雖然幾十個倭兵，殺死明軍幾千人，這聽起來讓人有點匪夷所思，但相關史書記載，確實是真有其事。所以，我們不得不要承認，在當時明朝軍隊的戰鬥力確實非常的弱。
當時的情況是，明朝也只剩下戍守長城一帶的邊防軍還有較強的戰鬥力外，內陸的地方軍大多數確實戰力低下。這種情況一直在戚繼光的戚家軍出現後纔得到改觀。
可能有人會說，當時廣西一帶壯族、土家族的狼兵和土兵，戰鬥力還是非常強的。不過，到了明代的到明代後期，狼土兵的戰鬥力也明顯下降。
《明史紀事本末》就曾這樣記錄，當時，廣西的田州土官就曾帶狼、土士兵到蘇州去。聽說狼兵到了，當地人稍微放了點心。可是，在一次遭遇戰中，狼兵遇到幾百個倭冠，經過激烈的交戰，並未取勝，反而有鍾富等十幾個頭目都戰死了，死傷了很多士兵。這樣一來，倭寇就更大膽了，因爲發現狼兵也不過如此。
廣西田州土官婦瓦氏引狼、土兵至蘇州，聞狼兵之，人心稍安。趙文華至松江，因謂狼兵可用，厚犒之。使擊賊至漕涇，遇倭數百人，戰不勝，頭目鍾富、黃維等十四人俱死，失亡甚衆。於是賊知狼兵不足畏，復縱掠如故。”《明史紀事本末》 卷五十五
本以爲狼兵與土兵可以讓倭寇囂張的氣焰給打壓下去，誰知道，狼土兵也敗了。倭寇於是更加肆無忌憚地在杭州一帶燒殺搶掠，如入無人之境。
一次，倭寇只有六七十人人，就行進數千裏，殺傷我方人員達四五千人，歷經了八十多日才把這一幫人給剿滅。
“賊自紹興高埠流劫杭、嚴、徽、寧、太平，犯南都，六七十人經行數千裏，殺傷無慮四五千人，歷八十餘日始滅。”《明史紀事本末》 卷五十五
至於題主所說的倭寇五十餘人殺明軍千人的事件，應該是嘉靖三十四年四月發生的事，不過只是殺戮了一千餘人，而不是五千人，應該是和上一段的事件混淆了。
事情是這樣的，當時倭寇有50餘人，從山東日照登上陸地，流竄數於兩省之間，殺戮了千餘人，後被徐邳官兵殲滅於馬頭鎮民家，斬首敵人四十一人。此事記錄於《嘉靖東南平倭通錄》當中。
倭寇幾十人人就敢登陸殺戮，終其原因，還是當時明朝的軍隊戰鬥力實在太差勁了。當時，沿海各省以及從內地調去的軍隊，包括狼兵、土兵，實力都是如此。
後來，還是戚繼光建立的戚家軍，才靠着強大戰鬥力，徹底打敗了倭寇，換來了沿海的和平。
但這並沒有根本改變明軍羸弱的現象，到後來清軍入關以後，明軍更是不堪一擊，20萬以上大軍一觸即潰，不戰而降的事件時有發生。
所以說，軍隊的戰鬥力低下，很多時候並不是軍隊或士兵本身的原因，而是和統治者(明朝末年朝廷)的腐敗、無能是分不開的。當一個封建政權快要傾倒的時候，他從裏到外都已腐爛不堪，不管在外的將士多麼捨生忘死，也無法改變戰敗的結局，你說是不是?
