巴達克山汗索勒坦沙在阿爾渾楚嶺戰鬥中擒大、小和卓。至此，大、小和卓動亂被平息。從而結束了天山南北地區的分裂局面。
六月，兆惠和富德各率兵1.5萬分別攻喀什噶爾和葉爾羌。清軍兩路會師在葉爾羌城東黑水河畔擊敗叛軍，乘勝分軍，攻取喀什噶爾和葉爾羌。大小和卓見大勢已去，大掠城中財物後率部棄城南逃，越蔥嶺西遁，逃往帕米爾。清軍追至伊西洱庫爾淖爾，將叛軍圍在山嶺上，一面施放火器，一面大呼招降。叛軍“降者蔽山而下，聲如奔雷，小和卓木手刃之不能止也”(魏源《聖武記·乾隆勘定回疆記》)。清軍獲叛軍降卒1.2萬餘。
1759年夏天，大小和卓帶着妻孥舊僕三四百人逃奔巴達克山(今阿富汗東部)。清軍派人與巴達克當地部族交涉，八月，大、小和卓被巴達克山部首領素勒坦沙執殺，把屍首送交清朝。(《聖武記·乾隆勘定回疆記》)
乾隆二十五年(1760年)正月末，浩罕、巴達克山、博洛爾使臣至京。正月二十七日(1760年2月27日)，乾隆皇帝升御座於午門，行受俘禮，額爾登額等官兵將霍集佔首級進獻闕下。二月二十七日(西曆4月12日)，兆惠、富德、明瑞、巴祿等將士抵京。乾隆皇帝駐蹕良鄉縣(縣治在今北京市房山區良鄉鎮)黃新莊，郊勞西征諸將士，築壇告天，並設宴款待將軍大臣與回部王公、伯克。三月三日(西曆4月18日)，乾隆皇帝在豐澤園(今中南海內)宴請兆惠、富德、明瑞、巴祿與回部王公伯克、文武大臣，賞賜出征將士帑銀、緞匹。
