左良玉起兵“清君側”以悲劇性的結局而收場，這種悲劇是多方面原因造成的。如果單單從弘光朝內部矛盾來看，左良玉起兵有其正當性和進步性。馬、阮集團把持朝政，政治腐敗，大肆打擊迫害東林黨復社人士，百姓也怨聲載道，皆斥馬、阮爲禍國殃民的奸臣，弘光朝廷存在僅僅一年，就有馬士英、阮大鋮兩人名列《明史》奸臣傳中。左良玉起兵“清君側”除奸黨，也可稱之爲義舉。但左良玉起兵卻沒有得到廣泛認可與響應，以致失敗，其原因是多方面的。
第一，左良玉軍隊成分複雜，軍紀敗壞，戰鬥力嚴重下降。左良玉軍隊一向以紀律敗壞、騷擾百姓而聞名，特別是江南的士民們對左軍在崇禎十六年沿江東下大掠、滋害擾民的情形還記憶猶新，心有餘悸，?“左良玉兵半羣盜，甚淫毒，沒入民家索賄，用板夾爇之，肥者或脂流於地。又所掠婦女，公淫於市，若入舟後，或注目岸上，望父夫若泣，則身首立分”。左軍“所過焚廬舍，夷井竈，雞犬無所留，千里一空，江左大震”。此外，左良玉長期不聽節制，飛揚跋扈，此次率大軍東下，又有避免與李自成農民軍作戰之嫌，難免給人以口實，難爲公論所容，難以取得士民的理解和支持。左良玉死後，左夢庚既無治軍之才，又無統帥之能，難以服衆，左軍實際上處於羣龍無首的狀態，再加上左軍成分複雜，多烏合之衆，板子磯一戰即被黃得功擊潰，可見戰鬥力之差。
第二，以文官治國，以文臣制約武帥的理念已經深入人心，士大夫們對武將保持戒備心理，對武將以武力的方式來干預朝政之行爲絲毫不能容忍。儘管馬、阮集團大肆打擊、迫害東林黨復社人士，但東林黨復社人士從未想過借用左良玉的力量以武力來解決馬、阮集團，以袁繼鹹的好友張自烈的一段話可爲代表，張自烈對袁繼鹹說: “ (左)良玉恣睢日久，若借援於彼，得安其位，必竊謂江督博我聲援，宜德我，如是必事事唯良玉意所欲爲，少與齟齬，必致撼，不肯下。且中外又謂良玉久據上游，使正人不受禍，寇賊不敢肆，皆其首功，良玉自此成尾大之形，它鎮自此貽跋扈之漸，惡再能安身以安朝廷哉!”可見，當時的清流文人士大夫們仍然拘泥於傳統的政治倫理道德，對武將仍然不加信任，持戒備心理。左良玉起兵時，想邀請何騰蛟、袁繼鹹共同起事，被二人拒絕，也恰好驗證了這一點。左良玉起兵時，儘管一再大造輿論，企圖取得東林黨復社等清流人士的支持，形成廣泛的同盟軍，結果卻是四方毫無響應，使左良玉處於孤立無援之境地。
第三，政治上的不成熟。左良玉本人行伍出身，曉暢軍事，但在政治上則顯得很不成熟，且左良玉起兵“清君側”時，已老弱多病，對天下局勢缺乏清醒的判斷能力，其軍隊也難以約束，因而易受鼓動倉促行事，導致選擇起兵東下的時機錯誤，?“海內望是久矣。無不喜其來，而悲其晚”。當時清兵南下，大敵當前，應以抵禦清兵爲首要任務，而左良玉卻一心以剪除馬、阮集團爲首要，挑起內戰，不以大局爲重，難以取得廣大士民的支持。馬士英、阮大鋮一向對左良玉防備甚嚴，除了在板子磯築城防衛，又盡撤江北勁兵來截擊左軍，同時馬、阮把持朝政，掌握了政治話語權，對左良玉大加討伐，斥爲叛逆，也使左良玉處於不力境地。江北諸鎮一向以定策功自居，與馬士英、阮大鋮有着共同的政治利益，同時又畏懼北來的清兵，自然也樂於以“勤王”的名義響應馬士英的號召，率兵去討伐被視爲叛軍的左良玉，從而使左良玉在政治、軍事上處於不利地位。
左良玉起兵東下，其主觀上想剷除禍國殃民的馬、阮集團，解救被迫害的太子及東林復社人士，具有一定的正當性，但在客觀上，同室操戈，幫助了清軍南下，使清軍不費吹灰之力迅速滅亡了弘光朝廷。因此，儘管有人認爲左良玉起兵“清君側”不是反叛，但在清軍大舉南下，弘光政權危若累卵之時，左良玉不顧大局，一意孤行，起兵東下，仍屬不明智之舉，對弘光政權的滅亡負有不可推卸的歷史責任。左良玉起兵“清君側”以失敗而結束，不但未能剷除馬、阮集團力挽狂瀾以救國，反而加速了弘光朝廷的滅亡。
