屬逃亡浩罕。嘉慶二十五年(1820年)，薩木克次子張格爾在英國侵略者的支持下，潛入喀什噶爾，煽動維族上層發動叛亂。道光六年(1826年)，張格爾叛軍佔領了天山南路的喀什噶爾、英吉沙爾等城，英國侵略者也隨之而入。張格爾佔領天山南路後，到處姦淫婦女，搶掠財物，引起各族人民的堅持反對。清政府派楊遇春等前去鎮壓，九戰九捷，收復喀什噶爾等地。次年，清軍追至喀爾鐵蓋山生擒張格爾，送至北京處死，叛亂被鎮壓下去。
由此看來，清代新疆的蒙古人、維族人叛亂，都是家族作業。不斬草除根的話，很難清除乾淨，後患無窮。
