新法雖得到趙頊的鼎力支持，但實行起來舉步爲艱，由於新法在多方面觸犯了享有特權的大官僚、大地主、大商人的利益，因此，這次改革從一開始就遭到激烈的反對。這股反對力量得到太皇太后、皇太后和神宗皇后的支持。同時由於新法本身也存在許多缺點，所以也遭到了一些正直的大臣的反對，蘇轍、韓琦、司馬光都在反對之列。神宗的思想也開始猶疑起來。保守大臣們反對新法，王安石早有思想準備，但是改革派內部分裂，給王安石的打擊是格外沉重的。而這時的神宗也不像前幾年那樣對王安石言聽計從，有時甚至不重視他的意見。王安石對神宗慨嘆道：“天下事像煮湯，下一把火，接着又潑一勺水，哪還有燒開的時候呢?”
公元1076年(熙寧九年)春天，王安石因身體有病，屢次要求辭職。到六月間，王安石的兒子壯年而逝，王安石悲痛欲絕，精神受到極大刺激，已無法集中精力過問政事。神宗只好讓王安石辭去相位，出判江寧府。第二年王安石連江寧府的官銜也辭去了，此後直到1086年去世，王安石再也沒有回朝。
王安石兩次罷相，都是趙頊向守舊勢力妥協的結果。趙頊的目的是爲了保住自己的皇位，獲得大臣和後族的支持，但是他希望通過變法富國強兵的政治目標並沒有變。
他一邊安撫守舊派的大臣，啓用曾被罷退降職的舊派人物呂公着、馮京、孫固等，一邊堅持改革，以平衡新派、舊派的力量。
王安石第二次罷相後的第二年，趙頊改年號爲“元豐”，從幕後走到前臺，親自主持變法。然而，變法依舊伴隨着反對的聲音。失去了王安石，趙頊本就很傷心，又要獨自面臨巨大的壓力，不免有些惱火。他決定實行更爲強硬的手段來推行新法，嚴懲反對變法的官員。
趙頊沒有停止改革的進程，經過他的不斷努力，宋朝基本建立起了更有利於君主專制的中央集權制，其基本制度一直實行到宋朝末年未再進行大的變動。
